Locus 3674

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 9,819,029 – 9,819,136
Length 107
Max. P 0.553088
window6022

overview

Window 2

Location 9,819,029 – 9,819,136
Length 107
Sequences 5
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.79
Mean single sequence MFE -34.66
Consensus MFE -29.24
Energy contribution -29.52
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.31
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.553088
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9819029 107 + 22224390
GUUGCCGUUGAGGCGCCUCAAUUAGAACGCUAUAAUUGCUGGCCAGCCCCGCCACUUCGUCAGUUUGUCAGUGAGUCAAUCUGUCAAACUGUCCAUCAGCG-UUGCAG
..(((((((((((((((.((((((........))))))..)))..)))..........(.(((((((.(((.........))).))))))).)..))))))-..))). ( -33.20)
>DroSec_CAF1 20508 107 + 1
GUUGCCGUUGAGGCGCCUCAAUUAGAACGCUAUAAUUGCUGGCCAGCCCCGCCACUUCGUCAGUUUGUCAGUGAGUCAAUCUGUCAAACUGUCCAUCAGCG-UCGCAG
..(((((((((((((((.((((((........))))))..)))..)))..........(.(((((((.(((.........))).))))))).)..))))))-..))). ( -33.20)
>DroSim_CAF1 10492 107 + 1
GUUGCCGUUGAGGCGCCUCAAUUAGAACGCUAUAAUUGCUGGCCAGCCCCGCCACUUCGUCAGUUUGUCAGUGAGUCAAUCUGUCAAACUGUCCAUCAGCG-UCGCAG
..(((((((((((((((.((((((........))))))..)))..)))..........(.(((((((.(((.........))).))))))).)..))))))-..))). ( -33.20)
>DroEre_CAF1 11822 107 + 1
GUUGCCGUUGAGGCGCCGCAAUUAGAACGCUAUAAUUGCUGGUCAGCCCCACCACUUCGGCAGUUUGUCAGUUGGUCAAACUGUCAAUCCGUCCAUCAGCG-UUGCAG
..((((((((((((((((((((((........))))))).)))..)))..........(((((((((.(.....).)))))))))..........))))))-..))). ( -36.00)
>DroYak_CAF1 12734 108 + 1
GUUGCCGUUGAGGCGCCUCAAUUAGAACGCUAUAAUUGCUGGCCAGCCCCGCCACUUCGUCAGUUUGUCAGUGAGUCAAUCUGACAGUCUGUCCAUCAGCGGUUGCAG
((.((((((((((((((.((((((........))))))..)))..)))..........(.(((.(((((((.........))))))).))).)..)))))))).)).. ( -37.70)
>consensus
GUUGCCGUUGAGGCGCCUCAAUUAGAACGCUAUAAUUGCUGGCCAGCCCCGCCACUUCGUCAGUUUGUCAGUGAGUCAAUCUGUCAAACUGUCCAUCAGCG_UUGCAG
..(((((((((((((((.((((((........))))))..)))..)))..........(.(((((((.(((.........))).))))))).)..))))))...))). (-29.24 = -29.52 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:05:24 2006