Locus 2451

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 6,566,613 – 6,566,732
Length 119
Max. P 0.998861
window3983

overview

Window 3

Location 6,566,613 – 6,566,732
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.52
Mean single sequence MFE -35.44
Consensus MFE -31.46
Energy contribution -32.00
Covariance contribution 0.54
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -3.32
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 3.26
SVM RNA-class probability 0.998861
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6566613 119 - 22224390
AAUC-UUCUGCUUUAACUGCUAGUCUGCAAGGUCUUGUUUCGAGUCAUGAUACUAUGGUUUAUAAUGGAUCAUAGAUAUUAACUUCAGGUCAAGACCUUUUUGGGCUAGAUAAGUUCCCC
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>DroSec_CAF1 11575 120 - 1
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>DroSim_CAF1 22101 120 - 1
AAUCCUUCUGCUUAAACUGCUAGUCUGCAAGGUCUUGUUUCGAGCCCUGGUACUAUGGUUUAUAACGGAUCAUAGUUAUCAACUUGAGGUCAGGACCUUUUUGGGCUAGAUACGUUCCCC
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>DroEre_CAF1 11207 118 - 1
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>DroYak_CAF1 21043 100 - 1
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>consensus
AAUC_UUCUGCUUAAACUGCUAGUCUGCAAGGUCUUGUUUCGAGCCAUGAUACUAUGGUUUAUAACGGAUCAUAGAUAUCAACUUGAGGUCAGGACCUUUUUGGGCUAGAUACGUUCCCC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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