Locus 3855

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,258,807 – 10,258,966
Length	159
Max. P	0.930093

overview

Window 3

Location	10,258,807 – 10,258,926
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.81
Mean single sequence MFE	-53.28
Consensus MFE	-38.12
Energy contribution	-38.40
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.06
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.621571
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10258807 119 + 22224390
AUGGCCGAAGCAGCAAUGGCGCCGGUGAUCUCCUCCGGCUCGGUGCUCCGCUGCAAAGUGUCCUCCAGGGCGAUCCAGUUCUUGGUGGGACCGCGUUGCGGACGGAGCGUCACCGUGGU
((((((((....((....))(((((.(.....).))))))))).((((((((((((.((((((((((((((......).)))))).)))).))).)))))).))))))....))))... ( -55.10)
>DroVir_CAF1 44762 119 + 1
AUGGCCGAAGCGGCAAUAGCUCCAGUUAUCUCAUCCGGCUCAGUGCUGCGCUGCAGUGUAUCCUCCAAUGCUAUCCAGUUCUUGGUGGGUCCGCGCUGCGGGCGCAGCGCCACGGUGGU
((.((((.(((((..(((((....))))).....)).)))..(((((((((((((((((((((.((((.(((....)))..)))).))))..))))))).))))))))))..)))).)) ( -51.50)
>DroGri_CAF1 36810 119 + 1
AUAGCCGAUGCGGCGAUGACGCCAGUUAUCUCAUCCGGCUCGGUGCUGCGCUGCAGUGUAUCCUCCAGAGCUAUCCAGUUCUUGGUAGGUCCACGCUGCGGACGCAGCGCCACAGUCGU
...((((...))))((((((....)))))).....(((((.((((((((((((((((((..(((((((((((....))))).))).)))...))))))))).)))))))))..))))). ( -62.90)
>DroWil_CAF1 30268 119 + 1
AAUGCCGAAGCAGCUAUCGCUCCAGUUAUCUCAUCCGGCUCGGUGCUGCGCUGCAAUGUAUCCUCCAAUGCAAUCCAGUUUUUGGUCGGCCCACGUUGCGGACGCAGCACCACCAUGGU
...((((..(.(((....))).).(......)...))))..((((((((((((((((((..((.((((.((......))..))))..))...))))))))).)))))))))........ ( -45.50)
>DroMoj_CAF1 39711 119 + 1
AUGGCCGAGGCGGCAAUGGCGCCAGUUAUCUCAUCCGGCUCGGUGCUGCGCUGCAGCGUAUCCUCCAGUGCGAUCCAGUUCUUGGUGGGGCCGCGCUGAGGUCGCAGCGCUACGGUGGU
((.((((((.(((..(((((....))))).....))).)))(((((((((((.((((((.(((.((((.((......))..)))).)))...)))))).)).)))))))))..))).)) ( -53.30)
>DroAna_CAF1 31820 119 + 1
AUGGCCGAGGCGGCAAUGGCGCCGGUGAUCUCUUCCGGUUCGGUGCUACGCUGCAAGGUGUCCUCCAAAGCGAUCCAGUUCUUGGUUGGGCCCCUCUGGGGACGGAGAGCCACGGUGGU
((.((((..(((((..((((((((..((((......)))))))))))).)))))..(((((((.(((((((......))).))))..))))..(((((....))))).))).)))).)) ( -51.40)
>consensus
AUGGCCGAAGCGGCAAUGGCGCCAGUUAUCUCAUCCGGCUCGGUGCUGCGCUGCAAUGUAUCCUCCAAUGCGAUCCAGUUCUUGGUGGGGCCGCGCUGCGGACGCAGCGCCACGGUGGU
..(((((....(((......)))((....))....))))).((((((((((((((((((..(((((((.((......))..)))).)))...))))))))).)))))))))........ (-38.12 = -38.40 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,258,847 – 10,258,966
Length	119
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.04
Mean single sequence MFE	-54.50
Consensus MFE	-37.33
Energy contribution	-37.00
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.49
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	1.20
SVM RNA-class probability	0.930093
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10258847 119 + 22224390
CGGUGCUCCGCUGCAAAGUGUCCUCCAGGGCGAUCCAGUUCUUGGUGGGACCGCGUUGCGGACGGAGCGUCACCGUGGUGUUCAACGAGGCUCCAGCGGCCACUGUGCGAUCCACCGGC
.(..((((((((((((.((((((((((((((......).)))))).)))).))).)))))).))))))..).((((((...((.(((.((((.....))))..)))..)).))).))). ( -52.60)
>DroVir_CAF1 44802 119 + 1
CAGUGCUGCGCUGCAGUGUAUCCUCCAAUGCUAUCCAGUUCUUGGUGGGUCCGCGCUGCGGGCGCAGCGCCACGGUGGUAUUCAGAGUGCCGCCAGAUGGCACUGUCCGGUCCACAGCC
(((((((((((((((((((((((.((((.(((....)))..)))).))))..))))))).))))))))(((((((((((((.....)))))))).).))))))))...(((.....))) ( -59.10)
>DroGri_CAF1 36850 119 + 1
CGGUGCUGCGCUGCAGUGUAUCCUCCAGAGCUAUCCAGUUCUUGGUAGGUCCACGCUGCGGACGCAGCGCCACAGUCGUAUUGAGUUGGCCACCAGGUGGCACGGUCCGAUCAACCGGC
.((((((((((((((((((..(((((((((((....))))).))).)))...))))))))).)))))))))...((((.((((..((((((((...))))).)))..))))....)))) ( -60.80)
>DroWil_CAF1 30308 119 + 1
CGGUGCUGCGCUGCAAUGUAUCCUCCAAUGCAAUCCAGUUUUUGGUCGGCCCACGUUGCGGACGCAGCACCACCAUGGUAUUAAGUGUGGCUCCCGGUGCCACAGUGCGAUCAACUGCU
.((((((((((((((((((..((.((((.((......))..))))..))...))))))))).)))))))))....((((....(.((((((.......)))))).)...))))...... ( -51.60)
>DroMoj_CAF1 39751 119 + 1
CGGUGCUGCGCUGCAGCGUAUCCUCCAGUGCGAUCCAGUUCUUGGUGGGGCCGCGCUGAGGUCGCAGCGCUACGGUGGUGUUCAGUGUGCCACCCGGCGGUACGGUGCGGUCCACGGCG
.((.(((((((((..(((...((((.((((((.((((.(....).))))..)))))))))).)))..((((..(((((..(.....)..))))).))))...)))))))))))...... ( -57.50)
>DroAna_CAF1 31860 119 + 1
CGGUGCUACGCUGCAAGGUGUCCUCCAAAGCGAUCCAGUUCUUGGUUGGGCCCCUCUGGGGACGGAGAGCCACGGUGGUGUUCAAGGAGGCUCCGGCAGCCACAGUCCUGUCAACAGGC
..(((....(((((..((.(.(((((...((..(((.(((((..(..(....)..)..))))))))..))(((....))).....)))))).)).))))))))...((((....)))). ( -45.40)
>consensus
CGGUGCUGCGCUGCAAUGUAUCCUCCAAUGCGAUCCAGUUCUUGGUGGGGCCGCGCUGCGGACGCAGCGCCACGGUGGUAUUCAGUGUGCCUCCAGGUGCCACAGUCCGAUCAACAGCC
.((((((((((((((((((..(((((((.((......))..)))).)))...))))))))).))))))))).................((((.....)))).((((.......)))).. (-37.33 = -37.00 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

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