Locus 3007

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	8,012,996 – 8,013,120
Length	124
Max. P	0.860951

overview

Window 6

Location	8,012,996 – 8,013,108
Length	112
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.61
Mean single sequence MFE	-47.02
Consensus MFE	-31.56
Energy contribution	-32.62
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.84
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.79
SVM RNA-class probability	0.852680
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8012996 112 - 22224390
GCGCUGCAUCAGCAGCGAGUACCAUAUCGCUGGUACUCGGGAGCUCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUUGUGAAAGAG-CAGGACAGGCACAUCCAGGCA--AG-
.((((((....))))))...........(((((((((((..((..((.((((....)))).))..)).))))))))((((((.......-....)))))).......))).--..- ( -42.30)
>DroVir_CAF1 3858 104 - 1
GCGUUGCAUCAGCAGCGGGUGCCAUAUCGCUGGUACUCGGGUGCGCGGCGUUCACGUUCCGCGCACUACGAGUACCGUCUCUGAAAGAAACGAGACG-----------GCAAUAG-
.((((((....))))))..((((........(((((((((((((((((((....))..))))))))).))))))))(((((..........))))))-----------)))....- ( -53.60)
>DroPse_CAF1 2223 109 - 1
UCGUUGCACCAGCAACGUGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGACGCUCCCGCUCGGCCCACUACGAGUACCGGCUGUGAGAGAG-CGGGACA----CCAGCAGGAA--AGG
..(((((....)))))(((((((((.(((((((((((((((((.((((.((....))))))..)))).)))))))))))...))...))-.))))))----).........--... ( -46.50)
>DroEre_CAF1 3371 112 - 1
GCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGAGCCCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUUGUGAGCGAG-CAGGACAGGCUCAUCUAGGCG--UG-
(((((((....)))))(((((((((((.....)))...)))))))).))(((....))).((((.((((((((.(((((((....))))-).))....)))))..))))))--).- ( -48.90)
>DroYak_CAF1 3390 112 - 1
GCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCACGGCGUUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUUGUGAAAGAG-CAGGACAGGCUCAUCUAGGCA--AG-
(((((((....)))))((....))....)).(((((((((((((.(((((....)).)))..))))).))))))))(((((.((..(((-(.......)))).))))))).--..- ( -46.40)
>DroPer_CAF1 2435 109 - 1
UCGCUGCACCAGCAACGUGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGACGCUCCCGCUCGGCCCACUACGAGUACCGGCUGUGAGAGAG-CGGGACA----CCAGCAGGAA--AGG
..(((((....))...(((((((((.(((((((((((((((((.((((.((....))))))..)))).)))))))))))...))...))-.))))))----).))).....--... ( -44.40)
>consensus
GCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUACGAGUACCGCCUGUGAAAGAG_CAGGACA____CAUCCAGGCA__AG_
(((((((....)))))..((((.((.((((((((((((((((((((((((....)).)))).))))).)))))))))...))))...))...))))............))...... (-31.56 = -32.62 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	8,013,028 – 8,013,120
Length	92
Sequences	6
Columns	110
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.02
Mean single sequence MFE	-43.03
Consensus MFE	-29.79
Energy contribution	-29.77
Covariance contribution	-0.02
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.860951
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8013028 92 - 22224390
--GCCGCU----------------GACUUGGCGCUGCAUCAGCAGCGAGUACCAUAUCGCUGGUACUCGGGAGCUCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUU
--((.((.----------------((..(((((((((....))))))....)))..)))).((((((((..((..((.((((....)))).))..)).)))))))))).. ( -38.50)
>DroVir_CAF1 3882 104 - 1
--GCCACC--GGUCUG--GCUCUGGGCCUGGCGUUGCAUCAGCAGCGGGUGCCAUAUCGCUGGUACUCGGGUGCGCGGCGUUCACGUUCCGCGCACUACGAGUACCGUCU
--(.((((--.(((.(--((.....))).)))(((((....))))).)))).).....(.((((((((((((((((((((....))..))))))))).))))))))).). ( -53.30)
>DroPse_CAF1 2252 103 - 1
CAGCGGCUGG------CAGCAU-GGGCUUGUCGUUGCACCAGCAACGUGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGACGCUCCCGCUCGGCCCACUACGAGUACCGGCU
....(((((.------((((((-(((.....((((((....)))))).....))))).))))(((((((((((.((((.((....))))))..)))).)))))))))))) ( -43.80)
>DroEre_CAF1 3403 92 - 1
--GCGGCU----------------GGCCUGGCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGAGCCCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUU
--((((..----------------((.....((((((....)))))).....))..)))).((((((((((.((((((((....)).)))).)).)).)))))))).... ( -40.40)
>DroYak_CAF1 3422 92 - 1
--GCAGCU----------------GGCCUGGCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCACGGCGUUCUCGAUCGGCGCACUAUGAGUACCGCUU
--..(((.----------------.....((((((((....)))))((....))....)))(((((((((((((.(((((....)).)))..))))).))))))))))). ( -40.00)
>DroPer_CAF1 2464 103 - 1
CAGCGGCUGG------CAGCAU-GGGCUUAUCGCUGCACCAGCAACGUGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGACGCUCCCGCUCGGCCCACUACGAGUACCGGCU
..(..(((((------((((..-.........)))))..))))..)............(((((((((((((((.((((.((....))))))..)))).))))))))))). ( -42.20)
>consensus
__GCGGCU________________GGCCUGGCGCUGCACCAGCAGCGGGUUCCCUAUCGCUGGUACUCGGGUGCUCGGCGAUCUCGAUCGGCGCACUACGAGUACCGCCU
.............................((((((((....)))))...............(((((((((((((((((((....)).)))).))))).))))))))))). (-29.79 = -29.77 +  -0.02)

alignment

secondary structure

dotplot

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