Locus 2911

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,796,317 – 7,796,412
Length 95
Max. P 0.522358
window4770

overview

Window 0

Location 7,796,317 – 7,796,412
Length 95
Sequences 6
Columns 97
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.46
Mean single sequence MFE -39.68
Consensus MFE -21.81
Energy contribution -21.73
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.55
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.522358
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7796317 95 - 22224390
--GCUGCUGGUACUGGGUAUGCAGUCGCGUCGCAAGUGAACUAGGUCAUUUGUCUGGCUCAGCACCAGGGCCAUGGCCUUUCCUAGCUGCGAGGAGC
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>DroVir_CAF1 16635 97 - 1
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>DroSec_CAF1 14074 95 - 1
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>DroEre_CAF1 17474 95 - 1
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>DroYak_CAF1 16974 95 - 1
--GCUGCUGGUACUGGGUAUGCAAUCGCGUCGCAAGUGCGCCAGCUCAUUUGUCUGGCUUAGCACCAGGGCCAUGGCCUUUCCCAGCUGCGAGGCGC
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>DroAna_CAF1 15475 95 - 1
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>consensus
__GCUGCUGGUACUGGGUAUGCAAUCGCGUCGCAAGUGCGCCAGCUCAUUUGUCUGGCUCAGCACCAGGGCCAUGGCCUUUCCCAGCUGCGAGGAGC
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alignment

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