Locus 2512

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,673,845 – 6,673,951
Length	106
Max. P	0.924727

overview

Window 4

Location	6,673,845 – 6,673,951
Length	106
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.37
Mean single sequence MFE	-40.90
Consensus MFE	-21.76
Energy contribution	-21.68
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.528652
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6673845 106 + 22224390
UCCAAAUUCAUUUCCAGCGCAAUUUUAAUGCGCUGCCUGGCAUGGACACAAUUGCUCCGUCAGCAUUGUGCGCCUGGCAGCUGGGAAACGCUUUGCUUGGACGCAG
(((((.....(((((((((((.......)))..((((.(((...(.((((((.(((.....))))))))))))).))))))))))))..((...)))))))..... ( -36.70)
>DroPse_CAF1 3765 103 + 1
UCGAA---CGUCUCCAGCGACAUAUUAGUCCGCUGCCUGGCCUGGACGCAGCUCCUGCGCCAGCACUGCGCCGCCGGCAGCUGGGAGACCCUCUGCCUCGAUGCAG
.....---.((((((.(.(((......))))((((((.(((..((.(((((....(((....)))))))))))))))))))..))))))...((((......)))) ( -45.00)
>DroEre_CAF1 3568 106 + 1
UCCAAUCAGAUUUCCAGCGCCAUUUUGAUGCGCUGCUUGGCAUGGACGCAUUUGCUGCGUCAGCAUUGUGCACCUGGCAGCUGGGAAACGCUUUGUUUGGACGCAG
(((((.((((((((((((((((...(((((((((....)))...((((((.....)))))).))))))......)))).))))))))....)))).)))))..... ( -40.90)
>DroYak_CAF1 3568 106 + 1
UCCAAUCACAUUUCCAGCGCCAUUUUAAUGCGCUGCUUGGCGUGGACGCAACUGCUACGUCAGCAUUGUGCGCCUGGCAGCUGGGAAACGCUUUGUUUGGAUGGAG
(((((.((..((((((((((((.......(((((....)))))((.((((..((((.....))))...)))))))))).))))))))......)).)))))..... ( -39.40)
>DroAna_CAF1 3546 103 + 1
CCCCA---GCUGUCCAGCGCGAUCUUCAUGCGCUGCCUGGCCUGGACGCAGUUACUCCGCCAGCACUGUAUUCCGGGCAGCUGGGAGACCCUUUGUCUGGACGCCG
.((((---(((((((((((((.......))))))((.((((..(((.(......))))))))))..........)))))))))))((((.....))))........ ( -43.20)
>DroPer_CAF1 3776 103 + 1
UCGAA---CGUCUCCAGCGACAUAUUAGUCCGCUGCCUGGCCUGGACACAGCUCCUGCGCCAGCACUGCGCCGCCGGCAGCUGGGAGACCCUCUGCCUCGAUGCAG
.....---......(((((((......)).))))).((((((.(((......))).).)))))..(((((.((..(((((..((....))..))))).)).))))) ( -40.20)
>consensus
UCCAA___CAUUUCCAGCGCCAUUUUAAUGCGCUGCCUGGCCUGGACGCAGCUGCUGCGCCAGCACUGUGCCCCUGGCAGCUGGGAAACCCUUUGCCUGGACGCAG
..............((((((.........)))))).(((((.(((.........))).)))))..((((...((.(((((..((....).).))))).))..)))) (-21.76 = -21.68 +  -0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	6,673,845 – 6,673,951
Length	106
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	78.37
Mean single sequence MFE	-43.32
Consensus MFE	-26.15
Energy contribution	-25.35
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-2.17
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.16
SVM RNA-class probability	0.924727
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6673845 106 - 22224390
CUGCGUCCAAGCAAAGCGUUUCCCAGCUGCCAGGCGCACAAUGCUGACGGAGCAAUUGUGUCCAUGCCAGGCAGCGCAUUAAAAUUGCGCUGGAAAUGAAUUUGGA
.....((((((.....(((((((..((((((.(((((((((((((.....))).)))))))....))).))))))(((.......)))...)))))))..)))))) ( -42.40)
>DroPse_CAF1 3765 103 - 1
CUGCAUCGAGGCAGAGGGUCUCCCAGCUGCCGGCGGCGCAGUGCUGGCGCAGGAGCUGCGUCCAGGCCAGGCAGCGGACUAAUAUGUCGCUGGAGACG---UUCGA
.(((......)))(((.((((((..(((((((((((((((((.(((...)))..))))))))...))).)))))).(((......)))...)))))).---))).. ( -51.00)
>DroEre_CAF1 3568 106 - 1
CUGCGUCCAAACAAAGCGUUUCCCAGCUGCCAGGUGCACAAUGCUGACGCAGCAAAUGCGUCCAUGCCAAGCAGCGCAUCAAAAUGGCGCUGGAAAUCUGAUUGGA
.....(((((....((.((((((.(((.(((((((((....((((((((((.....)))))).......))))..)))))....)))))))))))))))..))))) ( -37.21)
>DroYak_CAF1 3568 106 - 1
CUCCAUCCAAACAAAGCGUUUCCCAGCUGCCAGGCGCACAAUGCUGACGUAGCAGUUGCGUCCACGCCAAGCAGCGCAUUAAAAUGGCGCUGGAAAUGUGAUUGGA
.....(((((.....((((((((.(((.((((((((((...(((((...)))))..))))))..(((......)))........)))))))))))))))..))))) ( -39.50)
>DroAna_CAF1 3546 103 - 1
CGGCGUCCAGACAAAGGGUCUCCCAGCUGCCCGGAAUACAGUGCUGGCGGAGUAACUGCGUCCAGGCCAGGCAGCGCAUGAAGAUCGCGCUGGACAGC---UGGGG
((((((((((.....(((((((...((((((.((.........((((((.((...)).)).)))).)).))))))....).))))).).)))))).))---))... ( -40.70)
>DroPer_CAF1 3776 103 - 1
CUGCAUCGAGGCAGAGGGUCUCCCAGCUGCCGGCGGCGCAGUGCUGGCGCAGGAGCUGUGUCCAGGCCAGGCAGCGGACUAAUAUGUCGCUGGAGACG---UUCGA
.(((......)))(((.((((((..(((((((((((((((((.(((...)))..))))))))...))).)))))).(((......)))...)))))).---))).. ( -49.10)
>consensus
CUGCAUCCAAACAAAGCGUCUCCCAGCUGCCAGGCGCACAAUGCUGACGCAGCAACUGCGUCCAGGCCAGGCAGCGCAUUAAAAUGGCGCUGGAAAUG___UUGGA
.....(((((.......((((((..((((((.((.((.....)).(((((((...)))))))....)).))))))((.........))...))))))....))))) (-26.15 = -25.35 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

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