Locus 3177

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	8,440,163 – 8,440,323
Length	160
Max. P	0.579348

overview

Window 2

Location	8,440,163 – 8,440,283
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.22
Mean single sequence MFE	-42.96
Consensus MFE	-29.25
Energy contribution	-27.28
Covariance contribution	-1.96
Combinations/Pair	1.57
Mean z-score	-1.42
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.09
SVM RNA-class probability	0.579348
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8440163 120 - 22224390
GUGAGCAGUAUGCGAUCGUUGGACUCGCUGGACAGCUGCAGGUGAAUGCUGGGCGCCGGAAACGGUACUUCGUCCAGCAGCUGGGUGAUGUAGCGCUCCACGGGAAUGGGUAUAUUAACG
((((((.((..((((((....)).))))...)).((((((......((((((((((((....))).....))))))))).........))))))))).)))(..((((....))))..). ( -45.76)
>DroVir_CAF1 1210 120 - 1
GUGAGCAGAAUACGAUCAUUCGACUCGCUGGACAGCUGUAGAUGUAUGCUAGGCGCCGGGAACGGAACCUCGUCCAGCAGCUGGAUAAUGUAACGCUCCACGGGUAUUGGUAUAUUGACG
(((((..((((......))))..))))).........((....(((((((((((.((((((.((..((.(..(((((...)))))..).))..)).))).))))).)))))))))..)). ( -37.80)
>DroGri_CAF1 58567 120 - 1
GUGAGCAAAAUGCGAUCAUUUGAUUCGCUGGACAGCUGCAAAUGGAUGCUGGGUGCCGGGAACGGCACCUCGUCCAGCAGCUGUAUAAUAUACCGUUCUACGGGUAUCGGAAUAUUGCCG
(((((..(((((....)))))..))))).((((((((((...((((((..((((((((....)))))))))))))))))))))).((((((.(((.((....))...))).)))))))). ( -55.40)
>DroWil_CAF1 1226 120 - 1
GUUAACAAUAUUCGAUCCUUUGGUUCGCUCGAUAGCUGUAGAUGAAUGCUGGGUGCCGGAAAUGGCACCUCAUCCAACAGUUGGGUUAUAUAACGUUCAACCGGAAUGGGUAUAUUUACG
.......(((((((.(((...((((.((....(((((((.(((((......(((((((....))))))))))))..))))))).(((....)))))..))))))).)))))))....... ( -32.90)
>DroMoj_CAF1 90854 120 - 1
GUGAGCAGAAUUCGAUCGUUCGACUCACUCGACAGCUGCAGGUGUAUGCUGGGCGCUGGGAAGGGCACCUCGUCCAGCAGCUGGAUAAUGUAACGCUCCACGGGUAUCGGUAUAUUGACG
(((((..((((......))))..)))))....(((((((....)))(((((((((..((........)).)))))))))))))..(((((((.((..((...))...)).)))))))... ( -39.10)
>DroAna_CAF1 1491 118 - 1
GUGAGCAGGAUGCGGUCGUUCGACUCGCUGGACAGCUGCAGGUGAAUGCUCGGAGCCGGAAACGGCACUUCGUCCAGUAGCUGCGUAAUGUAGCGCUCCACGGGAAUGGGGAUAUUCC--
..(((((...((((((.(((((......))))).))))))......)))))(((((((....)))).((((((((.((.(..((((......))))..))).)).))))))....)))-- ( -46.80)
>consensus
GUGAGCAGAAUGCGAUCGUUCGACUCGCUGGACAGCUGCAGAUGAAUGCUGGGCGCCGGAAACGGCACCUCGUCCAGCAGCUGGAUAAUGUAACGCUCCACGGGAAUGGGUAUAUUGACG
((((((......(((((....)).))).....(((((((...((.(((..(((.((((....)))).)))))).)))))))))...........))).)))................... (-29.25 = -27.28 +  -1.96)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	8,440,203 – 8,440,323
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.72
Mean single sequence MFE	-50.77
Consensus MFE	-35.40
Energy contribution	-35.18
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.41
Mean z-score	-1.36
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.541268
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8440203 120 - 22224390
ACCGGCGCCACUUCGCGGCAGCGGGGAAUCUUCCGGCUGUGUGAGCAGUAUGCGAUCGUUGGACUCGCUGGACAGCUGCAGGUGAAUGCUGGGCGCCGGAAACGGUACUUCGUCCAGCAG
.....((((...(((((.((((.((((...)))).)))))))))(((((..((((((....)).))))......))))).))))..((((((((((((....))).....))))))))). ( -54.70)
>DroVir_CAF1 1250 120 - 1
ACCGGCGCCACUGCGCGGCAAUGGCGAAUCCUCUGGCUGUGUGAGCAGAAUACGAUCAUUCGACUCGCUGGACAGCUGUAGAUGUAUGCUAGGCGCCGGGAACGGAACCUCGUCCAGCAG
.((((((((..(((...))).(((((.(((..(.(((((((((((..((((......))))..)))))...)))))))..)))...)))))))))))))....(((......)))..... ( -46.50)
>DroGri_CAF1 58607 120 - 1
ACCGGCGCCGCUGCGUGGCAACGGCGAAUCCUCUGGCUGUGUGAGCAAAAUGCGAUCAUUUGAUUCGCUGGACAGCUGCAAAUGGAUGCUGGGUGCCGGGAACGGCACCUCGUCCAGCAG
.(((((((((.(((...))).))))(((((...((..(((((.......)))))..))...))))))))))....((((...((((((..((((((((....)))))))))))))))))) ( -57.00)
>DroWil_CAF1 1266 120 - 1
ACCAGCACCACUUCGUGGCAAUGGUGAAUCUUCCGGUUGGGUUAACAAUAUUCGAUCCUUUGGUUCGCUCGAUAGCUGUAGAUGAAUGCUGGGUGCCGGAAAUGGCACCUCAUCCAACAG
..((((.((((...))))....((((((((....((((((((.......))))))))....)))))))).....))))..(((((......(((((((....))))))))))))...... ( -38.00)
>DroMoj_CAF1 90894 120 - 1
GCCGGCGCCGCUGCGCGGCAGUGGUGAGUCCUCUGGCUGCGUGAGCAGAAUUCGAUCGUUCGACUCACUCGACAGCUGCAGGUGUAUGCUGGGCGCUGGGAAGGGCACCUCGUCCAGCAG
.(((((((((((((((.(((((((((((((......((((....)))).....((....)))))))))).....)))))..))))).))..))))))))...((((.....))))..... ( -56.90)
>DroAna_CAF1 1529 120 - 1
GCCGGCACCACUCCUCGGCAGCGGCGAGUCCUCCGGCUGGGUGAGCAGGAUGCGGUCGUUCGACUCGCUGGACAGCUGCAGGUGAAUGCUCGGAGCCGGAAACGGCACUUCGUCCAGUAG
.((((((...(.(((((((..(((((((((...((((((.((.......)).))))))...)))))))))....)))).))).)..))).))).((((....)))).............. ( -51.50)
>consensus
ACCGGCGCCACUGCGCGGCAACGGCGAAUCCUCCGGCUGUGUGAGCAGAAUGCGAUCGUUCGACUCGCUGGACAGCUGCAGAUGAAUGCUGGGCGCCGGAAACGGCACCUCGUCCAGCAG
.((((((((.......(((..(((((((((...((..(((((.......)))))..))...)))))))))....)))(((......)))..))))))))....((........))..... (-35.40 = -35.18 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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