Locus 3081

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 8,229,563 – 8,229,698
Length 135
Max. P 0.971916
window5038 window5039

overview

Window 8

Location 8,229,563 – 8,229,669
Length 106
Sequences 6
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.12
Mean single sequence MFE -24.98
Consensus MFE -16.70
Energy contribution -16.37
Covariance contribution -0.33
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 1.68
SVM RNA-class probability 0.971916
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8229563 106 - 22224390
UAG--CUAAAUGCAUGUGCAUGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUGUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCCAAAAUCGACCACAAGACCU-AGUAAAAC
..(--(((...(((.(((((((((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))...)))))))))).....((........))..)-)))..... ( -23.20)
>DroSec_CAF1 130494 106 - 1
UGG--CUAAAUGCAUGUGCAUGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCCAAAAGCGACCACAAGCCCU-AGUAAAAC
(((--(..(((((((((((......))))..--(((((..((((((.......))))))....))))).....)))))))))))...((........))...-........ ( -26.90)
>DroEre_CAF1 119711 104 - 1
UGG--CUAAAUGCAUUC---AGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACCGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCUAAAAGCGACCACAAAACCCGGUGAAUCG
(((--(..(((((((..---..((((((((.--.......((((((.......))))))..))))))))....)))))))))))....(((.(((........)))..))) ( -26.70)
>DroWil_CAF1 129504 97 - 1
ACU--CUA-CUGUGCGUGUAUGUGUGUAUGGCCAUCCGAAAAUUGGUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCUUAGAGC-ACCGCA---CCU-AU------
...--...-..((((((((...((..((..((((.........))))..))...))....(((((((((...)))))))))......))-).))))---)..-..------ ( -22.80)
>DroYak_CAF1 121304 104 - 1
UGG--CUAAAUGCAUUC---AGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCCAAAAGCGACCACAAAACUCUAGUAAAAU
(((--(..(((((((..---..((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))....)))))))))))........................... ( -26.30)
>DroAna_CAF1 182586 97 - 1
GGGCACUAAAUGCAUUC---UGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCUAAAAUCCACCACACAAUUC---------
(((((((...(((((((---((....)).))--)))))..((((((.......))))))..)))))(((((......))))).........)).........--------- ( -24.00)
>consensus
UGG__CUAAAUGCAUGC___UGUGCGCACGA__AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCCAAAAGCGACCACAAAACCC_AGUAAAA_
........(((((((.......((((((((......)...((((((.......))))))...)))))))....)))))))............................... (-16.70 = -16.37 +  -0.33)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 8,229,593 – 8,229,698
Length 105
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.27
Mean single sequence MFE -28.38
Consensus MFE -22.32
Energy contribution -22.10
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.67
SVM RNA-class probability 0.819099
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8229593 105 - 22224390
AC-----------AAAUCCGGAGCAGCUGCAGCGGAUCCCUAG--CUAAAUGCAUGUGCAUGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUGUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU
..-----------..(((((..((....))..))))).....(--(.....))..(((((((((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))...))))))). ( -27.80)
>DroSec_CAF1 130524 105 - 1
AC-----------AAAUCCGGAGCAGCUGCAGCGGAUCCCUGG--CUAAAUGCAUGUGCAUGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU
..-----------..(((((..((....))..))))).....(--(.....))..(((((((((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))...))))))). ( -27.60)
>DroEre_CAF1 119742 102 - 1
CC-----------AAAUCCGGAGCAGCUGCAACGGCUCCCUGG--CUAAAUGCAUUC---AGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACCGUGCGUAAUUUAUGCAUU
..-----------....((((.(.(((((...))))).)))))--...(((((((..---..((((((((.--.......((((((.......))))))..))))))))....))))))) ( -30.00)
>DroWil_CAF1 129524 106 - 1
AA-----------AAAUCAGAAGCAGUUGCAUCUGAUCCUACU--CUA-CUGUGCGUGUAUGUGUGUAUGGCCAUCCGAAAAUUGGUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU
..-----------..((((((.((....)).))))))......--...-..(((((((((((((((((.(((((.........)))))..........)))).))))))...))))))). ( -21.80)
>DroYak_CAF1 121335 102 - 1
CC-----------AAAUCCGGAGCAGCUGCAGCGGAUGCCUGG--CUAAAUGCAUUC---AGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU
((-----------(.(((((..((....))..)))))...)))--...(((((((..---..((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))....))))))) ( -30.90)
>DroAna_CAF1 182608 115 - 1
CCGGCAUUUUCCAGAAUCCGGAGCAGCUGCAUCUGAUCCCGGGCACUAAAUGCAUUC---UGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU
((((.((((....)))))))).(((..(((..(((....)))(((((...(((((((---((....)).))--)))))..((((((.......))))))..)))))))).....)))... ( -32.20)
>consensus
AC___________AAAUCCGGAGCAGCUGCAGCGGAUCCCUGG__CUAAAUGCAUGC___UGUGCGCACGA__AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU
...............(((((..((....))..)))))...........(((((((.......((((((((......)...((((((.......))))))...)))))))....))))))) (-22.32 = -22.10 +  -0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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