Locus 2950

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,895,966 – 7,896,081
Length 115
Max. P 0.989491
window4841 window4842

overview

Window 1

Location 7,895,966 – 7,896,081
Length 115
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 85.60
Mean single sequence MFE -27.28
Consensus MFE -16.23
Energy contribution -16.39
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -3.44
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 1.18
SVM RNA-class probability 0.926749
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7895966 115 + 22224390
AUUAGCGAUGUUACAAAAAUCUCUUGAG---AAUCAAAACCCAAUAUCA-AA-AAGGUUUUUUGCGAUCAUACCAUAUGAUAAAAUUUGUAGGCUUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC
.....((((((((((.((((((((.(((---....((((((........-..-..))))))(((((((((((...)))))......)))))).))).)))))))).))))..)))))).. ( -27.10)
>DroSec_CAF1 6661 111 + 1
AUUAGCGAUGUUACAAAAAUCUCUUGAG---UAACAAAACCCAAUAUCA-AA-AAGGUUCGUU---AUCAUA-CAUAUGAUAAAAUUUGUAGGCUUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC
.....((((((((((.((((((((.(((---(.((((((((........-..-..)))...((---(((((.-...)))))))..)))))..)))).)))))))).))))..)))))).. ( -30.90)
>DroSim_CAF1 6564 112 + 1
AUUAGCGAUGUUACAAAAAUCUCUUGAG---UAACAAAACCCAAUAUCAGAA-AAGGUUCGUU---AUCAUA-AAUAUGAUAAAAUUUGUAGGCUUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC
.....((((((((((.((((((((.(((---(.(((((...........(((-....))).((---(((((.-...)))))))..)))))..)))).)))))))).))))..)))))).. ( -31.10)
>DroEre_CAF1 6383 105 + 1
AUUAGCGAUGUUAUAAAAAUCUCUUGAG---AAUCAAAACCCAAUAUCA-AAAAUGUGUUGUU---AUCACA---UAA---GGAAUUUGUAA--UUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC
.....((((((((((.((((((((.((.---...((((..((.......-...(((((.....---..))))---)..---))..))))...--)).)))))))).))))..)))))).. ( -21.90)
>DroYak_CAF1 6564 107 + 1
AUUAGCGAUGUUAUAAAAAUCUCUUGAGUAUAAUCAAAAGCCAAUAUCA-AA-AGGUAUUGUU---AUCACA---UGU---GGAAUUUGUAA--UUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC
.....((((((((((.((((((((....(((((........(((((((.-..-.)))))))..---.(((..---..)---))...))))).--...)))))))).))))..)))))).. ( -25.40)
>consensus
AUUAGCGAUGUUACAAAAAUCUCUUGAG___AAUCAAAACCCAAUAUCA_AA_AAGGUUUGUU___AUCAUA__AUAUGAUAAAAUUUGUAGGCUUUAGAGAUUUCUGUAACACAUCGGC
.....((((((((((.((((((((.(((......((((...............................................))))....))).)))))))).))))..)))))).. (-16.23 = -16.39 +   0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 7,895,966 – 7,896,081
Length 115
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.60
Mean single sequence MFE -27.90
Consensus MFE -19.50
Energy contribution -20.54
Covariance contribution 1.04
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -3.44
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 2.17
SVM RNA-class probability 0.989491
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7895966 115 - 22224390
GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAAGCCUACAAAUUUUAUCAUAUGGUAUGAUCGCAAAAAACCUU-UU-UGAUAUUGGGUUUUGAUU---CUCAAGAGAUUUUUGUAACAUCGCUAAU
((.(((((..(((((((((((((((((((((.......(((((...(((.............)))..-..-))))).))))))))(...---..).)))))))))))))))))))).... ( -30.52)
>DroSec_CAF1 6661 111 - 1
GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAAGCCUACAAAUUUUAUCAUAUG-UAUGAU---AACGAACCUU-UU-UGAUAUUGGGUUUUGUUA---CUCAAGAGAUUUUUGUAACAUCGCUAAU
((.(((((..(((((((((((((..((...(((....(((((((...-.)))))---)).((((((.-.(-....)..)))))))))..---))..)))))))))))))))))))).... ( -32.40)
>DroSim_CAF1 6564 112 - 1
GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAAGCCUACAAAUUUUAUCAUAUU-UAUGAU---AACGAACCUU-UUCUGAUAUUGGGUUUUGUUA---CUCAAGAGAUUUUUGUAACAUCGCUAAU
((.(((((..(((((((((((((..((...(((....(((((((...-.)))))---)).((((((.-..........)))))))))..---))..)))))))))))))))))))).... ( -32.20)
>DroEre_CAF1 6383 105 - 1
GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAA--UUACAAAUUCC---UUA---UGUGAU---AACAACACAUUUU-UGAUAUUGGGUUUUGAUU---CUCAAGAGAUUUUUAUAACAUCGCUAAU
((.(((((.....((((((((((...--...((((....---..(---((((..---.....))))).))-))....((((........---))))))))))))))...))))))).... ( -22.70)
>DroYak_CAF1 6564 107 - 1
GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAA--UUACAAAUUCC---ACA---UGUGAU---AACAAUACCU-UU-UGAUAUUGGCUUUUGAUUAUACUCAAGAGAUUUUUAUAACAUCGCUAAU
((.(((((.....((((((((((..(--(((((......---...---))))))---..(((((.(.-..-.).))))).................))))))))))...))))))).... ( -21.70)
>consensus
GCCGAUGUGUUACAGAAAUCUCUAAAGCCUACAAAUUUUAUCAUAU__UAUGAU___AACAAACCUU_UU_UGAUAUUGGGUUUUGAUU___CUCAAGAGAUUUUUGUAACAUCGCUAAU
((.(((((..(((((((((((((.....................................((((((............))))))((........)))))))))))))))))))))).... (-19.50 = -20.54 +   1.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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