Locus 3059

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 8,179,058 – 8,179,172
Length 114
Max. P 0.786660
window5003

overview

Window 3

Location 8,179,058 – 8,179,172
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.79
Mean single sequence MFE -32.00
Consensus MFE -25.72
Energy contribution -25.08
Covariance contribution -0.64
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.33
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.57
SVM RNA-class probability 0.786660
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8179058 114 + 22224390
--CUUGUUGCUGAUUUUGCUAUUAUUACAUGCAUAUUUCGUGUAAUGAGUGCGAUUAGCAUUUUCAAUGAAGUGGGGUUAACAAUGUGCCUUGCAUUUCUAGUUGA----UUCGCCCCGC
--.(((.((((((((..((..((((((((((.......))))))))))..))))))))))....)))....(((((((.((((((((((...)))).....)))).----)).))))))) ( -33.20)
>DroPse_CAF1 84803 115 + 1
GAGUUGAUGCUGAUUUUGCUAUUAUUACAUGCAUAUUUCGUGUAAUGAGUGCGAUUAGCAUUUUCAAUGAAGUGGGGUUAACAAUGUGCCUUGCAUUUCUAGUUGG----AACUC-GCAG
(((((((((((((((..((..((((((((((.......))))))))))..)))))))))))).(((((((((((((((.........))))..))))))..)))))----)))))-.... ( -34.90)
>DroWil_CAF1 72316 112 + 1
UCGUUGUUGCUGAUUUUGCUAUUAUUACAUGCAUAUUUCGUGUAAUGAGUGCGAUUAGCAUUCUCAAUGAAGUGGGGUUAACAAUGUGCUUUGCAUUUCUAGUCAG----UC----GCAA
((((((.((((((((..((..((((((((((.......))))))))))..))))))))))....)))))).(((.(..((..(((((.....)))))..))..)..----.)----)).. ( -30.50)
>DroMoj_CAF1 89566 103 + 1
-----GCUGCUGAUUUAGCUAUUAUUACAUGCAUAUUUUGUGUAAUGAGUGCGAUUAGCAUUCUCAAUGAAGUGGGGCUAACAAUGUGCUCGGCAUUUCUAGCUAG----AC--------
-----........((((((((..(((((((.........)))))))((((((.....)))))).....((((((((((.........))))..)))))))))))))----).-------- ( -27.40)
>DroAna_CAF1 111815 118 + 1
--UUUGUUGCUGAUUUUGCCAUUAUUACAUGCAUAUUUCGUGUAAUGAGUGCGAUUAGCAUUUUCAAUGCAGUGGGGUUAACAAUGUGCCUUGCAUUUCUAGUUGGGAGCUUCCCCCCCC
--.(((.((((((((..((..((((((((((.......))))))))))..))))))))))....)))......((((.....(((((.....))))).......(((.....))))))). ( -31.10)
>DroPer_CAF1 84450 115 + 1
GAGUUGAUGCUGAUUUUGCUAUUAUUACAUGCAUAUUUCGUGUAAUGAGUGCGAUUAGCAUUUUCAAUGAAGUGGGGUUAACAAUGUGCCUUGCAUUUCUAGUUGG----AACUC-GCAG
(((((((((((((((..((..((((((((((.......))))))))))..)))))))))))).(((((((((((((((.........))))..))))))..)))))----)))))-.... ( -34.90)
>consensus
__GUUGUUGCUGAUUUUGCUAUUAUUACAUGCAUAUUUCGUGUAAUGAGUGCGAUUAGCAUUUUCAAUGAAGUGGGGUUAACAAUGUGCCUUGCAUUUCUAGUUGG____AAC_C_GCAC
.......((((((((..((..((((((((((.......))))))))))..))))))))))...........(..((((.........))))..).......................... (-25.72 = -25.08 +  -0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:49:58 2006