Locus 2638

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 7,045,703 – 7,045,822
Length 119
Max. P 0.876657
window4325

overview

Window 5

Location 7,045,703 – 7,045,822
Length 119
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.77
Mean single sequence MFE -47.00
Consensus MFE -38.65
Energy contribution -39.87
Covariance contribution 1.21
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.48
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.90
SVM RNA-class probability 0.876657
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7045703 119 - 22224390
GUUUCCAUUUCCAGUUUCAGUCGCCGUCUGAUUCUCAGACUCGCCGCAGCGGAAGUAACUCGCUGAGCGCUGUUGUGGCUGAUUAUGCUGCCAGUGGCAGUAGGGAAAAGGGCUCACAA
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>DroSec_CAF1 37111 119 - 1
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>DroSim_CAF1 37355 119 - 1
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>DroEre_CAF1 37388 119 - 1
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>DroYak_CAF1 36118 119 - 1
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>DroMoj_CAF1 124810 97 - 1
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>consensus
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...(((.(((((....((((((((.(((((.....))))).....((((((..(((.....)))...)))))).))))))))...(((((((...))))))).))))).)))....... (-38.65 = -39.87 +   1.21)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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