Locus 3288

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 8,742,142 – 8,742,250
Length 108
Max. P 0.517718
window5384

overview

Window 4

Location 8,742,142 – 8,742,250
Length 108
Sequences 5
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.58
Mean single sequence MFE -31.12
Consensus MFE -21.02
Energy contribution -23.10
Covariance contribution 2.08
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.63
Structure conservation index 0.68
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.517718
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8742142 108 + 22224390
ACGGGCCAUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUUUGGAUCCCCAGUUAGUCAUGAUAUCAGAGUAGUGAUGGGUCCACAAAACGUGACUA--CGCACCGAGGUUAUA--UA
..(((((.....((((((..((((...((((.((((((....))))..))))))..))))..))))))....))))).......((((((.--((...)).)))))).--.. ( -32.00)
>DroSec_CAF1 22167 101 + 1
ACGGGCCAUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUGUGGAUC-CCAGUUAGUCAUGAUC----------CAUGGGUCCACAAAACGUGACUACACGCACAUCAGUUAUAUAUA
.((((.((......)).))))(((((((((.((((((((.(-(((((((....)))).----------..))))))))))....(((....))))).)))).)))))..... ( -28.50)
>DroSim_CAF1 22916 110 + 1
ACGGGCCAUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUGUGGAUCCCCAGUUAGUCAUGAUAUCAGAGUAGUGAUGGGUCCACAAAACGUGACUGCACGCACACAAGUUAUA--UA
..(((((.....((((((..((((..(((.(((((.((...))))))).)))....))))..))))))....)))))......((((....)))).............--.. ( -33.50)
>DroEre_CAF1 22466 108 + 1
ACGGGCCAUCAAACUACUUCGAUAGCGAUGAGCUUUGGAUUUCGAGUUAGUCAUGAUAUCAGGGUAGUGAUGAGUUCAUAAAAGGUGACUA--CGCACAGAAGUUACC--UG
..((((((((..((((((..((((..(((.(((((........))))).)))....))))..)))))))))).)))).....((((((((.--(.....).)))))))--). ( -34.10)
>DroYak_CAF1 23218 108 + 1
ACGGGCCGUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUUUGGAUCCCCAGUUAGUCAUGAUAUCAGAGUAGAGAUGGGUCCAUAAAAGAUGACUA--UGCACAGAAUUUACU--GG
..((((((((...(((((..((((...((((.((((((....))))..))))))..))))..))))).))).)))))..............--....(((......))--). ( -27.50)
>consensus
ACGGGCCAUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUUUGGAUCCCCAGUUAGUCAUGAUAUCAGAGUAGUGAUGGGUCCACAAAACGUGACUA__CGCACAGAAGUUAUA__UA
..((((((((..((((((..((((..(((.(((((.(....).))))).)))....))))..)))))))))).)))).......((((((...........))))))..... (-21.02 = -23.10 +   2.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:55:39 2006