Locus 3010

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 8,038,828 – 8,038,940
Length 112
Max. P 0.916873
window4931

overview

Window 1

Location 8,038,828 – 8,038,940
Length 112
Sequences 5
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.33
Mean single sequence MFE -31.48
Consensus MFE -19.75
Energy contribution -19.79
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.11
SVM RNA-class probability 0.916873
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8038828 112 - 22224390
AUUAAAGGCAUGCAGGUUUGACUGUUGUAUCCAUUG-GUACAUAGAAAC-CCGUAUAUAUGUACAUAUGUAUGCAUCUAUGCGGCUGUACAUUCAUAUCUGUGUGUCUGUGGCC
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>DroSec_CAF1 12475 100 - 1
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>DroSim_CAF1 1758 102 - 1
AUCAAAGGCAUGCAGGUUCGACUGUUGUAUCCAUUG-GUACAUAGAAAC-CCGUAUAUAU--------GUAUGUGUUUAUGCGGCUGUACAU--AUGUGUGUGUGUCUGUGGCC
.(((.(((((((((((((...((((.(((((....)-)))))))).)))-)..(((((((--------(((((.(((.....))))))))))--)))))))))))))).))).. ( -30.10)
>DroEre_CAF1 9499 94 - 1
AUCAGAGUCAUGCAGGUUCGCCUGUGGUAUCCAUUGCAUAUAUAGAAACCCCGUAUG------------UAUGUAUUUAUGUGGCUGUA--------UCUGUGUGUCUGUGGCC
.(((.((.(((((((((..(((.((((...))))(((((((((((......).))))------------)))))).......)))...)--------)))))))).)).))).. ( -29.30)
>DroYak_CAF1 14306 92 - 1
AUCAAAGGCAUGCAGGUUCGACUGUAGUAUCCAUUG-GUACACAGAAAC-CCGUAUA------------UAUGCAUUUAUGCGGCUGUA--------UCUGUGUGUCUGUGGCC
......(((.(((((......))))).....(((.(-..(((((((.((-(((((((------------........)))))))..)).--------)))))))..).)))))) ( -33.40)
>consensus
AUCAAAGGCAUGCAGGUUCGACUGUUGUAUCCAUUG_GUACAUAGAAAC_CCGUAUAUAU________GUAUGUAUUUAUGCGGCUGUACAU__AU_UCUGUGUGUCUGUGGCC
.(((.(((((((((((.....((((.((((.......)))))))).....(((((((....................))))))).............))))))))))).))).. (-19.75 = -19.79 +   0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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