Locus 349

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,076,446 – 1,076,538
Length 92
Max. P 0.960123
window529 window530

overview

Window 9

Location 1,076,446 – 1,076,538
Length 92
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.06
Mean single sequence MFE -48.53
Consensus MFE -39.44
Energy contribution -39.58
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -4.22
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 1.51
SVM RNA-class probability 0.960123
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1076446 92 + 22224390
UAGCCGCCGCCGCGUGCAGCGAUGUGGACGAUGCGCC----------------------------UCGGCGCACCACAUCCACACCGCCGCCGCAGCAGGCGCACUCCUACAACUCCGUC
..((.(((((.(((.((.(((.((((((.(.(((((.----------------------------...)))))...).)))))).))).))))).)).)))))................. ( -41.40)
>DroPse_CAF1 796 92 + 1
CCGCCGCCGCUGCGUGCAGCGACGUUGAUGAUGUGCC----------------------------CCGUCGCACAACAUCAACGCCGCCGCCGCAGCAGGCGCACUCCUACAACUCCGUC
..((.(((((((((.((.(((.((((((((.(((((.----------------------------.....))))).)))))))).))).)))))))).)))))................. ( -48.00)
>DroGri_CAF1 4995 116 + 1
CCGCCGCUGCUGCGUGCAGCGACGCUGAUGCUGUGCUCGUGCCCGUCGA----ACAGUUCGUGGCACGUCGCAAAACAUCAACGCCGCCGCCGCAGCAGGCGCACUCCUACAACUCCGUU
.((((..(((((((.((.(((.((.(((((...(((.((((((...(((----.....))).))))))..)))...))))).)).))).))))))))))))).................. ( -52.00)
>DroWil_CAF1 5886 92 + 1
UGGCCGCCGCUGCGUGCAGUGACGUUGUUGUGGUGCC----------------------------CCUACGCACUACAUCAACGCCACCGCCGCAGCAGGCGCACUCCUACAAUUCGGUA
..((.(((((((((.((.(((.(((((.((((((((.----------------------------.....)))))))).))))).))).)))))))).)))))................. ( -46.00)
>DroMoj_CAF1 11639 116 + 1
CUGCCGCCGCUGCGUGCAGCGAUGUUGCUGCUGUGGCCGUGCC----AGUCGAACAGCUCGUGGCACGCCGCACAACAUCAACACCGCCGCCGCAGCAGGCGCACUCCUACAAUUCCGUC
.(((.(((((((((.((.(((.(((((.((.((((((.(((((----(..(((.....)))))))))))))))...)).))))).))).)))))))).))))))................ ( -55.80)
>DroPer_CAF1 796 92 + 1
CCGCCGCCGCUGCGUGCAGCGACGUUGAUGAUGUGCC----------------------------CCGUCGCACAACAUCAACGCCGCCGCCGCAGCAGGCGCACUCCUACAACUCCGUC
..((.(((((((((.((.(((.((((((((.(((((.----------------------------.....))))).)))))))).))).)))))))).)))))................. ( -48.00)
>consensus
CCGCCGCCGCUGCGUGCAGCGACGUUGAUGAUGUGCC____________________________CCGUCGCACAACAUCAACGCCGCCGCCGCAGCAGGCGCACUCCUACAACUCCGUC
..((.(((((((((.((.(((.((((((((.(((((..................................))))).)))))))).))).)))))))).)))))................. (-39.44 = -39.58 +   0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 1,076,446 – 1,076,538
Length 92
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.06
Mean single sequence MFE -61.02
Consensus MFE -50.43
Energy contribution -50.05
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -5.26
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.20
SVM RNA-class probability 0.929470
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1076446 92 - 22224390
GACGGAGUUGUAGGAGUGCGCCUGCUGCGGCGGCGGUGUGGAUGUGGUGCGCCGA----------------------------GGCGCAUCGUCCACAUCGCUGCACGCGGCGGCGGCUA
..............(((.((((.((((((((((((((((((((..(((((((...----------------------------.))))))))))))))))))))).))))))))))))). ( -60.10)
>DroPse_CAF1 796 92 - 1
GACGGAGUUGUAGGAGUGCGCCUGCUGCGGCGGCGGCGUUGAUGUUGUGCGACGG----------------------------GGCACAUCAUCAACGUCGCUGCACGCAGCGGCGGCGG
...............((.((((.(((((((((((((((((((((.(((((.....----------------------------.))))).))))))))))))))).)))))))))))).. ( -57.60)
>DroGri_CAF1 4995 116 - 1
AACGGAGUUGUAGGAGUGCGCCUGCUGCGGCGGCGGCGUUGAUGUUUUGCGACGUGCCACGAACUGU----UCGACGGGCACGAGCACAGCAUCAGCGUCGCUGCACGCAGCAGCGGCGG
..................((((((((((((((((((((((((((((.(((..((((((.(((.....----)))...)))))).))).))))))))))))))))).)))))))..)))). ( -69.20)
>DroWil_CAF1 5886 92 - 1
UACCGAAUUGUAGGAGUGCGCCUGCUGCGGCGGUGGCGUUGAUGUAGUGCGUAGG----------------------------GGCACCACAACAACGUCACUGCACGCAGCGGCGGCCA
..((........))....((((.((((((((((((((((((.(((.((((.....----------------------------.)))).))).)))))))))))).)))))))))).... ( -52.40)
>DroMoj_CAF1 11639 116 - 1
GACGGAAUUGUAGGAGUGCGCCUGCUGCGGCGGCGGUGUUGAUGUUGUGCGGCGUGCCACGAGCUGUUCGACU----GGCACGGCCACAGCAGCAACAUCGCUGCACGCAGCGGCGGCAG
................((((((.((((((((((((((((((.(((((((.(.(((((((((((...))))..)----)))))).)))))))).)))))))))))).))))))))).))). ( -69.20)
>DroPer_CAF1 796 92 - 1
GACGGAGUUGUAGGAGUGCGCCUGCUGCGGCGGCGGCGUUGAUGUUGUGCGACGG----------------------------GGCACAUCAUCAACGUCGCUGCACGCAGCGGCGGCGG
...............((.((((.(((((((((((((((((((((.(((((.....----------------------------.))))).))))))))))))))).)))))))))))).. ( -57.60)
>consensus
GACGGAGUUGUAGGAGUGCGCCUGCUGCGGCGGCGGCGUUGAUGUUGUGCGACGG____________________________GGCACAUCAUCAACGUCGCUGCACGCAGCGGCGGCGG
...............((.((((.(((((((((((((((((((((.(((((..................................))))).))))))))))))))).)))))))))))).. (-50.43 = -50.05 +  -0.38)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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