Locus 2898

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,762,253 – 7,762,407
Length 154
Max. P 0.736310
window4743 window4744 window4745

overview

Window 3

Location 7,762,253 – 7,762,353
Length 100
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.10
Mean single sequence MFE -41.43
Consensus MFE -30.11
Energy contribution -29.67
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.73
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.524889
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7762253 100 + 22224390
--UCCAAUGGAACCAAGUUAAAUACGGCUACUGCUGGAGCGGCAGCUGCAUCCGCCGCUGCGGCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGC
--(((...))).............((((....))))(((.((((((.((....((((..(((((.(....))))))..))))....))...))))))))).. ( -38.60)
>DroPse_CAF1 11471 99 + 1
CCACCAAUGGCACCAAGUUGAACACAGCUACCGCGGGGGCUGCAGCUGCCUCGGCUGCAGCAGCUCUGGCAGCCGCCACGGCAGCCGCCACCCUGCCC---C
(((....))).....(((((....)))))...((((((((((((((((...)))))))))).....((((.((.((....)).)).))))))))))..---. ( -45.70)
>DroSim_CAF1 10891 100 + 1
--UCCAAUGGAACCAAGUUAAAUACGGCCACUGCUGGAGCGGCAGCUGCGUCUGCCGCUGCGGCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGC
--.....((((((...))).....((((((((((((.((((((((......)))))))).))))...))))))))))).((((.(......).))))..... ( -40.90)
>DroEre_CAF1 11703 100 + 1
--ACCAAUGGAACCAAGUUAAAUACGGCCACUGCUGGAGCGGCAGCUGCAUCCGCUGCAGCGGCACUGGUGGCGGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGC
--......................((((....))))(((.((((((.....((((....))))..((((((.((....)).))))))....))))))))).. ( -37.90)
>DroYak_CAF1 11704 100 + 1
--GCCAAUGGAACCAAGUUGAAUACGGCCACUGCUGGAGCGGCGGCUGCAUCCGCUGCAGCGGCACUGGUGGCAGCCACGGCAUCAGCAUCGCUGCCCUCGC
--......((.....(((.((...(((((.((((....)))).)))))..)).)))(((((((..((((((.(......).))))))..))))))))).... ( -39.80)
>DroPer_CAF1 11540 99 + 1
CCACCAAUGGCACCAAGUUGAACACAGCUACCGCGGGGGCUGCAGCUGCCUCGGCUGCAGCAGCUCUGGCAGCCGCCACGGCAGCCGCCACCCUGCCC---C
(((....))).....(((((....)))))...((((((((((((((((...)))))))))).....((((.((.((....)).)).))))))))))..---. ( -45.70)
>consensus
__ACCAAUGGAACCAAGUUAAAUACGGCCACUGCUGGAGCGGCAGCUGCAUCCGCUGCAGCGGCACUGGUGGCCGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGC
.......(((......((.....)).(((((((.((..((((((((.......))))))))..)).)))))))..))).((((..........))))..... (-30.11 = -29.67 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 7,762,279 – 7,762,388
Length 109
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.93
Mean single sequence MFE -53.27
Consensus MFE -33.32
Energy contribution -32.55
Covariance contribution -0.77
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.736310
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7762279 109 + 22224390
UACUGCUGGAGCGGCAGCUGCAUCCGCCGCUGCGGCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGGGGUCACAGUG-CAUCCACG
......((((...(((((.((....)).))))).((((((.(((((.((((((((.(......).))))..((((.......)))))))).))))))))))-).)))).. ( -48.60)
>DroPse_CAF1 11499 107 + 1
UACCGCGGGGGCUGCAGCUGCCUCGGCUGCAGCAGCUCUGGCAGCCGCCACGGCAGCCGCCACCCUGCCC---CUUAACCAUGGCAGUGCCAGUGGCAGUGGCAGUGGCG
....((.((((((((.((.((....)).)).)))))))).))...((((((.((.((.(((((((((((.---.........))))).)...))))).)).)).)))))) ( -55.90)
>DroSec_CAF1 11382 109 + 1
CACUGCUGGAGCGGCAGCUGCGUCCGCCGCUGCGGCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGCGGUCACAGUG-CAUCCACG
......((((...(((((.((....)).))))).((((((.((((((((((((((.(......).))))..((((.......)))))))))))))))))))-).)))).. ( -52.90)
>DroSim_CAF1 10917 109 + 1
CACUGCUGGAGCGGCAGCUGCGUCUGCCGCUGCGGCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGCGGUCACAGUG-CAUCCGCG
....((((.((((((((......)))))))).))((((((.((((((((((((((.(......).))))..((((.......)))))))))))))))))))-)....)). ( -55.60)
>DroEre_CAF1 11729 109 + 1
CACUGCUGGAGCGGCAGCUGCAUCCGCUGCAGCGGCACUGGUGGCGGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGUGGUCACAGUG-CGUCCACG
...(((((.(((((.(......)))))).)))))((((((.((((.(((((((((.(......).))))..((((.......))))))))).)))))))))-)....... ( -49.40)
>DroPer_CAF1 11568 107 + 1
UACCGCGGGGGCUGCAGCUGCCUCGGCUGCAGCAGCUCUGGCAGCCGCCACGGCAGCCGCCACCCUGCCC---CUGAACCAUGGCAGUGCCAGUGGCAGUGGCAGUGGCG
..((((((((((((((((((...)))))))))).....((((.((.((....)).)).))))))))(((.---(((..(((((((...)))).)))))).))).)))).. ( -57.20)
>consensus
CACUGCUGGAGCGGCAGCUGCAUCCGCCGCAGCGGCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGCGGUCACAGUG_CAUCCACG
(((.((((..(((((.(((((....((((...))))....))))).)))...))..))))...((((((.(((((.......))))).))))).)...)))......... (-33.32 = -32.55 +  -0.77)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 7,762,313 – 7,762,407
Length 94
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.24
Mean single sequence MFE -40.17
Consensus MFE -23.58
Energy contribution -24.25
Covariance contribution 0.67
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.707694
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7762313 94 + 22224390
GCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGGGGUCACAGUG-CAUCCACGGGGG-----GUCAC-------CAAAACCAUC------
((((((.(((((.((((((((.(......).))))..((((.......)))))))).))))))))))-)......((.((-----....)-------)....))...------ ( -37.40)
>DroPse_CAF1 11533 109 + 1
GCUCUGGCAGCCGCCACGGCAGCCGCCACCCUGCCC---CUUAACCAUGGCAGUGCCAGUGGCAGUGGCAGUGGCGGCGGACUG-ACCACCGCCUCUCAAAACCAUCACCAGC
((..((((((((((....)).((((((((..((((.---((...(((((((...)))).))).)).)))))))))))))).)))-.)))..)).................... ( -46.10)
>DroSec_CAF1 11416 94 + 1
GCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGCGGUCACAGUG-CAUCCACGGGUG-----GUCAC-------CAAAACCAUC------
((((((.((((((((((((((.(......).))))..((((.......)))))))))))))))))))-).......((((-----((...-------....))))))------ ( -41.70)
>DroSim_CAF1 10951 94 + 1
GCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGCGGUCACAGUG-CAUCCGCGGGGG-----GUCAC-------CAAAACCAUC------
((((((.((((((((((((((.(......).))))..((((.......)))))))))))))))))))-)......((.((-----....)-------)....))...------ ( -41.20)
>DroEre_CAF1 11763 97 + 1
GCACUGGUGGCGGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGUGGUCACAGUG-CGUCCACGGGAG--UGCAUCAC-------CAGAACCAUC------
((((((.((((.(((((((((.(......).))))..((((.......))))))))).)))))))))-)...(((....)--))......-------..........------ ( -36.60)
>DroYak_CAF1 11764 94 + 1
GCACUGGUGGCAGCCACGGCAUCAGCAUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGCGGUCACGGCG-CGUCCACGGGUG-----GUCAC-------CAGAACCAUC------
...((((((((.(((.((......((...((((((.(((((.......))))).))))))....)).-......))))).-----)))))-------))).......------ ( -38.02)
>consensus
GCACUGGUGGCUGCCACGGCAUCAGCUUCGCUGCCCUCGCUUAAUCAUAGUGGUGGCGGUCACAGUG_CAUCCACGGGGG_____GUCAC_______CAAAACCAUC______
((((((.((((.(((((((((.(......).))))..((((.......))))))))).))))))))).)............................................ (-23.58 = -24.25 +   0.67)

alignment

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