Locus 3370

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	8,989,273 – 8,989,409
Length	136
Max. P	0.799980

overview

Window 1

Location	8,989,273 – 8,989,384
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.80
Mean single sequence MFE	-44.30
Consensus MFE	-17.45
Energy contribution	-19.37
Covariance contribution	1.92
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.39
SVM decision value	0.61
SVM RNA-class probability	0.799980
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8989273 111 - 22224390
AUCAUCGCUGAUAUCGAUGACGGCGUCGGGUAGUUUGCUUGUCGCAACAAUCGGACGAUUGUUGCGAAAAUUCGGCUUCGUUUUGCGACA---AU-UGUCGGAAUUG-----GUGGUGGC
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>DroPse_CAF1 1135 102 - 1
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>DroSec_CAF1 1192 111 - 1
AUCAUCGCUGAUAUCGAUGACGGCGUCGGCUAGCUUGCUUAUCGCACCAAUCGGACGAUUGCUGCGGAAGUUUGGCUUCGGCUUGCGACC---AU-UGUCGGCAUUG-----GUGGUGGC
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>DroSim_CAF1 2936 111 - 1
AUCAUCGCUGAUAUCGAUGACGGCGUCGGCUAGCUUGCUUACCGCACCAAUCGGACGAUUGCUGCGGAAGUUUGGCUUCGGCUUGCGACC---AU-UGUCGGCAUUG-----GUGGUGGC
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>DroEre_CAF1 1204 105 - 1
AUCAUCGCUGAUAUCGAUGACGGCGUCGGGUGCUCCGCCUGCUGCACCAAUGGGACGAUUGUUGCGGAAGUU------CGGCUUGCGGCG---AU-UGACGGCAUUG-----GUGGUGGC
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>DroYak_CAF1 2817 105 - 1
AUCAUCGCUGAUAUCAAUGACGGCUUCGGGUGCUCCGCCUGCCGCACCAAUUGGACGAUUGCUGCGGAAGUU------CGGCUUGCGACG---AU-UGGCGACAUUG-----GUGGGGGC
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>consensus
AUCAUCGCUGAUAUCGAUGACGGCGUCGGGUACUCCGCUUGCCGCACCAAUCGGACGAUUGCUGCGGAAGUU_GGCU_CGGCUUGCGACG___AU_UGUCGGCAUUG_____GUGGUGGC
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	8,989,304 – 8,989,409
Length	105
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.22
Mean single sequence MFE	-32.40
Consensus MFE	-17.02
Energy contribution	-18.88
Covariance contribution	1.86
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.58
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.553709
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8989304 105 + 22224390
CGAAGCCGAAUUUUCGCAACAAUCGUCCGAUUGUUGCGACAAGCAAACUACCCGACGCCGUCAUCGAUAUCAGCGAUGAUGAUGUUGAUAGUCCUCCAUCUCGUA
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>DroPse_CAF1 1172 90 + 1
---AGCCGAAUUUUCGCAACAAUCGAGGCA------------GCGGUGCUCCUGAAACUGUCAUCGACAUUAGCGAUGACGAAACACCCAAUCCAUCAUCGCGAA
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>DroSec_CAF1 1223 105 + 1
CGAAGCCAAACUUCCGCAGCAAUCGUCCGAUUGGUGCGAUAAGCAAGCUAGCCGACGCCGUCAUCGAUAUCAGCGAUGAUGAUGUUGACACUCCUCCAUCUCGUG
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>DroSim_CAF1 2967 105 + 1
CGAAGCCAAACUUCCGCAGCAAUCGUCCGAUUGGUGCGGUAAGCAAGCUAGCCGACGCCGUCAUCGAUAUCAGCGAUGAUGAUGUUGACACUCCUCCGUCUCGUG
((((((....((((((((.(((((....))))).))))).)))...))).(.(((((.((((((((.......)))))))).))))).)...........))).. ( -36.50)
>DroEre_CAF1 1235 99 + 1
CG------AACUUCCGCAACAAUCGUCCCAUUGGUGCAGCAGGCGGAGCACCCGACGCCGUCAUCGAUAUCAGCGAUGAUGAGGUCGACAGUCCUCCGUCUCGUG
..------.......(((.((((......)))).))).((((((((((.((.((((..((((((((.......))))))))..))))...)).)))))))).)). ( -36.00)
>DroYak_CAF1 2848 99 + 1
CG------AACUUCCGCAGCAAUCGUCCAAUUGGUGCGGCAGGCGGAGCACCCGAAGCCGUCAUUGAUAUCAGCGAUGAUGAGGCCGAAAGUCCUCCAUCUCGUG
.(------(....(((((.((((......)))).)))))..(((((..(....)...))))).......)).((((.(((((((.(....).))).)))))))). ( -34.30)
>consensus
CG_AGCC_AACUUCCGCAACAAUCGUCCGAUUGGUGCGGCAAGCAAACCACCCGACGCCGUCAUCGAUAUCAGCGAUGAUGAUGUUGACAGUCCUCCAUCUCGUG
..........((((((((.((((......)))).))))).))).........((((..((((((((.......))))))))..)))).................. (-17.02 = -18.88 +   1.86)

alignment

secondary structure

dotplot

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