Locus 2470

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,584,187 – 6,584,288
Length	101
Max. P	0.938095

overview

Window 3

Location	6,584,187 – 6,584,288
Length	101
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	71.67
Mean single sequence MFE	-28.36
Consensus MFE	-13.75
Energy contribution	-14.50
Covariance contribution	0.75
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.63
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6584187 101 + 22224390
UGACGUCUCUAAUAUAUAUAUAGAUGAAUAUAGCCAG-----AUAGCU--AUAUAUACACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGACCAAAU------------CGCCCAGA
.((((((.(....((((((((...((.(((((((...-----...)))--)))).))...)))))))).((((.....)))).).))))))((.(.....------------.).))... ( -23.50)
>DroSec_CAF1 28473 118 + 1
AGAGGUCUCUAAUAUAUAAAUAUUUGAAUAUGGCUAUCUGGCAUAAAU--AUAUAUACACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGACCAAAUGGGCUAAAUGCUCGCCCAGU
...(((((......((((.(((((....((((.(.....).)))))))--)).))))(((((((..(((.....)))..))))))).....)))))...(((((.........))))).. ( -29.70)
>DroSim_CAF1 40578 105 + 1
UGACGUCUCUAAUAUAUAUAUAGUUGAAUAUGGCUA---------------UAUAUACACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGACCAAAUGGGCUAAAUGCUCGCCCAGU
.((((((.......(((((((((((......)))))---------------)))))).((((((..(((.....)))..))))))))))))........(((((.........))))).. ( -31.50)
>DroEre_CAF1 27886 110 + 1
UGACGUCUUGUUCGGCU----------AUAUGGCUAUCUGGCAUAAAUAUGUAUAUAUACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGGUGGACAAAAUGAGCUAAAUGCUCGCCCAGC
.......(((((((.((----------((((((((((((((.(((.(((((((....))))))).)))...)))))).))).))).)))))))))))...((((.....))))....... ( -30.20)
>DroYak_CAF1 39234 110 + 1
UGACGUCUCUUUCGACC----------AAAUGGCUAUCUGGCCUAAAUAUAUAUAUAUACUUCUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGGCCAAGUGAGCCAAAAGAUCGUGCAGU
(((((..(((((.....----------...((((((..((((((..((((....))))......(((((((((.....))))...))))).))))))..).)))))))))).))).)).. ( -26.90)
>consensus
UGACGUCUCUAAUAUAUA_AUA__UGAAUAUGGCUAUCUGGCAUAAAU__AUAUAUACACGUAUAUAUCCACCAGAUCGGUGCGUGAUGUCGGACCAAAUGAGCUAAAUGCUCGCCCAGU
.((((((.(.........................................(((((((....))))))).((((.....)))).).))))))........(((((.....)))))...... (-13.75 = -14.50 +   0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	6,584,187 – 6,584,288
Length	101
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	71.67
Mean single sequence MFE	-29.50
Consensus MFE	-9.81
Energy contribution	-10.89
Covariance contribution	1.08
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.07
Structure conservation index	0.33
SVM decision value	1.29
SVM RNA-class probability	0.938095
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6584187 101 - 22224390
UCUGGGCG------------AUUUGGUCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUGUAUAUAU--AGCUAU-----CUGGCUAUAUUCAUCUAUAUAUAUAUUAGAGACGUCA
....((((------------..(((((.((......)).)))))(((((((.(((((((.(((...((((--((((..-----..)))))))).))).))))))).)))))))..)))). ( -32.20)
>DroSec_CAF1 28473 118 - 1
ACUGGGCGAGCAUUUAGCCCAUUUGGUCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUGUAUAUAU--AUUUAUGCCAGAUAGCCAUAUUCAAAUAUUUAUAUAUUAGAGACCUCU
..(((((.........)))))...((((.........((....((((((((((((((((......)))))--))))..))))))).)).....((.(((((....))))).))))))... ( -30.00)
>DroSim_CAF1 40578 105 - 1
ACUGGGCGAGCAUUUAGCCCAUUUGGUCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUGUAUAUA---------------UAGCCAUAUUCAACUAUAUAUAUAUUAGAGACGUCA
..(((((.........)))))........(((.((...((((.....)))).........(((((((((---------------(((..........))))))))))))....)).))). ( -26.80)
>DroEre_CAF1 27886 110 - 1
GCUGGGCGAGCAUUUAGCUCAUUUUGUCCACCAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUAUAUAUACAUAUUUAUGCCAGAUAGCCAUAU----------AGCCGAACAAGACGUCA
(((((((((((.....))))....(((((((((((.......))..))))))))).....(((((..........)))))......)))...)----------))).............. ( -26.90)
>DroYak_CAF1 39234 110 - 1
ACUGCACGAUCUUUUGGCUCACUUGGCCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAGAAGUAUAUAUAUAUAUUUAGGCCAGAUAGCCAUUU----------GGUCGAAAGAGACGUCA
...(.(((.(((((((((.((..((((.((......)).....((((((((((((((............)))))))..))))))).))))..)----------))))))))))..)))). ( -31.60)
>consensus
ACUGGGCGAGCAUUUAGCCCAUUUGGUCCGACAUCACGCACCGAUCUGGUGGAUAUAUACGUGUAUAUAU__AUUUAUGCCAGAUAGCCAUAUUCA__UAU_UAUAUAUUAGAGACGUCA
...((((..................))))(((.((...((((.....)))).((((((....)))))).............................................)).))). ( -9.81 = -10.89 +   1.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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