Locus 2996

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,981,898 – 7,982,058
Length 160
Max. P 0.624777
window4913 window4914

overview

Window 3

Location 7,981,898 – 7,982,018
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.94
Mean single sequence MFE -45.28
Consensus MFE -29.46
Energy contribution -30.30
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.593775
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7981898 120 - 22224390
GUGGUGCUUCAGCUCCGAGGCACUAAAGAAUCUCUUGCCGCACUCCGGCUGUGGGCAUGGGAAGUCGCGCUGAUUGUAGUGCCGCUUCAGGUGGAUGCUAAGAUAGCACUGAUCCGUUAG
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>DroVir_CAF1 4882 120 - 1
AUGAUGGUUCAGCUCCGAGGAGCUGAAAAAGCGCUUGCCGCAGCCCGGUUGCGGACAGGCGAAGUCUCGCUGAUUAUAGUGUCGCUUCAAAUGCGUAUUUAGAUAGCACUGAUCCGUUAG
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>DroGri_CAF1 6287 120 - 1
AUGAUGCUUUAGCUCCGAUGAGCUGAAGAAACGCUUGCCGCAGCCCGGCUGCGUACAGGCGAAAUCACGCUGAUUAUAGUGACGCUUCAGAUGCGUAUUUAGAUAGCAUUGAUCUGACAG
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>DroMoj_CAF1 5681 120 - 1
AUGAUGGUUUAGCUCCGAGGAGCUAAAGAAGCGCUUGCCACAGCCCGGAUGCAGGCAGGCGAAAUCGCGCUGGUUGUAAUGGCGCUUCAAGUGCGUAUUCAGAUAGCAUUGGUCCGUUAG
.((((((((((((((....))))))))((((((((..((.......)).(((((.((((((....))).))).)))))..)))))))).(((((...........)))))...)))))). ( -47.00)
>DroAna_CAF1 3325 120 - 1
GUGGUGCUUCAGCUCCGAGGCGCUGAAGAACCGCUUGCCGCACUCCGGAUGCGGGCAGGCGUAGUCCCGCUGGUUGUAAUGCCGCUUCAGGUGGGUGCUCAAGUAGCAUUGGUCGGUGAG
(((((.(((((((.(....).))))))).)))))(..((((((.(((..((.((((.((((......))))(((......)))))))))..)))))))((((......))))..))..). ( -47.90)
>DroPer_CAF1 4321 120 - 1
AUGAUGCUUCAGCUCGGAGGAGCUGAAGAAGCGCUUGCCGCAUUCCGGCUGCGGACAGGGAAAGUCACGCUGGUUGUAGUGCCGCUUCAUGUGCGUGUUCAGGUAGCACUGAUCUGUGAG
......(((((((((....)))))))))...(((..((((.....)))).))).(((((...(((...((((.(((.((..((((.....))).)..))))).)))))))..)))))... ( -44.80)
>consensus
AUGAUGCUUCAGCUCCGAGGAGCUGAAGAAGCGCUUGCCGCAGCCCGGCUGCGGACAGGCGAAGUCACGCUGAUUGUAGUGCCGCUUCAGGUGCGUAUUCAGAUAGCACUGAUCCGUUAG
..(((.(((((((((....)))))))))...(((((((((((.......))))).))))))..)))..((((.(((.((((.(((.......)))))))))).))))............. (-29.46 = -30.30 +   0.84)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 7,981,938 – 7,982,058
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.72
Mean single sequence MFE -49.53
Consensus MFE -25.88
Energy contribution -27.47
Covariance contribution 1.59
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.85
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.624777
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7981938 120 - 22224390
GUGGACAGGCAAAUGGUCGCUGCUGGGUGUGGGCAAUCUGGUGGUGCUUCAGCUCCGAGGCACUAAAGAAUCUCUUGCCGCACUCCGGCUGUGGGCAUGGGAAGUCGCGCUGAUUGUAGU
((((((...(..(((.((((.(((((((((((.((((((..(((((((((......))))))))).))).....))))))))).))))).)))).)))..)..))).))).......... ( -50.60)
>DroVir_CAF1 4922 120 - 1
GCGCACAGCGAAAGGGACGCAAUCGCGUAUGCGCUAUCUGAUGAUGGUUCAGCUCCGAGGAGCUGAAAAAGCGCUUGCCGCAGCCCGGUUGCGGACAGGCGAAGUCUCGCUGAUUAUAGU
.....((((((.....((((....))))..((((((((....))))))(((((((....)))))))....))((((((((((((...))))))).)))))......))))))........ ( -52.40)
>DroGri_CAF1 6327 120 - 1
AUGGACACCGAAAUGGACGGAGUCGCGUAUGGGCAAUCUGAUGAUGCUUUAGCUCCGAUGAGCUGAAGAAACGCUUGCCGCAGCCCGGCUGCGUACAGGCGAAAUCACGCUGAUUAUAGU
...(((.(((.......))).)))((((((.((....)).))(((.(((((((((....)))))))))...((((((.((((((...))))))..))))))..))))))).......... ( -41.40)
>DroMoj_CAF1 5721 120 - 1
GCGAGCAUCGAAAUGGACGCAGCCGCGUGUGCGCAAUCUGAUGAUGGUUUAGCUCCGAGGAGCUAAAGAAGCGCUUGCCACAGCCCGGAUGCAGGCAGGCGAAAUCGCGCUGGUUGUAAU
.((.....))........(((((((((((.((((.(((....)))..((((((((....))))))))...))))(((((...(((........))).)))))...))))).))))))... ( -44.30)
>DroAna_CAF1 3365 120 - 1
CAGGACACCCGAAGGGCCGCAGCUGGGAGUGGGCGAUCUGGUGGUGCUUCAGCUCCGAGGCGCUGAAGAACCGCUUGCCGCACUCCGGAUGCGGGCAGGCGUAGUCCCGCUGGUUGUAAU
..((((((((....(.(((((..(.((((((((((....((((((.(((((((.(....).))))))).)))))))))).)))))).).))))).).)).)).))))............. ( -59.10)
>DroPer_CAF1 4361 120 - 1
GAGUGCACGCGUACGGCCGAUACUGGGUGUGGGCGAUCUGAUGAUGCUUCAGCUCGGAGGAGCUGAAGAAGCGCUUGCCGCAUUCCGGCUGCGGACAGGGAAAGUCACGCUGGUUGUAGU
((((((.(((.((((.(((....))).)))).)))(((....))).(((((((((....)))))))))..))))))((..((..(((((....(((.......)))..))))).))..)) ( -49.40)
>consensus
GAGGACACCCAAAUGGACGCAGCCGCGUGUGGGCAAUCUGAUGAUGCUUCAGCUCCGAGGAGCUGAAGAAGCGCUUGCCGCAGCCCGGCUGCGGACAGGCGAAGUCACGCUGAUUGUAGU
....................(((((.(((((....(((....))).(((((((((....)))))))))...(((((((((((.......))))).))))))....))))))))))..... (-25.88 = -27.47 +   1.59)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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