Locus 3237

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 8,554,487 – 8,554,602
Length 115
Max. P 0.983257
window5316

overview

Window 6

Location 8,554,487 – 8,554,602
Length 115
Sequences 5
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.30
Mean single sequence MFE -38.62
Consensus MFE -31.78
Energy contribution -31.66
Covariance contribution -0.12
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.27
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.94
SVM RNA-class probability 0.983257
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8554487 115 + 22224390
UAUAUUUUCCAUUUUAUCACUCACC--CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUUGCUUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCACAGCACUACACAGGCA
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>DroSec_CAF1 15245 115 + 1
UAUAUUUUCCAUUUUAUCACUCACC--CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUUGCGUCGAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCAGAGCCCUACACAGGCA
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>DroSim_CAF1 22458 115 + 1
UAUAUUUUCCAUUAUAUCACUCACC--CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUUGCGUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCAGAGCCCUACACAGCCA
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>DroEre_CAF1 15991 116 + 1
UAUAUUUUUCAUUUUAUCACUCACCCCCCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUAUACGUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUC-GAGCCCUACACAGGCA
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>DroYak_CAF1 17164 115 + 1
UGUAUUUUCCAUUUUAUCACUCACC--CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUGAUGUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCAGAGCCCUACACUGGCA
.((((((((((((((((((..(..(--(((((((....)).))))))(((((((....))))))))..))))).....))))))))))))).(((....))).(((.......))). ( -41.40)
>consensus
UAUAUUUUCCAUUUUAUCACUCACC__CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUUGCGUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCAGAGCCCUACACAGGCA
.((((((((((((((............(((((((....)).))))).(((((((....)))))))............))))))))))))))(((........)))............ (-31.78 = -31.66 +  -0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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