Locus 3410

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 9,124,805 – 9,124,925
Length 120
Max. P 0.527124
window5577

overview

Window 7

Location 9,124,805 – 9,124,925
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.83
Mean single sequence MFE -48.80
Consensus MFE -26.54
Energy contribution -26.52
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.54
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.527124
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9124805 120 + 22224390
GCCUGCAGGAGCAUGCCUCGCUCGGCGCUAAGGUCAGGCAAAUGCCACUCGGAGUGGGGCAGUUGCAUGGGAUACAAGUACAUCUGGUCCGCCAGCUUACUGGCCAGCCGCUGGGCAAAG
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>DroVir_CAF1 623 120 + 1
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>DroGri_CAF1 623 120 + 1
GACUGCAGCAGCAUACCUCUCUCGGCGCUCAGAUCCGGCAGCUGCCACUCUGAGUGGGGCAAUUGCAUCGGAUACAAAUACAUUUGAUCGGCCAGCUUGCUGGCCAAGCGCUGAGCAAAG
...(((....))).......(((((((((...(((((((((.((((.((......)))))).))))..)))))................((((((....)))))).)))))))))..... ( -46.10)
>DroWil_CAF1 1289 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 623 120 + 1
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>DroAna_CAF1 629 120 + 1
GCCUGCAGGAGCAUGCCCCGCUCGGCGCUCAGAUCGGGCAGCUGCCACUCGGAGUGCGGCAGGGUGAUGGGGUACAAGUAUAUCUGGUCGGCCAGCUUGCUGGCCAUGCGCUGGGCAAAG
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>consensus
GACUGCAGCAGCAUGCCCCGCUCGGCGCUCAGAUCCGGCAGCUGCCACUCGGAGUGCGGCAAUUGCAUGGGAUACAAAUACAUUUGAUCGGCCAGCUUGAUGGCCAAGCGCUGGGCAAAG
....(((......)))....((((((((...((((..((((.((((.(.......).)))).))))...((((........)))))))).((((......))))...))))))))..... (-26.54 = -26.52 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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