Locus 2666

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	7,146,459 – 7,146,632
Length	173
Max. P	0.658388

overview

Window 4

Location	7,146,459 – 7,146,552
Length	93
Sequences	5
Columns	93
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.13
Mean single sequence MFE	-34.54
Consensus MFE	-27.98
Energy contribution	-30.22
Covariance contribution	2.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.50
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	0.26
SVM RNA-class probability	0.658388
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7146459 93 + 22224390
UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAUUUCGUGCGCUGUUUUUGUAGUUGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGU
.(((((.(((((((((..(((((..(((........))).)))))..)))))))))))).)).(((((((((((....)))..)))))))).. ( -38.60)
>DroSec_CAF1 14232 76 + 1
UGUGCACACAGCUGCAU-----------------CGUGCGCUGUUGUUGUAGUUGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGU
.(((((.(((((((((.-----------------((........)).)))))))))))).)).(((((((((((....)))..)))))))).. ( -29.60)
>DroSim_CAF1 8583 93 + 1
UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAUUUCGUGCGCUGUUGUUGUAGUUGCUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCCCUCGUCUGU
...(((((((((((((.((((((..(((........))).)))))).)))))))).)).))).(((((((.(((....)))...))))))).. ( -36.70)
>DroEre_CAF1 14709 92 + 1
UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAU-UCGUGCGCUGUUCUUGUAGUUGUUGCUGCUGGCCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGU
.(((((.(((((((((..(((((..(((....-...))).)))))..)))))))))))).)).((.((((((((....)))..))))).)).. ( -33.90)
>DroYak_CAF1 14397 93 + 1
UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAUUUCGUGCGCUGUUGUUGUAGUUCUUGCUGCUGGGCAAGCACGUAGGCGUCCGUUCGUCUGU
.((((....(((((((.((((((..(((........))).)))))).))))))).(((((....))))))))).((((((......)))))). ( -33.90)
>consensus
UGUGCACACAGCUGCAUCGGCAGAGGCAACAUUUCGUGCGCUGUUGUUGUAGUUGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGU
...(((((((((((((..(((((..(((........))).)))))..)))))))).)).))).(((((((((((....)))..)))))))).. (-27.98 = -30.22 +   2.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	7,146,512 – 7,146,632
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.40
Mean single sequence MFE	-38.04
Consensus MFE	-22.62
Energy contribution	-24.60
Covariance contribution	1.98
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-1.60
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	-0.02
SVM RNA-class probability	0.523169
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7146512 120 + 22224390
UGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGUCUCUGUGGGCACAGACGACGCCAAGAAAAUAUAACCGUUUAUUAAAGCAGAGCUGGAAAGCUUGAGCAUCCUCAAGAAAA
.(((.((((((((((((((((....)))..))))))))((((((((....))))).)))..........................)))))))).......((((((....)))))).... ( -38.20)
>DroSec_CAF1 14268 120 + 1
UGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGUUUCUGUGAGCACAGACGCCGGCACAAAAAUAUAACCGUAUAUUAAAGCAGCGAUGGAUAGCUUGAGCAUCCUUAAAAAAA
.(((((((((.((((((((((....)))..))))(((((((((...))).)))))))))........((((((....))))))..)))))))))((((.((....))))))......... ( -41.60)
>DroSim_CAF1 8636 120 + 1
UGCUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCCCUCGUCUGUCUCUGUGAGCACAGACGCCGCCACAAAAAUAUAACCGUAUAUUAAAGCAGCGAUGGAUAGCUUGAGCAUCCUUAAAAAAA
.((((((..((((((.(((((....)))......(((((((((...))).)))))))))))).))..((((((....))))))..))))))...((((.((....))))))......... ( -40.30)
>DroEre_CAF1 14761 115 + 1
UGUUGCUGCUGGCCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGUCGCUGUGAGCACAGACGCGGCCACGAAAAUAGCACACAACUUCUAUGCAGCGAGGUAUAGCUUGAGCGUCUUACA-----
..(((((((((((((((((((....)))..))))((((((.((.....))))))))..))))).....((((..........))))))))))).(((..((....))....))).----- ( -40.80)
>DroYak_CAF1 14450 92 + 1
UCUUGCUGCUGGGCAAGCACGUAGGCGUCCGUUCGUCUGUCGCUGUGAGCACAGACGCAGCCACGAAAAUAGCAGCCAAUAUCAAAGUAGGG----------------------------
....((((((((((..((......))))))((((((((((.((.....))))))))).))).........))))))................---------------------------- ( -29.30)
>consensus
UGUUGCUGCUGGGCGAGCACGUAGGCGUCCGCUCGUCUGUCUCUGUGAGCACAGACGCCGCCACGAAAAUAUAACCGUAUAUUAAAGCAGCGAUGGAUAGCUUGAGCAUCCUUAA_AAAA
...((((((((((((((((((....)))..))))))))((.(((((....))))).))...........................)))))))..((((.((....))))))......... (-22.62 = -24.60 +   1.98)

alignment

secondary structure

dotplot

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