Locus 3084

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	8,234,448 – 8,234,562
Length	114
Max. P	0.992821

overview

Window 4

Location	8,234,448 – 8,234,562
Length	114
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.07
Mean single sequence MFE	-56.08
Consensus MFE	-42.44
Energy contribution	-46.32
Covariance contribution	3.88
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.58
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	1.98
SVM RNA-class probability	0.984754
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8234448 114 + 22224390
GCUGCUGCAGCGACGCGACG---CAGACGAGCCGCUGUCGCAGUUGCAGUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGACGCAGCAGCGGCGCCAGUUUCACUGUCC--
((((((((..((((((((((---(.((((.((.(((((.(((..(((....)))..)))....))))).)))))).))))))).))))..)))))))).....(((.....)))...-- ( -63.90)
>DroSec_CAF1 135416 114 + 1
GCUGCUGCAGCGACGCGACG---CAGACGAGCCGCUGUCGCAGUUGCAGUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGACGCAGCAGCGGCGCCAGUUUCACUGUCC--
((((((((..((((((((((---(.((((.((.(((((.(((..(((....)))..)))....))))).)))))).))))))).))))..)))))))).....(((.....)))...-- ( -63.90)
>DroSim_CAF1 97962 114 + 1
GCUGCUGCAGCGACGCGACG---CAGACGAGCCGCUGUCGCAGUUGCAGUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGACGCAGCAGCGGCGCCAGUUUCACUGUCC--
((((((((..((((((((((---(.((((.((.(((((.(((..(((....)))..)))....))))).)))))).))))))).))))..)))))))).....(((.....)))...-- ( -63.90)
>DroEre_CAF1 124467 108 + 1
GCUGCUGCAGCGACGCGACG---CAGACGAGCCGCUGUCGCA------GUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGGCGCAGCAGCGGCGGCAGUUCCACUUUCC--
((((((((..((((((((((---(.((((.((.(((((.((.------..(((....))))).))))).)))))).))))))).))))..))))))))((.((.....)).))....-- ( -57.70)
>DroAna_CAF1 190463 113 + 1
GCUGCUGCAGCGACGCGAAGAGUCAUCCGGA------UUGCAGUCUCGUUCACAGUCGCAGUCGCAGUCACCGUCGCAUAUUCAGCCGCAGUCGCAGCGCCGUCAAUUCCAUUAUAACG
(((((.((.(((((((((...((...(.(((------(....)))).)...))..)))).))))).......((.((.......)).)).)).)))))..................... ( -31.00)
>consensus
GCUGCUGCAGCGACGCGACG___CAGACGAGCCGCUGUCGCAGUUGCAGUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGACGCAGCAGCGGCGCCAGUUUCACUGUCC__
((((((((.((((((((((......((((......))))((((((((....)))))))).))))).)))))(((((((......)))))))..)))))))).................. (-42.44 = -46.32 +   3.88)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	8,234,448 – 8,234,562
Length	114
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.07
Mean single sequence MFE	-56.70
Consensus MFE	-42.06
Energy contribution	-44.10
Covariance contribution	2.04
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-2.86
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	2.35
SVM RNA-class probability	0.992821
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8234448 114 - 22224390
--GGACAGUGAAACUGGCGCCGCUGCUGCGUCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAACUGCAACUGCGACAGCGGCUCGUCUG---CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC
--((.(((.....)))...))(((((((((.((((.(((((((.(((((.(.((((...((((..(((....)))..))))...)))))))))).)---)))))))))).))))))))) ( -63.40)
>DroSec_CAF1 135416 114 - 1
--GGACAGUGAAACUGGCGCCGCUGCUGCGUCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAACUGCAACUGCGACAGCGGCUCGUCUG---CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC
--((.(((.....)))...))(((((((((.((((.(((((((.(((((.(.((((...((((..(((....)))..))))...)))))))))).)---)))))))))).))))))))) ( -63.40)
>DroSim_CAF1 97962 114 - 1
--GGACAGUGAAACUGGCGCCGCUGCUGCGUCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAACUGCAACUGCGACAGCGGCUCGUCUG---CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC
--((.(((.....)))...))(((((((((.((((.(((((((.(((((.(.((((...((((..(((....)))..))))...)))))))))).)---)))))))))).))))))))) ( -63.40)
>DroEre_CAF1 124467 108 - 1
--GGAAAGUGGAACUGCCGCCGCUGCUGCGCCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAAC------UGCGACAGCGGCUCGUCUG---CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC
--.....((((.....)))).(((((((((.((((.(((((((.((((((..(((((..(((....)))..------..)).)))..)).)))).)---)))))))))).))))))))) ( -58.80)
>DroAna_CAF1 190463 113 - 1
CGUUAUAAUGGAAUUGACGGCGCUGCGACUGCGGCUGAAUAUGCGACGGUGACUGCGACUGCGACUGUGAACGAGACUGCAA------UCCGGAUGACUCUUCGCGUCGCUGCAGCAGC
(((((.........)))))..(((((...((((((.((...(((((.(((.((((.((.((((.(((....).))..)))).------))))).).)).).)))))))))))))))))) ( -34.50)
>consensus
__GGACAGUGAAACUGGCGCCGCUGCUGCGUCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAACUGCAACUGCGACAGCGGCUCGUCUG___CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC
..((.(((.....)))...))(((((((((.((((.((((((.....(((((((((...((((..(((....)))..))))...)))).))))).....)))))))))).))))))))) (-42.06 = -44.10 +   2.04)

alignment

secondary structure

dotplot

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