| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 136,992 – 137,103 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.991993 |
| Location | 136,992 – 137,103 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 86.67 |
| Mean single sequence MFE | -34.95 |
| Consensus MFE | -30.72 |
| Energy contribution | -30.86 |
| Covariance contribution | 0.14 |
| Combinations/Pair | 1.14 |
| Mean z-score | -3.25 |
| Structure conservation index | 0.88 |
| SVM decision value | 2.30 |
| SVM RNA-class probability | 0.991993 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 136992 111 - 22224390 UGUGAAA-----UACGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCCUGGCUAGCUUACUCCUUUUUAAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCG---- .......-----..((((.((((((((((((.((((((((((..(((..(((((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).))))---- ( -36.41) >DroSec_CAF1 10378 111 - 1 UGUGAAA-----UACGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGGCUAGCUCACUACUUUUUUAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCA---- .......-----...(((.((((((((((((.((((((((((..(((..(((((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).))).---- ( -35.51) >DroSim_CAF1 9739 111 - 1 UGUGAAA-----UACGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGGCUAGCUCACUACUUUUUUAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCA---- .......-----...(((.((((((((((((.((((((((((..(((..(((((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).))).---- ( -35.51) >DroEre_CAF1 8410 111 - 1 UGUGAAA-----UGUGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGCCUAGCUUACCUCUUUUUAAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGUAGUUCG---- .......-----...(((.((((((((((((.((((((((((..((((.((.((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).))).---- ( -32.31) >DroYak_CAF1 8571 115 - 1 UGUGAGA-----UGUGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGCCUAGCUUAGCUUUUUUUAAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCGACUC ...(((.-----..((((.((((((((((((.((((((((((..((((.((.((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).)))).))) ( -34.21) >DroAna_CAF1 33818 113 - 1 --AGAAAUGUCCUAGGAAGUAAUUUGUAUGUCAGCCUCUCAUUUGGCCUGCCUAGCUGACUU-UAAAUUAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUGAUUGCGAUUCA---- --.(((...((....)).((((.(..(((((.((((..((((..(((..((.((((......-............)))))).)))..))))..)))).)))))..)))))..))).---- ( -35.77) >consensus UGUGAAA_____UACGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGCCUAGCUUACUUCUUUUUAAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCA____ ...............(((.((((((((((((.((((((((((..((((.(.(((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).)))..... (-30.72 = -30.86 + 0.14)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:32:00 2006