Locus 306

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 982,244 – 982,360
Length 116
Max. P 0.646160
window462

overview

Window 2

Location 982,244 – 982,360
Length 116
Sequences 5
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.14
Mean single sequence MFE -33.66
Consensus MFE -22.38
Energy contribution -23.26
Covariance contribution 0.88
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.23
SVM RNA-class probability 0.646160
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 982244 116 - 22224390
UCAGUAUUUUUAUUUCA--UGCAACUGAUCAGCCGGAUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAAA-ACAUUACCAUCAUUACCAUCUCGUCGAGAUUGAUCUCGUUGAGUCGUGGCU
(((((............--....)))))..((((((((((((((((((((((...(((..((.....-))..))).)))......(((((...))))))))))))))))).)).))))) ( -31.89)
>DroSec_CAF1 64981 117 - 1
UCAGGAUUUCUAUUGCA--UGCAACUGAUCAGCCGGAUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAGAGUCAUUACCAUCAUUACCAUCUCGUCGAGAUCGAUCUCGUUGAGUCGUGGCU
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>DroSim_CAF1 44203 117 - 1
UCAGUAUUUCUAUUGCA--UGCAACUGAUCAGCCGGAUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAGAGUCAUUACCAUCAUUACCAUCUCGUCGAGAUCGAUCUCGUUGAGUCGUGGCU
...(((...((.(((((--((((..(((((.....((((.....)))).)))))..)))).)))))))....)))........((((((((.(((((....))))).))))..)))).. ( -33.90)
>DroEre_CAF1 78352 118 - 1
UCGGUAUGUGUGUUGUAUGUGCAACUGAUCAGCCGGUUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAGAGUCAUUAUCAGAGUGA-GAUCUGCUCGAGAUCGAUCUUGUUGAGUCGCGGCU
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>DroYak_CAF1 70542 96 - 1
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>consensus
UCAGUAUUUCUAUUGCA__UGCAACUGAUCAGCCGGAUCAACGAGAUCAGAUCAAGUGCAGUGCAGAGUCAUUACCAUCAUUACCAUCUCGUCGAGAUCGAUCUCGUUGAGUCGUGGCU
..............................(((((..(((((((((((.((((...(((...))).....................((.....)))))))))))))))))....))))) (-22.38 = -23.26 +   0.88)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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