Locus 3826

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,163,717 – 10,163,867
Length	150
Max. P	0.938194

overview

Window 3

Location	10,163,717 – 10,163,836
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.95
Mean single sequence MFE	-34.64
Consensus MFE	-33.72
Energy contribution	-33.40
Covariance contribution	-0.32
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.40
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	1.29
SVM RNA-class probability	0.938194
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10163717 119 - 22224390
ACGCGUCGUAUGCGCAAUACGUAUCACGUAUACGUACCAUCGUA-UCGCCACGGACUAUUUACGUUCCCUGCCAUUUGUUUGUCGGCAUCGACGGGCCUACGACAACCCGCGUAUUCGCC
....((((((.((....(((((((.....)))))))((.(((.(-(.(((((((((.....................)))))).)))))))).)))).)))))).....(((....))). ( -34.00)
>DroSec_CAF1 9757 117 - 1
ACGCGUCGUAUGCGCAAUACGUAUCACGUAUACG--CCACCGUA-UCGCCACGGACUAUUUACGUUCCCAGCCAUUUGUUUGUCGGCAUCGACGGGCCUACGACAACCCGCGUAUUCGCU
....((((((.((((.(((((.....)))))..)--)..((((.-..(((((((((.....................)))))).)))....)))))).)))))).....(((....))). ( -34.60)
>DroSim_CAF1 12162 117 - 1
ACGCGUCGUAUGCGCAAUACGUAUCACGUAUACG--CCACCGUA-UCGCCACGGACUAUUUACGUUCCCAGCCAUUUGUUUGUCGGCAUCGACGGGCCUACGACAACCCGCGUAUUCGCU
....((((((.((((.(((((.....)))))..)--)..((((.-..(((((((((.....................)))))).)))....)))))).)))))).....(((....))). ( -34.60)
>DroEre_CAF1 31536 118 - 1
ACGCGUCGUAUGCGCAAUACGUAUCACGUAUACG--CCACCGUAAUCGCCACGAACUAUUUACGUUCUCUGCCAUUUGUUUGUCGGCAUCGACGGGCCUACGACAACCCGCGUAUUCGCU
....((((((.((((.(((((.....)))))..)--)..((((....(((((((((.....................)))))).)))....)))))).)))))).....(((....))). ( -35.40)
>DroYak_CAF1 12687 117 - 1
ACGCGUCGUAUGCGCAAUACGUAUCACGUAUACG--CCACCGUA-UCGCCACGGACUAUUUACGUUCUCUGCCAUUUGUUUGUCGGCAUCGACGGGCCUACGACAACCCGCGUAUUCGCU
....((((((.((((.(((((.....)))))..)--)..((((.-..(((((((((.....................)))))).)))....)))))).)))))).....(((....))). ( -34.60)
>consensus
ACGCGUCGUAUGCGCAAUACGUAUCACGUAUACG__CCACCGUA_UCGCCACGGACUAUUUACGUUCCCUGCCAUUUGUUUGUCGGCAUCGACGGGCCUACGACAACCCGCGUAUUCGCU
....((((((.((...(((((.....)))))........((((....(((((((((.....................)))))).)))....)))))).)))))).....(((....))). (-33.72 = -33.40 +  -0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,163,757 – 10,163,867
Length	110
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.07
Mean single sequence MFE	-35.84
Consensus MFE	-28.18
Energy contribution	-28.42
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.01
SVM RNA-class probability	0.539802
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10163757 110 + 22224390
AACAAAUGGCAGGGAACGUAAAUAGUCCGUGGCGA-UACGAUGGUACGUAUACGUGAUACGUAUUGCGCAUACGACGCGUGGCGCGUCCAAAAAAGGAGUUGACGCUUCCA
...........((((.(((....(.((((((((((-((((.((.((((....)))).)))))))))).)))..((((((...)))))).......))).)..))).)))). ( -36.70)
>DroSec_CAF1 9797 108 + 1
AACAAAUGGCUGGGAACGUAAAUAGUCCGUGGCGA-UACGGUGG--CGUAUACGUGAUACGUAUUGCGCAUACGACGCGUGGCGCGUCCAAAAAAGGAGUUGACGCUUCCA
............(((((((....(.((((((((((-((((((.(--((....))).)).)))))))).)))..((((((...)))))).......))).)..))).)))). ( -37.60)
>DroSim_CAF1 12202 108 + 1
AACAAAUGGCUGGGAACGUAAAUAGUCCGUGGCGA-UACGGUGG--CGUAUACGUGAUACGUAUUGCGCAUACGACGCGUGGCGCGUCCAAAAAAGGAGUUGACGCUUCCA
............(((((((....(.((((((((((-((((((.(--((....))).)).)))))))).)))..((((((...)))))).......))).)..))).)))). ( -37.60)
>DroEre_CAF1 31576 109 + 1
AACAAAUGGCAGAGAACGUAAAUAGUUCGUGGCGAUUACGGUGG--CGUAUACGUGAUACGUAUUGCGCAUACGACGCGUGGCGCGUCCAAAAAAGGAGUUGACGCUUCCA
....(((.((...((((.......))))...)).)))..((.((--((((((((.....))))).((((.((((...)))))))).(((......)))....))))).)). ( -33.30)
>DroYak_CAF1 12727 108 + 1
AACAAAUGGCAGAGAACGUAAAUAGUCCGUGGCGA-UACGGUGG--CGUAUACGUGAUACGUAUUGCGCAUACGACGCGUGGCGCGUCCAAAAAAGGAGUUGACGCUUCCA
...........(.((((((....(.((((((((((-((((((.(--((....))).)).)))))))).)))..((((((...)))))).......))).)..))).)))). ( -34.00)
>consensus
AACAAAUGGCAGGGAACGUAAAUAGUCCGUGGCGA_UACGGUGG__CGUAUACGUGAUACGUAUUGCGCAUACGACGCGUGGCGCGUCCAAAAAAGGAGUUGACGCUUCCA
...........((((.(((....(.(((((((((..((((.((...((....))...))))))...))).)))((((((...)))))).......))).)..))).)))). (-28.18 = -28.42 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:09:39 2006