Locus 368

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,121,063 – 1,121,174
Length 111
Max. P 0.721128
window552

overview

Window 2

Location 1,121,063 – 1,121,174
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.39
Mean single sequence MFE -27.84
Consensus MFE -19.21
Energy contribution -20.60
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.40
SVM RNA-class probability 0.721128
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1121063 111 - 22224390
--GAGA----UAGAGCAGCGUAUGUAUGUACAUACAUAUAAUUCCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG---
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>DroSec_CAF1 17794 109 - 1
--GAGA----UAGAGCAGCGUAUGUA--CACAUACAUAUAAUUUCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG---
--....----....((((((((((..--..)))))..........((.((....)).)).))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).)))))))...--- ( -29.90)
>DroSim_CAF1 18422 107 - 1
--GAGA----UAGAGCAGCGUAUGUA--C--AUACAUAUAAUUUCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG---
--....----....(((((((((((.--.--..))))))......((.((....)).)).))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).)))))))...--- ( -28.40)
>DroEre_CAF1 18926 101 - 1
UACAGA----UAGGGCAGCGU------------ACAUAAAAUUCCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG---
..(((.----....(((((((------------((.............))))........))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).))))))))))--- ( -25.22)
>DroYak_CAF1 18086 105 - 1
GACAGAGACAGAGAGCAGAGU------------ACAUGUAGUGCCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCGGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG---
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>DroAna_CAF1 40130 94 - 1
----------------CGGGU----A----UAUGCCUGUAAUUCUA--GUAUCCAUUUCUGUUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUACAC
----------------.((((----.----...))))(((((...(--((....)))...))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).)))))))...... ( -21.90)
>consensus
__GAGA____UAGAGCAGCGU____A_____AUACAUAUAAUUCCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG___
..............(((((((((........))))..........((.((....)).)).))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).)))))))...... (-19.21 = -20.60 +   1.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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