Locus 3160

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 8,402,186 – 8,402,306
Length 120
Max. P 0.983947
window5177 window5178

overview

Window 7

Location 8,402,186 – 8,402,306
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.75
Mean single sequence MFE -47.10
Consensus MFE -43.12
Energy contribution -43.32
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.66
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.96
SVM RNA-class probability 0.983947
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8402186 120 + 22224390
AGCAGGUGAACGGCGACAGCCAUCACCAAAUGUGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCAUAGGUGGAGUUACGAUCCUGUGGAUACUUGGCCAGCACAUCUAGCAGCUUCUGC
(((.(((((..(((....))).)))))...((((((((...((((((((.(((((....)))))((((((((......))..)))))).....))))))))..)))))).)))))..... ( -45.60)
>DroSec_CAF1 1392 120 + 1
AGCAGGUGGACGGCGACAGCCAUCACCAAAUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCGUAGGUGGAGUGCCGAUCCUGUGGAUACUUGGCCAGCACAUCUAGCAGCUUCUGC
(((.(((((..(((....))).)))))...((((((((...((((((...(((((((......)))))))..((((((((......))).)))))))))))..))))).))))))..... ( -48.30)
>DroSim_CAF1 5193 120 + 1
AGCAGGUGGACGGCGACAGCCAUCACCAAAUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCGUACGUGGAGUGCCGAUCCUGUGGAUACUUGGCCAGCACAUCUAGCAGCUUCUGC
(((.(((((..(((....))).)))))...((((((((...((((((.....(((((......)))))....((((((((......))).)))))))))))..))))).))))))..... ( -45.10)
>DroEre_CAF1 4839 120 + 1
AGCAGGUGGACGGCGACCGCCAUCACCAAGUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAUGCGUAGGUGGAGUGCCGAUCCUGCGGAUACUUGGCCAGCACAUCCAACAGCUUUUGC
(((.(((((..(((....))).)))))..((..(((((...((((((...((((((((....))))))))..((((((((......))).)))))))))))..))))).)).)))..... ( -51.10)
>DroYak_CAF1 4477 120 + 1
AGCAGAUGAACGGCGACCGCCAUCACCAAGUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCGUAGGUGGAGUGUCGAUCCUGCGGAUAUUUGGCCAGCACAUCCAGCAGCUUUUGC
.(((((.....(((....))).........((((((((...((((((((.(((((....)))))(((((((.(.....).).)))))).....))))))))..))))).)))...))))) ( -45.40)
>consensus
AGCAGGUGGACGGCGACAGCCAUCACCAAAUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCGUAGGUGGAGUGCCGAUCCUGUGGAUACUUGGCCAGCACAUCUAGCAGCUUCUGC
(((.(((((..(((....))).)))))...((((((((...((((((((.(((((((......))))))).(((.......))).........))))))))..))))).))))))..... (-43.12 = -43.32 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 8,402,186 – 8,402,306
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.75
Mean single sequence MFE -46.04
Consensus MFE -39.54
Energy contribution -39.06
Covariance contribution -0.48
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.72
SVM RNA-class probability 0.973926
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8402186 120 - 22224390
GCAGAAGCUGCUAGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCACAGGAUCGUAACUCCACCUAUGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCACAUUUGGUGAUGGCUGUCGCCGUUCACCUGCU
((((.....((((((((((((((((((.......((((..((((........))))))))....(....).)))))))).......))))))))))((((((....))))))...)))). ( -41.51)
>DroSec_CAF1 1392 120 - 1
GCAGAAGCUGCUAGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCACAGGAUCGGCACUCCACCUACGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCAUUUGGUGAUGGCUGUCGCCGUCCACCUGCU
((((.....((((((((((((((((((.......((((...((.......))....))))....(....).)))))))).......))))))))))((((((....))))))...)))). ( -43.91)
>DroSim_CAF1 5193 120 - 1
GCAGAAGCUGCUAGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCACAGGAUCGGCACUCCACGUACGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCAUUUGGUGAUGGCUGUCGCCGUCCACCUGCU
((((.....((((((((((((((((((.......((((..((........))....))))....(....).)))))))).......))))))))))((((((....))))))...)))). ( -45.01)
>DroEre_CAF1 4839 120 - 1
GCAAAAGCUGUUGGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCGCAGGAUCGGCACUCCACCUACGCAUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCACUUGGUGAUGGCGGUCGCCGUCCACCUGCU
(((.(((.(((.((((((.((((((((((((.((.(((...((....)).))).)).))))...(....).))))))))..))))))))))))(((((((((....))))).))))))). ( -50.50)
>DroYak_CAF1 4477 120 - 1
GCAAAAGCUGCUGGAUGUGCUGGCCAAAUAUCCGCAGGAUCGACACUCCACCUACGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCACUUGGUGAUGGCGGUCGCCGUUCAUCUGCU
(((.(((.(((.((((((.((((((((......(((((..................)))))...(....).))))))))..))))))))))))(((((((((....)))).)))))))). ( -49.27)
>consensus
GCAGAAGCUGCUAGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCACAGGAUCGGCACUCCACCUACGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCAUUUGGUGAUGGCUGUCGCCGUCCACCUGCU
(((.(((.(((..(((((.((((((((.........(((.......))).....(((......))).....))))))))..))))).))))))(((((((((....))))).))))))). (-39.54 = -39.06 +  -0.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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