| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,628,683 – 6,628,793 |
| Length | 110 |
| Max. P | 0.961359 |
| Location | 6,628,683 – 6,628,793 |
|---|---|
| Length | 110 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 111 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.16 |
| Mean single sequence MFE | -35.87 |
| Consensus MFE | -29.68 |
| Energy contribution | -29.88 |
| Covariance contribution | 0.20 |
| Combinations/Pair | 1.33 |
| Mean z-score | -2.09 |
| Structure conservation index | 0.83 |
| SVM decision value | 1.53 |
| SVM RNA-class probability | 0.961359 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 6628683 110 - 22224390 UUAUCAUUCAUUGUUCACCA-UGCAGGUCGACGGAUCUAACCAGCCAGCUGUUGAGCCUGCUGGUGGAGUUCGUCUAUCAGUUGGUUUGCUCUGGGCAAUUGUACUUGGCC ............((..((((-.((.(((.(((((((...((((((..(((....)))..))))))...))))))).))).))))))..))...((.(((......))).)) ( -34.10) >DroVir_CAF1 15616 103 - 1 AUU-------CGAUUUGACA-AACAGCUCAACGGAUCUGACAAGCCAGCUGCUUAGUUUGCUGGUUGAGUUUGUUUAUCAGCUGGUCUGCUCCGGCCAGCUGUAUUUGGCC ...-------.(((..((((-(((((.((....)).))....(((((((..........)))))))..))))))).)))((((((((......)))))))).......... ( -32.90) >DroEre_CAF1 16453 108 - 1 UUAUCGUU--GUGUUCUCCA-UGCAGGUCGACGGAUCUUACCAGCCAGCUGUUGAGCCUGCUGGUGGAGUUCGUCUACCAGUUGGUUUGCUCUGGUCAAUUGUACUUGGCC ........--(.((...(((-.((.(((.(((((((..(((((((..(((....)))..)))))))..))))))).))).)))))...)).).((((((......)))))) ( -39.70) >DroYak_CAF1 18596 108 - 1 UUAUCAUU--GUGUUCACCA-UGCAGGUCGACGGAUCUUACCAGCCAACUGUUGAGCCUGCUGGUGGAGUUCGUCUAUCAGUUGGUAUGCUCUGGUCAAUUGUACUUGGCC ........--(.((..((((-.((.(((.(((((((..(((((((...((....))...)))))))..))))))).))).))))))..)).).((((((......)))))) ( -34.50) >DroMoj_CAF1 13691 103 - 1 AUA-------UAAUUUCCCA-AAUAGUUCAACGGAUCUAACCAGCCAGCUGCUCAGUUUGCUGGUGGAGUUUGUCUAUCAGCUGGUCUGCUCCGGCCAGCUGUAUUUGGCC ...-------.......(((-((((.....((((((...((((((.((((....)))).))))))...))))))....(((((((((......)))))))))))))))).. ( -39.20) >DroAna_CAF1 22429 108 - 1 -AAUCCUU--GUAAUCCUUAUUUCAGGUCGACGGAUCUCACCAGCCAGCUACUGAGUCUGCUGGUGGAGUUUGUCUAUCAGUUGGUAUGCUCCGGGCAGCUCUAUCUGGCC -.......--...............(((((((((((..(((((((..(((....)))..)))))))..)))))))....((.(((..(((.....)))...))).)))))) ( -34.80) >consensus UUAUC_UU__GUAUUCACCA_UGCAGGUCGACGGAUCUAACCAGCCAGCUGCUGAGCCUGCUGGUGGAGUUCGUCUAUCAGUUGGUAUGCUCCGGCCAACUGUACUUGGCC .........................((((((((((..((((((((..(((....)))..))))))))..))))))...(((((((((......))))))))).....)))) (-29.68 = -29.88 + 0.20)
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