Locus 3799

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,084,580 – 10,084,697
Length	117
Max. P	0.778732

overview

Window 1

Location	10,084,580 – 10,084,697
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.11
Mean single sequence MFE	-61.32
Consensus MFE	-48.92
Energy contribution	-49.23
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.63
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.55
SVM RNA-class probability	0.778732
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10084580 117 + 22224390
GGCCUCAUCCUCG---UGCUUGGGCGAAUCGGCGCCGCAGGGUCCGCCACCGCUCAGGCUGAGCGGCCCCUGCGGGCACGCUGAUUGUCACCGGAGCGCCAAGGUCGAGAUCAUCGGCGG
(..(((..(((.(---(((((.((.(((((((((((((((((.((((((((.....)).)).)))).))))))))...)))))))..)).)).))))))..)))..)))..)........ ( -62.30)
>DroVir_CAF1 12727 117 + 1
AGCCUCCUCCUCC---UGCUUUGGCGAAUCGGCACCGCAGGGCCCACCGCCGCUCAGGCUGAGUGGGCCCUGCGGGCAGGCUGAUUGUCACCGAAGCGCCAGUGUGGAUAUCAUUGGCGG
..((.........---.(((((((.((((((((.(((((((((((((((((.....))).).)))))))))))))....))))))..)).)))))))(((((((.......))))))))) ( -68.90)
>DroPse_CAF1 956 120 + 1
GGCCUCAUCCUCGACAUGCUUCGGCGAAUCGGCUCCGCAGGGACCUCCCCCGCUCAGGCUGAGCGGCCCCUGCGGGCAGGCUGAUUGUCACCGAAGCGCCAGGGUCGAUAUCAUUGGCGG
.(((......(((((.((((((((.(((((((((((((((((.......((((((.....)))))).))))))))...)))))))..)).)))))))).....))))).......))).. ( -59.02)
>DroGri_CAF1 1045 117 + 1
AGCCUCCUCCUCA---UGCUUGGGCGAAUCGGCACCGCAGGGUCCACCGCCGCUCAGACUGAGUGGGCCCUGCGGGCAGGCUGAUUGUCACCGAAGCGCCAGUGUCGAUAUCAUUGGCGG
..((.........---.((((.((.((((((((.(((((((((((((((..........)).)))))))))))))....))))))..)).)).))))(((((((.......))))))))) ( -57.70)
>DroAna_CAF1 871 117 + 1
CGCCUCAUCCUCG---UGCUUCGGCGAGUCGGCGCCGCAGGGUCCGCCGCCGCUCAGGCUAAGCGGUCCCUGCGGGCACGCUGAUUGUCACCGCAGCGCCAGCGUCGAUAUCAUCGGCGG
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>DroPer_CAF1 968 120 + 1
GGCCUCAUCCUCGACAUGCUUCGGCGAAUCGGCGCCGCAGGGACCUCCCCCGCUCAGGCUGAGCGGCCCCUGCGGGCAGGCUGAUUGUCACCGAAGCGCCAGCGUCGAUAUCAUUGGCGG
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>consensus
GGCCUCAUCCUCG___UGCUUCGGCGAAUCGGCGCCGCAGGGUCCACCGCCGCUCAGGCUGAGCGGCCCCUGCGGGCAGGCUGAUUGUCACCGAAGCGCCAGCGUCGAUAUCAUUGGCGG
..((.............(((((((.((((((((.((((((((.......((((((.....)))))).))))))))....))))))..)).)))))))(((((.(.......).))))))) (-48.92 = -49.23 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	10,084,580 – 10,084,697
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.11
Mean single sequence MFE	-58.20
Consensus MFE	-47.44
Energy contribution	-48.17
Covariance contribution	0.73
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.514850
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10084580 117 - 22224390
CCGCCGAUGAUCUCGACCUUGGCGCUCCGGUGACAAUCAGCGUGCCCGCAGGGGCCGCUCAGCCUGAGCGGUGGCGGACCCUGCGGCGCCGAUUCGCCCAAGCA---CGAGGAUGAGGCC
..........(((((.(((((..(((..(((((..(((.(((...((((((((.(((((..(((.....)))))))).))))))))))).))))))))..))).---))))).))))).. ( -57.80)
>DroVir_CAF1 12727 117 - 1
CCGCCAAUGAUAUCCACACUGGCGCUUCGGUGACAAUCAGCCUGCCCGCAGGGCCCACUCAGCCUGAGCGGCGGUGGGCCCUGCGGUGCCGAUUCGCCAAAGCA---GGAGGAGGAGGCU
..((((.((.......)).))))((((((....)..((..(((((..((((((((((((..(((.....)))))))))))))))((((......))))...)))---))..)).))))). ( -62.40)
>DroPse_CAF1 956 120 - 1
CCGCCAAUGAUAUCGACCCUGGCGCUUCGGUGACAAUCAGCCUGCCCGCAGGGGCCGCUCAGCCUGAGCGGGGGAGGUCCCUGCGGAGCCGAUUCGCCGAAGCAUGUCGAGGAUGAGGCC
..(((.......(((.((.((((((((((((((..(((.((....(((((((((((.(((.((....))..))).))))))))))).)).)))))))))))))..)))).)).)))))). ( -59.71)
>DroGri_CAF1 1045 117 - 1
CCGCCAAUGAUAUCGACACUGGCGCUUCGGUGACAAUCAGCCUGCCCGCAGGGCCCACUCAGUCUGAGCGGCGGUGGACCCUGCGGUGCCGAUUCGCCCAAGCA---UGAGGAGGAGGCU
((((((.((.......)).))))((((.(((((..(((.((....((((((((.(((((..(((.....)))))))).)))))))).)).)))))))).)))).---...))........ ( -50.10)
>DroAna_CAF1 871 117 - 1
CCGCCGAUGAUAUCGACGCUGGCGCUGCGGUGACAAUCAGCGUGCCCGCAGGGACCGCUUAGCCUGAGCGGCGGCGGACCCUGCGGCGCCGACUCGCCGAAGCA---CGAGGAUGAGGCG
.(((((((...)))....((.(.(((.((((((...((.(((...((((((((.(((((..(((.....)))))))).))))))))))).)).)))))).))).---).)).....)))) ( -57.40)
>DroPer_CAF1 968 120 - 1
CCGCCAAUGAUAUCGACGCUGGCGCUUCGGUGACAAUCAGCCUGCCCGCAGGGGCCGCUCAGCCUGAGCGGGGGAGGUCCCUGCGGCGCCGAUUCGCCGAAGCAUGUCGAGGAUGAGGCC
..(((.......((((((....)((((((((((..(((.((..(((.(((((((((.(((.((....))..))).)))))))))))))).)))))))))))))..)))))......))). ( -61.82)
>consensus
CCGCCAAUGAUAUCGACACUGGCGCUUCGGUGACAAUCAGCCUGCCCGCAGGGGCCGCUCAGCCUGAGCGGCGGAGGACCCUGCGGCGCCGAUUCGCCGAAGCA___CGAGGAUGAGGCC
((((((.((.......)).))))((((.(((((..(((.((....((((((((.(((((..(((.....)))))))).)))))))).)).)))))))).)))).......))........ (-47.44 = -48.17 +   0.73)

alignment

secondary structure

dotplot

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