Locus 3393

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	9,072,988 – 9,073,145
Length	157
Max. P	0.860115

overview

Window 5

Location	9,072,988 – 9,073,108
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.83
Mean single sequence MFE	-42.50
Consensus MFE	-21.83
Energy contribution	-21.03
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-1.94
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	0.82
SVM RNA-class probability	0.860115
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9072988 120 - 22224390
AUUUCGCGUUCCAAGCCGGUCAGCUGCUCCCUGAGCAGCUCCAAGUGCAGUACGAACUGCAGAUUGCGCAGAUACGUCAGCCACACGAGCGGCUCAUAGGUGCUCCAAAAGAGCAACAUA
.....((((.....(((((((((((((((...)))))))).....((((((....))))))))))).))....)))).((((.(....).))))....(.(((((.....))))).)... ( -40.30)
>DroVir_CAF1 4053 120 - 1
AGCUCGCAUUCCAAUUGCACCAGCUGUUGCCGCAACAGCUCCAGGUGCAGCAAAAAUUGCGUGUUGCGCAAAUGCACCAGAAACACAAACGGCUGAAAGGUGCUCCAAAAGAGCAGAAUA
.((((((((.....(((((((((((((((...))))))))...)))))))......(((((.....)))))))))................(((....))).........))))...... ( -38.90)
>DroPse_CAF1 499 120 - 1
AGCUCCCGUUCGAGCUGGGCCAGCUGCUGGCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGUACGUUCCGCAUGUACAUGAGGAAAACGAGCGGCUCGAAUGUGCUCCAGAAGAGUAUCAAG
......(((((((((((((..(((((((.....)))))))))((((((((......))))))))(((.(((....))).))).......)))))))))))(((((.....)))))..... ( -46.40)
>DroYak_CAF1 478 120 - 1
AUUUCGCGUUCCAAAGCGUUCAGGUGCUCCCGAAGCAUCUCCAGGUGCAGCACAAACUGCAGAUUUCGCAGAUACGUCAGCCACACGAGCGGCUCGUAGGUGCUCCAAAAGAGCAACAUG
....(((........)))....(.(((((.....(((((....)))))(((((...((((.......)))).((((..((((.(....).)))))))).)))))......))))).)... ( -36.60)
>DroAna_CAF1 2547 120 - 1
AGCUCCUGUUCCAGCUGGGCCAGCUGCUGACGGAGUAGCUCCAUGUGAAGGAUAAACUGGAUGUUUCGGAGGUAGGUCAGGACCACCAGGGGCUCGUAGGUGGUCCAGAAGAGCAGAAAC
.....((((((...((((((((.((((.......(.((((((.(.(((((.((.......)).))))).)(((.(((....)))))).))))))))))).))))))))..)))))).... ( -46.41)
>DroPer_CAF1 499 120 - 1
AGCUCCCGUUCGAGCUGGGCCAGCUGCUGGCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGUACGUUCCGCAUGUACAUGAGGAAAACGAGCGGCUCGAAUGUGCUCCAGAAGAGUAUCAAG
......(((((((((((((..(((((((.....)))))))))((((((((......))))))))(((.(((....))).))).......)))))))))))(((((.....)))))..... ( -46.40)
>consensus
AGCUCCCGUUCCAACUGGGCCAGCUGCUGCCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGCACGUUCCGCAGAUACAUCAGGAACACGAGCGGCUCGAAGGUGCUCCAAAAGAGCAACAAG
..........((.....(((((((((((.....)))))))....((((((......))))))............................))))....))(((((.....)))))..... (-21.83 = -21.03 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	9,073,028 – 9,073,145
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.12
Mean single sequence MFE	-43.83
Consensus MFE	-18.77
Energy contribution	-18.13
Covariance contribution	-0.63
Combinations/Pair	1.44
Mean z-score	-1.84
Structure conservation index	0.43
SVM decision value	-0.02
SVM RNA-class probability	0.521062
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9073028 117 - 22224390
UUCGCU---AGCAAAUCGCGAGUACUCCGCCAGCAGACCCAUUUCGCGUUCCAAGCCGGUCAGCUGCUCCCUGAGCAGCUCCAAGUGCAGUACGAACUGCAGAUUGCGCAGAUACGUCAG
...(((---.((....(....)......)).))).(((..((((((((.((......((..((((((((...))))))))))...((((((....)))))))).)))).))))..))).. ( -37.50)
>DroVir_CAF1 4093 117 - 1
AACGCU---GGCAAAGCUCGAGUACUCAACGAGCAGCCCCAGCUCGCAUUCCAAUUGCACCAGCUGUUGCCGCAACAGCUCCAGGUGCAGCAAAAAUUGCGUGUUGCGCAAAUGCACCAG
...(((---((....(((((.........)))))....)))))..((((.....(((((((((((((((...))))))))...)))))))......(((((.....)))))))))..... ( -44.50)
>DroPse_CAF1 539 117 - 1
UAGGCU---GGCAAAUCGCGAGUACUCUGCCAGUAGGGAAAGCUCCCGUUCGAGCUGGGCCAGCUGCUGGCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGUACGUUCCGCAUGUACAUGAG
..((((---(((.....)).....((((((((((((((..(((((......)))))...))..))))))))))))))))).((((((((((...(((.....)))..)).)))))))).. ( -50.20)
>DroYak_CAF1 518 117 - 1
UUCGCU---GGCGAAUCGCGAGUACUCCGCCAGGAGUCCCAUUUCGCGUUCCAAAGCGUUCAGGUGCUCCCGAAGCAUCUCCAGGUGCAGCACAAACUGCAGAUUUCGCAGAUACGUCAG
....((---((((.((((((((.(((((....))))).....)))))........(((.(((((((((.....))))))).....(((((......)))))))...))).))).)))))) ( -41.60)
>DroAna_CAF1 2587 120 - 1
UCCGCUGCAGGCGAAUCUCGAAUACUCGGCCAGGAGACGGAGCUCCUGUUCCAGCUGGGCCAGCUGCUGACGGAGUAGCUCCAUGUGAAGGAUAAACUGGAUGUUUCGGAGGUAGGUCAG
.........(((..((((((((((..(((((.(....)((((((((((((.((((((...))))))..))))).).)))))).......)).....)))..)))))..)))))..))).. ( -39.00)
>DroPer_CAF1 539 117 - 1
UAGGCU---GGCAAAUCGCGAGUACUCUGCCAGUAGGGAAAGCUCCCGUUCGAGCUGGGCCAGCUGCUGGCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGUACGUUCCGCAUGUACAUGAG
..((((---(((.....)).....((((((((((((((..(((((......)))))...))..))))))))))))))))).((((((((((...(((.....)))..)).)))))))).. ( -50.20)
>consensus
UACGCU___GGCAAAUCGCGAGUACUCCGCCAGCAGACCCAGCUCCCGUUCCAACUGGGCCAGCUGCUGCCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGCACGUUCCGCAGAUACAUCAG
...((.....)).....(((.........................................(((((((.....)))))))....((((((......))))))....)))........... (-18.77 = -18.13 +  -0.63)

alignment

secondary structure

dotplot

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