| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,671,507 – 6,671,620 |
| Length | 113 |
| Max. P | 0.792961 |
| Location | 6,671,507 – 6,671,620 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 113 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 75.78 |
| Mean single sequence MFE | -45.40 |
| Consensus MFE | -20.66 |
| Energy contribution | -21.64 |
| Covariance contribution | 0.98 |
| Combinations/Pair | 1.28 |
| Mean z-score | -2.10 |
| Structure conservation index | 0.46 |
| SVM decision value | 0.59 |
| SVM RNA-class probability | 0.792961 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6671507 113 - 22224390 AAGCAGUUUUUCUAGACAGGCGUCAAUGUCGUCUACAAGAUAUUUAUACGCCUGCUGAAGCAGCGGCACAUUCCGGAUGAGCAGUGUCUCCUGGCAUGUGCGCAAUAGCAGCU .(((.(((((((.((.(((((((.((((((........))))))...))))))))))))).))).((((((.((((..((......))..)))).))))))((....)).))) ( -39.90) >DroVir_CAF1 2074 111 - 1 --CCAGGCGCAGCACACAGUUGUCCACGUCCUGCACGAGCUGCUUGUAGGCCUGCUGCAGCAGCGGCACAUUCUUAAUCAGCAGCGUCUCCUGGCAGGUGCGCAACAACAGCU --...((.(((((.....)))))))..((..(((((..((((((..((((..((((((....))))))....))))...))))))(((....)))..)))))..))....... ( -38.30) >DroPse_CAF1 1383 113 - 1 ACGCAGCUCCUGCAUGCAGGCAUUGAUGUCCCCUACCAGAUGCCUGUACGCCUGCUGCAGCAGGGGCACGUUCUUGAUGAGCAGCGUCUCCUGGCAGGCGCGCAGCAGCAUCU .....(((.((((.((((((((((...((.....))..))))))))))(((((((.....((((((.((((((((...))).)))))))))))))))))).)))).))).... ( -52.00) >DroMoj_CAF1 1409 111 - 1 --CCAGCUGUGAGAUGCAUUUGUCCACGUCCUGGACGAGCUGCUUGUAUGCCUGCUGCAAGAUGGGCACAUUCUUAAUCAGCAACGUCUCCUGGCAGGUGCGCAGCAGCAGCU --..((((...........(((((((.....)))))))((((((.((..((((((((..(((((.((.............))..)))))..))))))))..)))))))))))) ( -42.62) >DroAna_CAF1 1219 113 - 1 GAGCAUGGCUCCCAUGCAGUGGUCGAUGUCCUCGACCAGGUGCUUGUAGGCCUGCUGUAGCAGGGGCACAUUCCGGAUGAGAAGCGUCUCCUGGCAGGUGCGGAGUAGUAGCU .(((((.(((((((.(((.(((((((.....)))))))..))).))....(((((....))))).((((...((((..((((....))))))))...))))))))).)).))) ( -45.60) >DroPer_CAF1 1386 113 - 1 ACGCAGCUCCUGCAUGCAGGCAUCGAUGUCCCCCACCAGAUGCCUGUACGCCUGCUGCAGCAGGGGCACGUUCUUGAUGAGCAGCGUCUCCUGGCAGGCGCGCAGCAGCAUCU .....(((.((((.((((((((((..((.....))...))))))))))(((((((.....((((((.((((((((...))).)))))))))))))))))).)))).))).... ( -54.00) >consensus A_GCAGCUCCUGCAUGCAGGCGUCGAUGUCCUCCACCAGAUGCUUGUACGCCUGCUGCAGCAGGGGCACAUUCUUGAUGAGCAGCGUCUCCUGGCAGGUGCGCAGCAGCAGCU .....................................((((((((((.(((((((.....((((((.((................))))))))))))))).))))..)))))) (-20.66 = -21.64 + 0.98)
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