Locus 3405

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 9,119,939 – 9,120,034
Length 95
Max. P 0.883744
window5569

overview

Window 9

Location 9,119,939 – 9,120,034
Length 95
Sequences 6
Columns 95
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.16
Mean single sequence MFE -35.42
Consensus MFE -28.29
Energy contribution -28.68
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.883744
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9119939 95 + 22224390
CAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAACGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUUUGGGGCUGCCCCAGAUCAAAGCAGUCAGUAACAGGU
...(((.....((.(((.((((((((((((...))))..))))))))..))).))(((((((((...)))))))))......))).......... ( -36.10)
>DroPse_CAF1 463 90 + 1
AAGGGCAGCCUGGUC-AAAUGUUUGUCCCAGAGUUAUGGCCAGA----AUGUGACCACCAGCGGCUGCCCAAGAGUAAACCAGUUAGCAACAGGU
..(((((((((((((-(....((((..(((......))).))))----...)))))).....))))))))........(((.((.....)).))) ( -32.80)
>DroSec_CAF1 1206 95 + 1
CAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAAUGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUUUGGGGCUGCCCCAGAUCAAAAUAGUCAGGAACAGGU
(..(((.....((.(((.(((((((((((.....)))..))))))))..))).))(((((((((...)))))))))......)))..)....... ( -35.60)
>DroSim_CAF1 1205 95 + 1
CAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAAUGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUUUGGGGCUGCCCCAGAUCAAAACAGUCAGGAACAGGU
(..(((.....((.(((.(((((((((((.....)))..))))))))..))).))(((((((((...)))))))))......)))..)....... ( -35.60)
>DroEre_CAF1 1278 95 + 1
CGGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAGUGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUGUGAGGCUGCCCCAGAUCAAAGCAGUCAGGAACAGGU
.((((((((((((.(((.(((((((((((.....)))..))))))))..))).))......))))))))))........................ ( -37.80)
>DroYak_CAF1 1280 95 + 1
AAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAUCUGAAAUGGUGGUCAGGUACAGGGGUGCAACGUGUGGCUGCCCCAGAUCAAAGCAGUCAGGAACAGGU
..(((((((((((((((.((..((((((.........))))))..)).)))).)))......))))))))......................... ( -34.60)
>consensus
CAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAAUGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUUUGGGGCUGCCCCAGAUCAAAGCAGUCAGGAACAGGU
..(((((((((((.(((.((((((((.((........))))))))))..))).)))......))))))))......................... (-28.29 = -28.68 +   0.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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