Locus 3318

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 8,867,524 – 8,867,642
Length 118
Max. P 0.953064
window5426

overview

Window 6

Location 8,867,524 – 8,867,642
Length 118
Sequences 6
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.78
Mean single sequence MFE -46.17
Consensus MFE -31.42
Energy contribution -33.98
Covariance contribution 2.56
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 1.43
SVM RNA-class probability 0.953064
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8867524 118 + 22224390
CGCUG-ACGAGUUGCCGCUCCAGGAGCGCCUAACGCUCUACCAGCAGCAGGUGGCCGAGCAGCUGCCGUACCAAGAUAGGCGCAUGUUCCUUCACCUCCACUUCCGCAAGCGUCGCGUC
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>DroVir_CAF1 3479 119 + 1
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>DroPse_CAF1 2834 118 + 1
UGUUG-AUGAGCUACCGCUGCAAGAGCGGCUGGAGCUCUACCAGCGUGAGGUGGCCGCUCAGCUGCCGUUCAUUGAUAGACGCAUGUUCUGCCACCUCCACUUUCGCAAGAAGCGAUUC
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>DroGri_CAF1 2625 119 + 1
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>DroMoj_CAF1 2538 119 + 1
CGCCCCCAGAGGUGGCGCUGCAACAGCGGCUGAACCUCUACCAGCAGCAGGCGGCUGAGCAGCUGCCCUAUAUAGAUAGGCGCAUGUUUUGUCACCUCUAUUAUCGCAAGAAGCGCAUC
(((....((((((((((((((..((((.(((....(((.....).))..))).)))).)))))((((((((....))))).)))......)))))))))....((....)).))).... ( -47.70)
>DroPer_CAF1 2992 118 + 1
UGUUG-AUGAGCUACCGCUGCAAGAGCGGCUGGAGCUCUACCAGCGUGAGGUGGCCGCUCAGCUGCCGUUCAUUGAUAGACGCAUGUUCUGCCACCUCCACUUUCGCAAGAAGCGGUUC
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>consensus
CGCCG_AAGAGCUGCCGCUGCAACAGCGGCUGAAGCUCUACCAGCAGCAGGUGGCCGAGCAGCUGCCGUACAUAGAUAGGCGCAUGUUCUGUCACCUCCACUAUCGCAAGAAGCGCUUC
........(((((...(((((....)))))...))))).....((.(((((((((.(((((((.(((...........))))).))))).)))))))))....((....)).))..... (-31.42 = -33.98 +   2.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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