| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,785,823 – 7,785,943 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.626513 |
| Location | 7,785,823 – 7,785,943 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 87.83 |
| Mean single sequence MFE | -34.33 |
| Consensus MFE | -28.98 |
| Energy contribution | -29.53 |
| Covariance contribution | 0.56 |
| Combinations/Pair | 1.23 |
| Mean z-score | -1.71 |
| Structure conservation index | 0.84 |
| SVM decision value | 0.19 |
| SVM RNA-class probability | 0.626513 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 7785823 120 + 22224390 GUCCACAUGAGCGUCCAACUCUUCUCUAACGAAAGUCUGGCCCUCAAGAUGGUCAACGAGCUGUCGCUGCUGCACGUAAUGAUUAUUAGUCUGAAGCUAAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA (.((((.((((.(((..(((.(((......))))))..))).)))).).))).)...(((.((((((....))........(((((((((.....)))))))))......)))))))... ( -29.60) >DroVir_CAF1 4399 120 + 1 GUCCAUAUGAGCGUUCAGCUCUUCUCCAAUGAGAGUUUGGCCUUAAAAAUGGUCAACGAACUGUCGCUGCUGCAUGUGAUGAUUAUCAGUUUAAAACUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA .....((((((.((((.((((((.......))))))((((((........)))))).))))((((((....)).((.(((.(((((((((.....)))))))))))))).)))))))))) ( -36.00) >DroGri_CAF1 7653 120 + 1 GUCCACAUGAGCGUUCAGCUCUUCUCCAACGAGAGCCUUGCCCUCAAAAUGGUCAAUGAGCUGUCGCUGUUGCAUGUGAUGAUUAUUAGCUUGAAGCUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA (.(((..((((.((...((((((.......))))))...)).))))...))).).(((((.((((((....)).((.(((.(((((((((.....)))))))))))))).))))))))). ( -38.30) >DroWil_CAF1 2818 120 + 1 GUGCAUAUGAGCGUUCAACUCUUCUCCAACGAGAGUCUGGCCCUCAAAAUGGUCAACGAAUUGUCGCUGCUGCAUGUGAUGAUCAUUAGUUUAAAGUUAAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA .....((((((.((((.((((((.......)))))).(((((........)))))..))))((((((....)).((.(((.((((((((.......))))))))))))).)))))))))) ( -27.60) >DroMoj_CAF1 6846 120 + 1 GUCCAUAUGAGCGUGCAGCUAUUCUCCAAUGAGAGCCUGGCCCUUAAAAUGGUCAACGAGCUGUCGCUGUUACAUGUGAUGAUAAUCAGUUUAAAACUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA (((((((((((((.((((((.(((((....)))))..(((((........)))))...))))))))))....))))))..((((((((((.....))))))..))))...)))....... ( -33.60) >DroAna_CAF1 5093 120 + 1 GUGCACAUGAGCGUCCAGCUCUUCUCCAACGAGAGCCUCGCGUUGAAGAUGGUCAACGAGCUGUCGCUGCUGCAUGUGAUGAUCAUCAGUCUGAAGCUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA ((((((((((((((.(((((((((((....)))))......(((((......)))))))))))..)).))).))))))...(((((((((.....)))))))))........)))..... ( -40.90) >consensus GUCCACAUGAGCGUUCAGCUCUUCUCCAACGAGAGCCUGGCCCUCAAAAUGGUCAACGAGCUGUCGCUGCUGCAUGUGAUGAUUAUCAGUUUAAAGCUGAUGAUGUCCAAGAUACUCAUA ...((((((((((..(((((((((((....)))))..(((((........)))))..)))))).))))....))))))...(((((((((.....)))))))))................ (-28.98 = -29.53 + 0.56)
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