Locus 2529

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,735,281 – 6,735,392
Length	111
Max. P	0.946995

overview

Window 8

Location	6,735,281 – 6,735,392
Length	111
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.39
Mean single sequence MFE	-29.02
Consensus MFE	-24.13
Energy contribution	-24.52
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.16
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.60
SVM RNA-class probability	0.795433
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6735281 111 + 22224390
GGGUUCGCUUUUAUGGCUUCCAACUACUAAAAGCGCUUCAAUUAGCGCUCUGAUGAACUCUGAUGAGUCCAAAGUAAAUUAUCUGCUAAUUGAAGUAUGCCUC--UGACUAGC
((((..((((((((((.......))).)))))))(((((((((((((....(((((((((....))))..........))))))))))))))))))..)))).--........ ( -30.30)
>DroSec_CAF1 21500 95 + 1
GGGUUCGCUUUUAUGGCUUCCAACUACUAAAAGCGCUUCAAUUAGCGCUCUGAUGAACUCUGAUGAGUCCAAAGUAAAUUAUCUGCUAAUUGAUG------------------
.....(((((((((((.......))).))))))))..((((((((((....(((((((((....))))..........)))))))))))))))..------------------ ( -22.80)
>DroEre_CAF1 26022 111 + 1
GGGUUCGCUUUUAUGGCUUCCAACUACUAAAAGCGCUUCAAUUAGCGCUCUGAUGAACUCUGAUGAGUCCAAAGUAAAUUAUCUGCUAAUUGAAGUAUGCCUC--UGACUAGC
((((..((((((((((.......))).)))))))(((((((((((((....(((((((((....))))..........))))))))))))))))))..)))).--........ ( -30.30)
>DroYak_CAF1 31349 113 + 1
GGGUUCGCUUUUAUGGCUUCCAACUACUAAAAGCGCUUCAAUUAGCGCUCUGAUGAACUCUGAUGAGUCCAAAGUAAAUUAUCUGCUAAUUGAAGUAUGCCUCUAUGACUAGC
((((..((((((((((.......))).)))))))(((((((((((((....(((((((((....))))..........))))))))))))))))))..))))........... ( -30.30)
>DroAna_CAF1 24765 111 + 1
GGUUUCGCUUUUAUGGCCUC-GGCUACUAAAAGCGCUUUAAUUAGCGCUCUGAUGAACUCUGAUGAGCCCAAAGUAAAUUAUCUGCUAAUUGAAGUAUGCCUU-ACUCCUAAC
(((...(((((((((((...-.)))).)))))))((((((((((((((((....(....)....))))....((........))))))))))))))..)))..-......... ( -33.00)
>DroPer_CAF1 77866 110 + 1
GGCUUCGCUU-UAUGACUGCCAACUACUAAAAGUGCUUCAAUUAGCGCUCUGAUGAACUCUGAUGAGCCCAAAGUAAAUUAUCUGCUAAUUGAAGUAUGCCUC--CUGACAGC
(((.(((...-..)))..)))...........((((((((((((((((((....(....)....))))....((........)))))))))))))))).....--........ ( -27.40)
>consensus
GGGUUCGCUUUUAUGGCUUCCAACUACUAAAAGCGCUUCAAUUAGCGCUCUGAUGAACUCUGAUGAGUCCAAAGUAAAUUAUCUGCUAAUUGAAGUAUGCCUC__UGACUAGC
......((((((((((.......))).)))))))(((((((((((((...((((..(((.((.......)).)))..))))..)))))))))))))................. (-24.13 = -24.52 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	6,735,281 – 6,735,392
Length	111
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.39
Mean single sequence MFE	-29.75
Consensus MFE	-26.45
Energy contribution	-26.62
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.07
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.37
SVM RNA-class probability	0.946995
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6735281 111 - 22224390
GCUAGUCA--GAGGCAUACUUCAAUUAGCAGAUAAUUUACUUUGGACUCAUCAGAGUUCAUCAGAGCGCUAAUUGAAGCGCUUUUAGUAGUUGGAAGCCAUAAAAGCGAACCC
(((.....--..)))...(((((((((((.((....)).((.(((((((....)))))))..))...)))))))))))((((((((...((.....))..))))))))..... ( -31.40)
>DroSec_CAF1 21500 95 - 1
------------------CAUCAAUUAGCAGAUAAUUUACUUUGGACUCAUCAGAGUUCAUCAGAGCGCUAAUUGAAGCGCUUUUAGUAGUUGGAAGCCAUAAAAGCGAACCC
------------------..(((((((((.((....)).((.(((((((....)))))))..))...)))))))))..((((((((...((.....))..))))))))..... ( -26.30)
>DroEre_CAF1 26022 111 - 1
GCUAGUCA--GAGGCAUACUUCAAUUAGCAGAUAAUUUACUUUGGACUCAUCAGAGUUCAUCAGAGCGCUAAUUGAAGCGCUUUUAGUAGUUGGAAGCCAUAAAAGCGAACCC
(((.....--..)))...(((((((((((.((....)).((.(((((((....)))))))..))...)))))))))))((((((((...((.....))..))))))))..... ( -31.40)
>DroYak_CAF1 31349 113 - 1
GCUAGUCAUAGAGGCAUACUUCAAUUAGCAGAUAAUUUACUUUGGACUCAUCAGAGUUCAUCAGAGCGCUAAUUGAAGCGCUUUUAGUAGUUGGAAGCCAUAAAAGCGAACCC
....(((.....)))...(((((((((((.((....)).((.(((((((....)))))))..))...)))))))))))((((((((...((.....))..))))))))..... ( -31.40)
>DroAna_CAF1 24765 111 - 1
GUUAGGAGU-AAGGCAUACUUCAAUUAGCAGAUAAUUUACUUUGGGCUCAUCAGAGUUCAUCAGAGCGCUAAUUAAAGCGCUUUUAGUAGCC-GAGGCCAUAAAAGCGAAACC
....(((((-(.....))))))(((((((.((....)).((.(((((((....)))))))..))...)))))))....((((((((...((.-...))..))))))))..... ( -29.40)
>DroPer_CAF1 77866 110 - 1
GCUGUCAG--GAGGCAUACUUCAAUUAGCAGAUAAUUUACUUUGGGCUCAUCAGAGUUCAUCAGAGCGCUAAUUGAAGCACUUUUAGUAGUUGGCAGUCAUA-AAGCGAAGCC
((((..((--(((.....(((((((((((.((....)).((.(((((((....)))))))..))...)))))))))))..)))))..)))).(((.((....-..))...))) ( -28.60)
>consensus
GCUAGUCA__GAGGCAUACUUCAAUUAGCAGAUAAUUUACUUUGGACUCAUCAGAGUUCAUCAGAGCGCUAAUUGAAGCGCUUUUAGUAGUUGGAAGCCAUAAAAGCGAACCC
..................(((((((((((.((....)).((.(((((((....)))))))..))...)))))))))))((((((((...((.....))..))))))))..... (-26.45 = -26.62 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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