Locus 3882

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 10,342,959 – 10,343,079
Length 120
Max. P 0.579422
window6380

overview

Window 0

Location 10,342,959 – 10,343,079
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.39
Mean single sequence MFE -59.05
Consensus MFE -36.92
Energy contribution -36.87
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -1.56
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.579422
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10342959 120 + 22224390
UUUAAGUGGUUCCGAGUGUCUUUGGCUGGCGUGUAACAUUUGACUGCGAUGCUGGCGACGCAAGAUGGCCGUGGCUGCGCUGGUCAGGCCCGCCUGACGCAGUGCAUCCGCUGGUUCCGC
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>DroVir_CAF1 7603 120 + 1
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>DroPse_CAF1 6716 120 + 1
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.....(((((.((.((((((((.(((..(.(((...))))..))))))))))))).))))).((..((((((((..(((((((.((.(....).)).).))))))..))).)))))..)) ( -56.90)
>DroWil_CAF1 6376 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 7045 120 + 1
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>DroAna_CAF1 7614 120 + 1
CUUCAGGGGCUCCGAGUGCCGCUGGCUGGCGUGCAGCAUCUGGUUGCGGUGCUGGCGGCGCAGUAUGGCGGUGGCGCCACUCGUCAGGCCCGCCUGACGCAGUGCAUCCGCCGGCUCGGC
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>consensus
CUUGAGCGGCUCCGAGUGCCGCUGGUUGGCGGGCAGCAGCUGGCUGCGAUGCUGGCGCCGCAAUAUGGCCGCGGCAGCACUGGUCAGGCCCGCCUGACGCAGUGCAUCCGCCGGCUCCGC
....((((((.......)))))).(((((((((((((.....))))).))))))))...........((((..((.((((((((((((....)))))).))))))....))))))..... (-36.92 = -36.87 +  -0.05)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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