Locus 358

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,095,917 – 1,096,037
Length 120
Max. P 0.557506
window539

overview

Window 9

Location 1,095,917 – 1,096,037
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.61
Mean single sequence MFE -49.62
Consensus MFE -29.81
Energy contribution -29.95
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.557506
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1095917 120 + 22224390
CCGCACAGCUGCUGCCGCGAGCCCAGGGAAAUGGACCUUACCGACUGGCCAUGAGGUGUUUUCCGCAGUUCGGCCACAAUUUGUGCCAACUGCGAAUGGGUGCGGCUGCAAAAGAAGAUU
.........(((.(((((..((((((((((((..((((((((....))...)))))))))))))((((((.(((.((.....)))))))))))...)))))))))).))).......... ( -48.70)
>DroVir_CAF1 3728 120 + 1
AUGCACAACUGCUGGCGGGAGCCGAGCGCAAUGCAGCGUGCGUGCUGGCCGUGCGGCGUCUUGCGCAGCUCGGUCACAAUCUGCGCCAGCUGCGAGUGCGUCCGGCUGCAGUAGAAGAUU
........((((((.(...(((((..((((.((((((.((.((((((((((.((.(((.....))).)).))))))......))))))))))))..))))..))))))))))))...... ( -57.50)
>DroGri_CAF1 4072 120 + 1
AUGCACAGCUGGUGGCGCGAGCCGAGCGAGAUGCAGCGCACACUCUUCCCAUGCGGCGUCUUGCGCAGCUCGGCCACAAUCUGCGCCAGCUGUGCGUGCGUCCGGCUGCAGUAGAAUAUC
((((((((((((((((.(((((.(.(((((((((..((((...........))))))))))))).).)))))))).........)))))))))))))(((......)))........... ( -56.00)
>DroSec_CAF1 2021 120 + 1
CUGCACAGUUGCUGCCGCGAGCCUAGGGAAAUGCACCUCACCGACUGGCCAUGAGGUGUUUUCCGCAGUUCUGUCACAAUUUGUGCCAACUGCGAGUGCGUGCGGCUGCAGAAGAAGAUU
(((((.....(((((((((..(....(((((.((((((((((....))...)))))))))))))(((((..((.(((.....))).))))))))..)))).))))))))))......... ( -48.30)
>DroYak_CAF1 2017 120 + 1
CCGCACAAUUGCUGACGGGAGCCGAGGGAAAUGCACCUUACCGCCUGACCAUGCGGUGUUUUCCGCAGCUCGGCUACAAUUUGUGCCAACUGCGAGUGGGUGCGGCUGCAAAAGAAUAUU
((((((..(..((..(((((((.(.(((((((.......(((((........)))))))))))).).))))(((.((.....)))))..)))..))..)))))))............... ( -40.91)
>DroMoj_CAF1 4308 120 + 1
AUGCACAGCUGCUGCCGUGAGCCGAGCGCAAUGCAGCGCACAUUUUGCCCAUGCGGUGUCUUCCGCAGCUCAGCCACAAUCUGCGAGAGCUGCGAGUGCGUGCGGCUGCAGAAGAAGAUU
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>consensus
AUGCACAGCUGCUGCCGCGAGCCGAGCGAAAUGCACCGCACCGACUGGCCAUGCGGUGUCUUCCGCAGCUCGGCCACAAUCUGCGCCAACUGCGAGUGCGUGCGGCUGCAGAAGAAGAUU
..(((.....(((((((((..(...(((((((((..((((...........)))))))))))))((((((.(((((.....)).))))))))))..)))).))))))))........... (-29.81 = -29.95 +   0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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