Locus 3128

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	8,338,358 – 8,338,515
Length	157
Max. P	0.998646

overview

Window 5

Location	8,338,358 – 8,338,475
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.30
Mean single sequence MFE	-31.56
Consensus MFE	-28.76
Energy contribution	-29.04
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.11
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	3.17
SVM RNA-class probability	0.998646
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8338358 117 + 22224390
--U-ACAGCUAUGCUAUUAAUCGCACCCAAGCUGUAUGGUCGAGUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGAAUU
--(-((((((.(((........)))....)))))))........(((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..)))))... ( -31.90)
>DroSec_CAF1 3221 119 + 1
CCU-GCAGCUAUGCUAUAAACCGCACCCAAGCUGUAUGGUCGAAUUACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGAAUU
(((-((((((.(((........)))....))))))).)).....(((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..)))))... ( -31.90)
>DroSim_CAF1 3302 119 + 1
CCU-GCAGCUAUGCUAGUAACCGCACCCAAGCUGUAUGGUCGUAUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUACCCAAUGAAUCGUGAAUU
(((-((((((.(((........)))....))))))).)).....(((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..)))))... ( -34.10)
>DroEre_CAF1 1355 119 + 1
CCU-GCAGCUAUGCUAUUAACUGCAACCAAGCUGUAUGAUCGAAUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGCAUU
..(-((((((.(((........)))....))))))).........((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..)))).... ( -30.20)
>DroYak_CAF1 1946 120 + 1
CCUGGCAGCAAUGCUAUUAACUGCACCCAAGCUGUAUGGUCGAAUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGCAUU
..(((((....))))).....(((((....((...((((.((.....))))))....)).(((((.(((((((((((.(((.....))).)))))))..)))).)))))....))))).. ( -29.70)
>consensus
CCU_GCAGCUAUGCUAUUAACCGCACCCAAGCUGUAUGGUCGAAUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGAAUU
....((((((.(((........)))....)))))).........(((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..)))))... (-28.76 = -29.04 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	8,338,395 – 8,338,515
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.17
Mean single sequence MFE	-28.38
Consensus MFE	-23.88
Energy contribution	-25.56
Covariance contribution	1.68
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.55
SVM RNA-class probability	0.779545
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8338395 120 + 22224390
CGAGUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGAAUUGAAUAACUUAGCCUAGUAACAUUUAGUUUGAUGUUAUUGG
(((.(((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..))))).)))...........(((((((((((......))))))))))) ( -33.30)
>DroSec_CAF1 3260 120 + 1
CGAAUUACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGAAUUAAAUAACUUAGCCUAGUAACAUUCAGUUGGAUGUUGUUGG
....(((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..)))))...............((((((((((((....)))))))))))) ( -28.90)
>DroSim_CAF1 3341 120 + 1
CGUAUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUACCCAAUGAAUCGUGAAUUGAAUAACUUAGCCUAGUAACAUUUAGUUUGUUGUUGUUGG
....(((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..)))))....((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).. ( -27.30)
>DroEre_CAF1 1394 120 + 1
CGAAUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGCAUUGAAUAACUUAACCUAGUAACAUUUAGUUUGAAAUUGUUGG
(((..((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..))))..)))(((((.((((.((((......)))).))))..))))).. ( -23.20)
>DroYak_CAF1 1986 120 + 1
CGAAUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGCAUUGAAUAACUCAACCUAGUAACAUUUAGUUGGUUAUUGUCGG
(((..((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..)))).....((((((.((((.(((......))))))))))))).))). ( -29.20)
>consensus
CGAAUCACGUCAUUGGUGCAUAUUGAGCAACAUAAUCGAUAUCUUCUAUAGGUUAUGACUUGCCCAAUGAAUCGUGAAUUGAAUAACUUAGCCUAGUAACAUUUAGUUUGAUGUUGUUGG
(((.(((((((((((((((.......))).(((((((.(((.....))).)))))))......)))))))..))))).)))...........(((((((((((......))))))))))) (-23.88 = -25.56 +   1.68)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:51:38 2006