Locus 3529

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 9,450,434 – 9,450,591
Length 157
Max. P 0.762394
window5776 window5777

overview

Window 6

Location 9,450,434 – 9,450,551
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.39
Mean single sequence MFE -41.21
Consensus MFE -23.36
Energy contribution -23.20
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.53
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.762394
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9450434 117 - 22224390
GUGGACGCAUCCAUUCAGGAUGUUGCCAUCUCGCCGGAUGGCAGAUACUUGGCGGCGGCCAAUAACAAGGGCAACUGCUACAUCUGGUCGCUGACC---AGUCAGGAUCAGAAGAUGAGC
(((...((((((.....))))))((((((((....))))))))..))).((((((..(((.........)))..))))))..(((((((.((((..---..)))))))))))........ ( -46.20)
>DroVir_CAF1 3169 120 - 1
GUGGAUGCAUCCAUACAAGAUGUGGCCAUUUCUCCAGAUGGUCACUACAUGGCUGCGGCCAACAACAAGGGCAAUUGCUACAUUUGGCAAUUGAGCAGCAGUCCCAGCCAGCAUCUGAGC
..((((((.............(((((((((......)))))))))....((((((.((((........)).(((((((((....))))))))).........)))))))))))))).... ( -43.80)
>DroGri_CAF1 3991 120 - 1
CUGGAAGCCUCGAUUCAGGAUGUGGCCAUCUCACCAGAUGGCCAUUACAUGGCCGCCGCCAACAACAAGGGCAAUUGUUACAUUUGGGAGCUGAGCAUCAGUCCCGGCCAGAUGUUGAGC
........((((((((.(...((((((((((....))))))))))..).(((((...(((.........))).............((((.(((.....)))))))))))))).)))))). ( -45.80)
>DroWil_CAF1 4471 120 - 1
GUGGAUGCCUCUAUACAGGAUGUGGCAAUAUCGCCGGAUGGCCAUUAUCUGGCCGCUGGCAAUAAUAAGGGCAACUGUUAUAUAUGGUCACUCACAAGUAGUCCCGACCAAAAGAUGAGC
..((.((((..(((....(((((....)))))(((((.((((((.....)))))))))))....)))..)))).)).((((...(((((((((....).)))...)))))....)))).. ( -37.80)
>DroMoj_CAF1 3421 120 - 1
GUGGAUGCCUCAAUACAAGACGUGGCCAUUUCGCCAAAUGGCCAUUAUAUGGCCGCGGCCAACAAUAAGGGCAACUGCUACAUCUGGGAGCUGAGCAUCAGUCCCGACCAGCGUUUGAGC
........(((((.((....(((((((((...(((....)))......)))))))))(((.........)))....(((...((.((((.(((.....)))))))))..)))))))))). ( -40.80)
>DroAna_CAF1 5413 120 - 1
GUGGAUGCCUCCAUACAGGACGUGGCCAUCUCCCCAGACGGACGCUAUUUGGCGGCAGCCAACAACAAAGGCAAUUGCUAUAUUUGGUCACUUACCAGCAGUCCGGAUCAAAAGAUGAGC
(((((....)))))..........(((((((.......((((((((...((((((..(((.........)))..)))))).....(((.....)))))).))))).......))))).)) ( -32.84)
>consensus
GUGGAUGCCUCCAUACAGGAUGUGGCCAUCUCGCCAGAUGGCCAUUACAUGGCCGCGGCCAACAACAAGGGCAACUGCUACAUUUGGUAACUGACCAGCAGUCCCGACCAGAAGAUGAGC
(..(.(((((...........((((((((((....))))))))))....((((....)))).......))))).)..)....((((((.(((.......)))....))))))........ (-23.36 = -23.20 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 9,450,471 – 9,450,591
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.83
Mean single sequence MFE -42.63
Consensus MFE -27.73
Energy contribution -27.77
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.47
SVM RNA-class probability 0.750631
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9450471 120 - 22224390
GGACGUCAAGUCGGAGCGGCACGAACGCAUCGUGCCCGAGGUGGACGCAUCCAUUCAGGAUGUUGCCAUCUCGCCGGAUGGCAGAUACUUGGCGGCGGCCAAUAACAAGGGCAACUGCUA
....((((..((((...(((((((.....)))))))((((((((..((((((.....))))))..)))))))))))).)))).......((((((..(((.........)))..)))))) ( -54.10)
>DroVir_CAF1 3209 120 - 1
GGACGUUAAGUCGGAAGUGCACGAGCAGCUUGUGCCCGAGGUGGAUGCAUCCAUACAAGAUGUGGCCAUUUCUCCAGAUGGUCACUACAUGGCUGCGGCCAACAACAAGGGCAAUUGCUA
.(((.....)))......((....))(((...(((((..(.(((.((((.((((.......(((((((((......)))))))))...)))).)))).)))....)..)))))...))). ( -42.40)
>DroGri_CAF1 4031 120 - 1
GGAUGUUAAGUCCGAACUGCACGAACAGCUUGUACCCGAACUGGAAGCCUCGAUUCAGGAUGUGGCCAUCUCACCAGAUGGCCAUUACAUGGCCGCCGCCAACAACAAGGGCAAUUGUUA
((((.....))))..........(((((.(((..(((...(((((........)))))...((((((((((....))))))))))....((((....)))).......))))))))))). ( -35.40)
>DroWil_CAF1 4511 120 - 1
GGAUGUCAAGUCGGAGAAGCACGAGAGAAUUGUACCCGAAGUGGAUGCCUCUAUACAGGAUGUGGCAAUAUCGCCGGAUGGCCAUUAUCUGGCCGCUGGCAAUAAUAAGGGCAACUGUUA
.....(((..((((.(....((((.....)))).)))))..))).((((..(((....(((((....)))))(((((.((((((.....)))))))))))....)))..))))....... ( -38.80)
>DroMoj_CAF1 3461 120 - 1
GGACGUGAAGUCAGAGGUGCAUGAGCAGCUGGUGCCCGAGGUGGAUGCCUCAAUACAAGACGUGGCCAUUUCGCCAAAUGGCCAUUAUAUGGCCGCGGCCAACAAUAAGGGCAACUGCUA
.(((.....)))...........(((((....((((((((((....))))).........(((((((((...(((....)))......)))))))))...........))))).))))). ( -47.40)
>DroAna_CAF1 5453 120 - 1
GGACGUCAAGUCGGAGAAACACGAACGGAUUGUGCCCGAGGUGGAUGCCUCCAUACAGGACGUGGCCAUCUCCCCAGACGGACGCUAUUUGGCGGCAGCCAACAACAAAGGCAAUUGCUA
((.((((..(((((.....(((((.....)))))...(((((((..((.(((.....))).))..))))))).)).))).))))))..(((((....))))).......(((....))). ( -37.70)
>consensus
GGACGUCAAGUCGGAGAUGCACGAACAGAUUGUGCCCGAGGUGGAUGCCUCCAUACAGGAUGUGGCCAUCUCGCCAGAUGGCCAUUACAUGGCCGCGGCCAACAACAAGGGCAACUGCUA
.(((.....)))......((((((.....))))))....((..(.(((((...........((((((((((....))))))))))....((((....)))).......))))).)..)). (-27.73 = -27.77 +   0.04)

alignment

Postscript

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