Locus 3354

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 8,960,757 – 8,960,892
Length 135
Max. P 0.903291
window5491 window5492

overview

Window 1

Location 8,960,757 – 8,960,855
Length 98
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.35
Mean single sequence MFE -39.10
Consensus MFE -28.90
Energy contribution -29.30
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.38
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.544839
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8960757 98 + 22224390
---CAGCAUACCCACAAACGGCAACGAUUUGGCCAGCAUGCUGGGUGGCCUGGGUGCC-CCGCCGGCUGCAUCACCGUCUCUGGCGGCAUCAGCUCCCGUUG
---((((....((((...((....))......((((....))))))))...(((.((.-(((((((..((......))..))))))).....)).))))))) ( -38.00)
>DroVir_CAF1 7155 95 + 1
CAACAGCAUACCUACAAACGGCAAUGAUCUGGCGAGCAUGCUGGGACGCCUAAAUGUUGCC---GG----UGGUGCGCCAGUCCAUGCACUGGCGCCGCUUG
....(((..(((......(((((((.....((((..(......)..)))).....))))))---).----.)))((((((((......)))))))).))).. ( -35.60)
>DroSec_CAF1 6520 98 + 1
---CAGCAUACCCACAAACGGCAACGAUUUGGCCAGCAUGCUGGGUGGCCUGGGAGCC-CCACCGACUGCAUCAGCGCCUCUGGCGGCUCCAGCUUCCGUUG
---((((((.(...((((((....)).))))....).))))))((.(((...((((((-(((.((.(((...)))))....))).)))))).))).)).... ( -37.10)
>DroSim_CAF1 7285 98 + 1
---CAGCAUACCCACAAACGGCAACGAUUUGGCCAGCAUGCUGGGUGGCCUGGGAGCC-CCACCGGCUGCAUCAGCGCCUCUGGCGGCUCCAGCUUCCGUUG
---((((((.(...((((((....)).))))....).))))))((.(((...((((((-(((..(((.((....)))))..))).)))))).))).)).... ( -43.40)
>DroEre_CAF1 6787 98 + 1
---CAGCAUACCCACAAACGGCAACGAUUUGGCCAGCAUGCUGGGUGGACUGGGAGCC-CCAACGGCUGCAUCAGCGCCUCUGUCGGCUCCAGCUCCAGUUG
---((((..(((((((((((....)).))))((......)))))))(((((((.((((-.((..(((.((....)))))..))..)))))))).))).)))) ( -38.70)
>DroYak_CAF1 6325 98 + 1
---CAGCAUACCCACAAACGGCAACGAUUUGGCCAGCAUGUUGGGUGGACUGGGAGCC-CCGCCGGCUGCAUCAGCGCCACUGGCGGCUCCAGCUCCCGUUG
---((((....((((...((....))......((((....))))))))...((((((.-(((((((..((......))..))))))).....)))))))))) ( -41.80)
>consensus
___CAGCAUACCCACAAACGGCAACGAUUUGGCCAGCAUGCUGGGUGGCCUGGGAGCC_CCACCGGCUGCAUCAGCGCCUCUGGCGGCUCCAGCUCCCGUUG
...((((((.(...((((((....)).))))....).))))))((.((.((((.((((.(((..(((.((....)))))..))).)))))))))).)).... (-28.90 = -29.30 +   0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 8,960,786 – 8,960,892
Length 106
Sequences 6
Columns 107
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.69
Mean single sequence MFE -50.27
Consensus MFE -37.44
Energy contribution -38.25
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.89
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 1.03
SVM RNA-class probability 0.903291
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8960786 106 + 22224390
CCAGCAUGCUGGGUGGCCUGGGUGCC-CCGCCGGCUGCAUCACCGUCUCUGGCGGCAUCAGCUCCCGUUGGCAACCUUAUCGAUGGCCAUGCCGGCAGUCUGCUGGC
((((((((((((((((((.(((.((.-(((((((..((......))..))))))).....)).)))(((((........))))))))))).))))))...)))))). ( -50.80)
>DroVir_CAF1 7187 94 + 1
CGAGCAUGCUGGGACGCCUAAAUGUUGCC---GG----UGGUGCGCCAGUCCAUGCACUGGCGCCGCUUGGCAG------CGAUGUCAACAGCAGCAGCCUGCUGGG
(.((((.((((...........(((((((---((----((..((((((((......))))))))))).))))))------)).(((.....))).)))).)))).). ( -41.40)
>DroSec_CAF1 6549 106 + 1
CCAGCAUGCUGGGUGGCCUGGGAGCC-CCACCGACUGCAUCAGCGCCUCUGGCGGCUCCAGCUUCCGUUGGCAACCUCAUCGAUGGCCAUGCCGGCAGUCUGCUGGC
((((((((((((((((((..((((((-(((.((.(((...)))))....))).)))))).(((......)))............)))))).))))))...)))))). ( -49.70)
>DroSim_CAF1 7314 106 + 1
CCAGCAUGCUGGGUGGCCUGGGAGCC-CCACCGGCUGCAUCAGCGCCUCUGGCGGCUCCAGCUUCCGUUGGCAACCUCAUCGAUGGCCAUGCCGGCAGUCUGCUGGC
((((((((((((((((((..((((((-(((..(((.((....)))))..))).)))))).(((......)))............)))))).))))))...)))))). ( -56.00)
>DroEre_CAF1 6816 106 + 1
CCAGCAUGCUGGGUGGACUGGGAGCC-CCAACGGCUGCAUCAGCGCCUCUGUCGGCUCCAGCUCCAGUUGGCAACCUCAUCGAUGGCCAUGCCGGCGGUCUGCUGGG
(((((((((..(.((((((((.((((-.((..(((.((....)))))..))..)))))))).)))).)..)))........(((.(((.....))).))))))))). ( -52.80)
>DroYak_CAF1 6354 106 + 1
CCAGCAUGUUGGGUGGACUGGGAGCC-CCGCCGGCUGCAUCAGCGCCACUGGCGGCUCCAGCUCCCGUUGGCAACCUCAUCGAUGGCCAUGCCGGCGGUCUGCUGGG
((((((....((((......((((((-(((..(((.((....)))))..))).)))))).))))(((((((((.((........))...)))))))))..)))))). ( -50.90)
>consensus
CCAGCAUGCUGGGUGGCCUGGGAGCC_CCACCGGCUGCAUCAGCGCCUCUGGCGGCUCCAGCUCCCGUUGGCAACCUCAUCGAUGGCCAUGCCGGCAGUCUGCUGGC
((((((.((((((.((.((((.((((.(((..(((.((....)))))..))).)))))))))))))(((((((.((........))...)))))))))).)))))). (-37.44 = -38.25 +   0.81)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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