Locus 3122

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	8,328,147 – 8,328,243
Length	96
Max. P	0.580453

overview

Window 3

Location	8,328,147 – 8,328,243
Length	96
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.11
Mean single sequence MFE	-38.55
Consensus MFE	-23.01
Energy contribution	-22.68
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.67
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.09
SVM RNA-class probability	0.580453
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8328147 96 + 22224390
AUCAGCUGCUCCAGAGCGGCAACCAGGGUCUGUCCGCUCUUGCCAACAUCGCCGGCGAGCGUGAGGGUCCCUAUGGUCCCGCUCCAAGCCAUCAGC
....((((((...((((((..(((((((.((.(((((((..(((.........)))))))).)).)).)))..)))).))))))..)))....))) ( -40.00)
>DroVir_CAF1 734 84 + 1
ACCAGCUGCUCCAGGGUGGCAACCAUGGUCUCUCCGCUCUGGCCAACAUUGCCGGCGAGCGUGAAGGUAACUAUGGUA---------GC---CAGA
(((..(((...))))))(((.(((((((((..(((((((((((.......))))..))))).))..)..)))))))).---------))---)... ( -32.10)
>DroSec_CAF1 308 96 + 1
AUCAGCUGCUCCAGAGCGGCAACCAGGGUCUGUCCGCUCUCGCCAACAUUGCCGGCGAGCGUGAGGGUCCCUAUGGUCCCGCUCCCAGCCAUCAGC
....((((.....((((((..(((((((.((.(((((((..(((.........)))))))).)).)).)))..)))).)))))).))))....... ( -40.50)
>DroEre_CAF1 716 96 + 1
ACCAGCUGCUCCAGAGCGGUAACCAGGGUCUGUCCGCCCUCGCCAGCAUCGCCGGCGAGCGUGAGGGUCCCUAUGGUCCUGGCCCAAGCCAGCAGC
((((((((((....))))))....((((.((.(((((..(((((.((...)).)))))))).)).)).)))).)))).(((((....))))).... ( -43.40)
>DroMoj_CAF1 722 84 + 1
ACCAGCUGCUCCAGGGCGGCAACCAUGGUCUCUCCGCCCUGGCCAACAUUGCUGGCGACCGCGAGGGCAGCUAUGGCG---------GC---CAGA
....(((((.(((((((((..((....))....)))))))))....(((.((((....((....)).)))).))))))---------))---.... ( -39.10)
>DroAna_CAF1 743 96 + 1
ACCAGCUCCUCCAGAACGGCAACCAGGGCCUCUCCGCCCUGGCCAGCAUCGCCGGCGAUCGUGAGGGUCCCUAUGGUGCCGGACCUAGCCACCAGA
.................(((..(((((((......)))))))((.((((((..((.((((.....))))))..)))))).)).....)))...... ( -36.20)
>consensus
ACCAGCUGCUCCAGAGCGGCAACCAGGGUCUCUCCGCCCUGGCCAACAUCGCCGGCGAGCGUGAGGGUCCCUAUGGUCCCG__CC_AGCCA_CAGA
....((((((....)))))).((((((((((...(((.((.(((.........))).)).))).))))))...))))................... (-23.01 = -22.68 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	8,328,147 – 8,328,243
Length	96
Sequences	6
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.11
Mean single sequence MFE	-42.02
Consensus MFE	-26.05
Energy contribution	-25.97
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-1.43
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8328147 96 - 22224390
GCUGAUGGCUUGGAGCGGGACCAUAGGGACCCUCACGCUCGCCGGCGAUGUUGGCAAGAGCGGACAGACCCUGGUUGCCGCUCUGGAGCAGCUGAU
((((.....(..(((((((((((..(((.(..((.(((((((((((...))))))..)))))))..).)))))))).))))))..)..)))).... ( -44.90)
>DroVir_CAF1 734 84 - 1
UCUG---GC---------UACCAUAGUUACCUUCACGCUCGCCGGCAAUGUUGGCCAGAGCGGAGAGACCAUGGUUGCCACCCUGGAGCAGCUGGU
..((---((---------.(((((.((...(((..(((((((((((...))))))..)))))..))))).))))).))))..(..(.....)..). ( -31.30)
>DroSec_CAF1 308 96 - 1
GCUGAUGGCUGGGAGCGGGACCAUAGGGACCCUCACGCUCGCCGGCAAUGUUGGCGAGAGCGGACAGACCCUGGUUGCCGCUCUGGAGCAGCUGAU
((((....(..(.((((((((((..(((.(..((.(((((((((((...))))))..)))))))..).)))))))).))))))..)..)))).... ( -44.30)
>DroEre_CAF1 716 96 - 1
GCUGCUGGCUUGGGCCAGGACCAUAGGGACCCUCACGCUCGCCGGCGAUGCUGGCGAGGGCGGACAGACCCUGGUUACCGCUCUGGAGCAGCUGGU
((((((..((.((((...(((((..(((.(..((.(.(((((((((...))))))))).)..))..).))))))))...)))).)))))))).... ( -44.50)
>DroMoj_CAF1 722 84 - 1
UCUG---GC---------CGCCAUAGCUGCCCUCGCGGUCGCCAGCAAUGUUGGCCAGGGCGGAGAGACCAUGGUUGCCGCCCUGGAGCAGCUGGU
...(---((---------(((.............))))))((((((..(((...(((((((((...(((....))).))))))))).))))))))) ( -43.92)
>DroAna_CAF1 743 96 - 1
UCUGGUGGCUAGGUCCGGCACCAUAGGGACCCUCACGAUCGCCGGCGAUGCUGGCCAGGGCGGAGAGGCCCUGGUUGCCGUUCUGGAGGAGCUGGU
.(..((..(((((..((((((((..(((.(((((.((..(((((((...))))))..)..))))).)))))))).))))).)))))....))..). ( -43.20)
>consensus
GCUG_UGGCU_GG__CGGGACCAUAGGGACCCUCACGCUCGCCGGCAAUGUUGGCCAGAGCGGACAGACCCUGGUUGCCGCUCUGGAGCAGCUGGU
....................................((((((((((...)))))).(((((((...(((....))).))))))).))))....... (-26.05 = -25.97 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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