Locus 3900

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 10,443,074 – 10,443,190
Length 116
Max. P 0.870257
window6400

overview

Window 0

Location 10,443,074 – 10,443,190
Length 116
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.74
Mean single sequence MFE -46.58
Consensus MFE -23.74
Energy contribution -26.60
Covariance contribution 2.86
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.87
SVM RNA-class probability 0.870257
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10443074 116 + 22224390
UC----AGGAUUACAGCGGUGAGAUUCUCACCCGGAAGCACUUACUGGGUGAGAGAAAGGCUGCGGAUGACCAGCUGGUCACAGUGGUUAUCGUUAUUGCCGGCUGGAACAACGUAAUCC
..----.(((((((.(((((....(((((((((((((....)).)))))))))))....)))))......((((((((...((((((......))))))))))))))......))))))) ( -50.10)
>DroPse_CAF1 1621 119 + 1
UC-CGCAGGACUACAGCGGUGUGAUCCUCACCAGGCGACAUCUGCUCGGCGCUGACAGGGAGCACGAUGAGCAUCUGGCCACCGUGAUCGUGGUGGUUGCCGGAUGGAACAAUGUGAUAC
..-(((((((.((((....)))).)))...((..((..(((((((((............))))).)))).))((((((((((((......)))))...))))))))).....)))).... ( -38.40)
>DroSec_CAF1 1618 116 + 1
UC----AGGAUUACAGCGGUGAGAUUCUCACCCGGAGGCACUUACUGGGUGAGAGGAGGGCUGCGGAUGACCAGCUGGUCACCGUGAUUAUCGUUAUUGCCGGCUGGAACAACGUAAUCC
..----.(((((((.(((((....(((((((((((.........)))))))))))....)))))......((((((((.((..(((((....)))))))))))))))......))))))) ( -50.90)
>DroEre_CAF1 1941 116 + 1
UC----AGGAUUACAGCGGAGAGAUUCUCACCCGGAAGCACUUACUUGGUGAGAGCAGGUCUGCAGAUGACCAGCUGGCCACGGUGGUAAUCGUUAUUGCCGGCUGGAACAACGUAAUCC
..----.(((((((.(((((....((((((((.((((....)).)).))))))))....)))))......(((((((((.(((((....)))))....)))))))))......))))))) ( -49.50)
>DroAna_CAF1 1631 120 + 1
GCACGGAGGACUACAGUGGCGUCAUCCUGACCAGGAGGCAUCUGCUGGGCGAGAUCAGGGCUGCAGACGAUCAAAUAGCCACUGUGGUGAUGGUUAUAGCCGGCUGGAAUAAUGUUAUCC
...(((...((((((((((((((.((((....))))))).(((((.((.(........).)))))))..........)))))))))))..((((....)))).))).............. ( -41.20)
>DroPer_CAF1 505 119 + 1
UC-CGCAGGACUACAGCGGUGUGAUCCUCACCAGGCGGCAUCUGCUCGGUGCUGACAGCUGGCACGAUGAGCAUCUGGCCACCGUGAUCGUGGUGGUGGCCGGCUGGAACAAUGUGAUAC
..-(((((((.((((....)))).)))...((((.((((...(((((((((((.......)))))..))))))....(((((((......))))))).)))).)))).....)))).... ( -49.40)
>consensus
UC____AGGACUACAGCGGUGAGAUCCUCACCAGGAGGCACCUACUGGGUGAGAGCAGGGCUGCAGAUGACCAGCUGGCCACCGUGAUCAUCGUUAUUGCCGGCUGGAACAACGUAAUCC
.......(((.(((.(((((....((((((((.((.........)).))))))))....)))))......(((((((((.(((((....)))))....)))))))))......))).))) (-23.74 = -26.60 +   2.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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