Locus 2483

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 6,600,065 – 6,600,185
Length 120
Max. P 0.930121
window4064

overview

Window 4

Location 6,600,065 – 6,600,185
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.03
Mean single sequence MFE -42.33
Consensus MFE -39.00
Energy contribution -38.75
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.20
SVM RNA-class probability 0.930121
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6600065 120 + 22224390
UAAUUGCCACACUACCAGCCUUCGGAUCGGUCUACUUUGACCCGCUGUGGGCCAUGAUCACGCUGGGCCUGAGUUAUUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGUAUUGUCUUUGCCAUUGUUG
((((.((.(((.((((.((((.(((...((((......))))..))).))))...(((((((((.(((..(((....)))...))).)).))))))).)))).)))....)).))))... ( -38.80)
>DroSec_CAF1 15416 120 + 1
UAAUUGCCACACUACCAGCCUUCGGAUCGGUCUACUUUGAUCCGCUGUGGGCUAUGAUCACGCUGGGCCUGAGUUAUUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGUAUUGUCUUUGCCAUUGUUG
((((.((.(((.(((((((((.((((((((......))))))))....)))))..(((((((((.(((..(((....)))...))).)).))))))).)))).)))....)).))))... ( -40.60)
>DroEre_CAF1 15650 120 + 1
UGAUUGCCACACUGCCAGCCUUCGGAUCGGUCUACUUUGAUCCGCUGUGGGCCAUGAUCACGCUGGGCCUGAGCUACUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGCAUUGUGUUCGCUAUUGUUG
.(((.((((((.((((.((((.(((((((((((((...........)))))))..)))).))..))))..(((((((.((((....)))).))))))))))).))))...)).))).... ( -45.20)
>DroYak_CAF1 15107 120 + 1
UAAUUGCCACACUGCCGGCCUUUGGAUCGGUCUACUUUGAUCCGCUGUGGGCCAUGAUCACGCUGGGCCUGAGCUACUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGCAUUGUAUUCGCCAUUGUUG
((((.((.(((.(((((((((.(((((((((((((...........)))))))..)))).))..))))).(((((((.((((....)))).))))))))))).)))....)).))))... ( -44.70)
>consensus
UAAUUGCCACACUACCAGCCUUCGGAUCGGUCUACUUUGAUCCGCUGUGGGCCAUGAUCACGCUGGGCCUGAGCUACUUCUUCGCCGAGAUGUGGUUCGGCAUUGUCUUCGCCAUUGUUG
((((.((.(((.(((((((((.((((((((......))))))))....)))))..(((((((((.(((..(((....)))...))).)).))))))).)))).)))....)).))))... (-39.00 = -38.75 +  -0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:35:58 2006