Locus 2505

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 6,664,858 – 6,664,960
Length 102
Max. P 0.521778
window4095

overview

Window 5

Location 6,664,858 – 6,664,960
Length 102
Sequences 6
Columns 102
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.47
Mean single sequence MFE -49.62
Consensus MFE -39.17
Energy contribution -39.81
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.79
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.521778
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6664858 102 + 22224390
AGCCGAGCACCUCGGCGGCAUUGGUUGCACCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCACCAGCGGUGGUCGCAGGUACGGUGGAACCACUGGCUACAAAGUUGCCCG
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>DroSec_CAF1 13645 102 + 1
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>DroSim_CAF1 19196 102 + 1
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>DroEre_CAF1 13527 102 + 1
AGCCGAGCACCUCGGCGGCGGUGGCUGCGCCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCGCCAGCGGUGGCCGCAGGUACAGAGGAACCACUGGCUACAAAGUUGCCCG
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>DroYak_CAF1 15972 102 + 1
AGCCGAGCACCUCGGCGGCGGUGGCUGCGCCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCGCCAGCGGUGGCCGCAGGUACGGAGGAACCACUGGCUACAAAGUUGCCCG
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>DroPer_CAF1 16818 99 + 1
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>consensus
AGCCGAGCACCUCGGCGGCAGUGGCUGCGCCCGUGGUGUCCAGCUUGAGGCCACCAGCGGUGGCCGCAGGUACGGAGGAACCACUGGCUACAAAGUUGCCCG
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