Locus 3316

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 8,865,085 – 8,865,205
Length 120
Max. P 0.836787
window5423

overview

Window 3

Location 8,865,085 – 8,865,205
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.17
Mean single sequence MFE -57.00
Consensus MFE -39.00
Energy contribution -40.45
Covariance contribution 1.45
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.74
SVM RNA-class probability 0.836787
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8865085 120 + 22224390
GCAAGGCGCCCAAUCUGCGGGUGCUGGCUUGCGGUGGCGACGGCACCGUCGGCUGGGUCCUUUCCGUCCUGGAUCAAAUCCAACCGCCGCUCCAGCCAGCUCCGGCGGUUGGUGUCCUGC
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>DroVir_CAF1 769 120 + 1
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>DroGri_CAF1 874 120 + 1
GCAAGGCUCCAAAUCUGCGGGUGCUAGCCUGCGGCGGUGAUGGAACGGUUGGUUGGGUACUAUCCGUCCUGGAUCAGAUUCAUCCGCCAUUGCAGCCGGUGCCAGCAGUUGGCGUGUUGC
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>DroWil_CAF1 463 120 + 1
GCAAGGCUCCAAAUUUACGUGUCCUGGCUUGUGGCGGAGAUGGCACUGUGGGUUGGGUCUUAUCAGUCCUGGAUCAGAUACAUCCACCGCUCCAACCAGUGCCAGCUGUGGGCGUGUUGC
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>DroMoj_CAF1 769 120 + 1
GCAAGGCUCCGAAUCUGCGGGUAUUGGCCUGCGGCGGCGAUGGAACUGUUGGAUGGGUGCUAUCCGUGCUGGAUCAAAUCCAUCCGCCGCUGCAGCCGGCGCCGGCGGUGGGCGUGCUGC
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>DroAna_CAF1 450 120 + 1
GCAAGGCUCCCAACCUCAGGGUGCUGGCCUGCGGCGGCGACGGCACCGUCGGCUGGGUCCUGUCCGUCCUGGACACGAUCCAUCCGCCCCUGCAGCCGGUUCCGGCCGUCGGAGUGCUGC
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>consensus
GCAAGGCUCCAAAUCUGCGGGUGCUGGCCUGCGGCGGCGAUGGCACCGUCGGUUGGGUCCUAUCCGUCCUGGAUCAGAUCCAUCCGCCGCUGCAGCCGGUGCCGGCGGUGGGCGUGCUGC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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