Locus 384

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,136,597 – 1,136,709
Length 112
Max. P 0.554153
window583

overview

Window 3

Location 1,136,597 – 1,136,709
Length 112
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.48
Mean single sequence MFE -37.08
Consensus MFE -30.49
Energy contribution -30.22
Covariance contribution -0.27
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.554153
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1136597 112 - 22224390
UGACGCCUCGUUGGA----UCGC--CACCACCAUUUCGGAAUCUUGCUUCCAACUGGGCCAAGUAUUUUUUAUGGUCUUGCGUGAGCCAUAAAAAGUGCGGCAUGUACCGAGAGGAUG
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>DroSec_CAF1 33239 112 - 1
UGACGCCUCGUUGGA----UCGC--CACCACCAUUUCGGAAUCUUGCUUCCAACUGGGCCAAGUAUUUUUUAUGGUCUUGCGUGAGCCAUAAAAAGUGCGGCAUGUAGCGAGAGGAUG
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>DroSim_CAF1 34689 112 - 1
UGACGCCUCGUUGGA----UCGC--CACCACCAUUUCGGAAUCUUGCUUCCAACUGGGCCAAGUAUUUUUUAUGGUCUUGCGUGAGCCAUAAAAAGUGCGGCAUGUAGCGAGAGGAUG
......(((((((.(----(.((--(....(((.((.((((......)))))).))).....(((((((((((((.(((....))))))))))))))))))))).)))))))...... ( -39.40)
>DroEre_CAF1 34489 112 - 1
UGACGCCUCGUUGGA----UCGC--UUCCACCAUUUCGGAAUCUUGCUUCCAACUGGGCCAAGUAUUUUUUAUGGUCUUGCGUGAGCCAUAAAAAGUGCGGCAUGUAGCGAGAGGAUG
.....((((((((((----..((--((((........))))....)).))))))...(((..(((((((((((((.(((....))))))))))))))))))).........))))... ( -38.70)
>DroYak_CAF1 34087 112 - 1
UGACGCUUCGUUGGA----UCGC--UUCCACCAUUUCGGAAUCUUGCUUCCAACUGGGCCAAGUAUUUUUUAUGGUCUUGCGUGAGCCAUAAAAAGUGCGGCAUGUAGCGAGGGGAUG
...(.((((((((((----....--.))).(((.((.((((......)))))).)))(((..(((((((((((((.(((....)))))))))))))))))))....))))))).)... ( -39.00)
>DroAna_CAF1 59282 111 - 1
UACCCUCUGGUUGGCCAUUUUGCUAUUUCACCAAUUUGUAAU-------CCAGCAGAGCCAAGAAUUUUUUAUGGUCUUGCGUGAGCCAUAAAAAAUGCGGCAUGCAGCGUUCGGAUG
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>consensus
UGACGCCUCGUUGGA____UCGC__CACCACCAUUUCGGAAUCUUGCUUCCAACUGGGCCAAGUAUUUUUUAUGGUCUUGCGUGAGCCAUAAAAAGUGCGGCAUGUAGCGAGAGGAUG
.....((((((((((............((........)).........))))))...(((..(((((((((((((.(((....))))))))))))))))))).........))))... (-30.49 = -30.22 +  -0.27)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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