Locus 2281

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,165,367 – 6,165,590
Length	223
Max. P	0.992463

overview

Window 5

Location	6,165,367 – 6,165,470
Length	103
Sequences	5
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.08
Mean single sequence MFE	-34.64
Consensus MFE	-25.06
Energy contribution	-27.06
Covariance contribution	2.00
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.89
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	2.33
SVM RNA-class probability	0.992463
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6165367 103 - 22224390
UU-GGUUGCAAGUUUUUGCUGCUUUUGCAACU----AGAUUGGGAAAAAAGGAGCUUUGUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUAUGCAAGCUGGCACCCAAAACGAUUCA
((-((.(((.(((..((((((.((((((((((----(.(.(..(((.((((...)))).)))..).).))))))))))).)).))))))).))).))))......... ( -28.40)
>DroSec_CAF1 3984 103 - 1
UU-GGUGGCAAGUUUGUGCUGCUUUUGCAACU----AGAUUGGGCAAAAAGGAACUUUGUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUGUGCAAGCAGGCACCCAAAACUAUUCA
((-((..((..(((((..(...((((((((((----(.((((((((((.......)))))))))..).)))))))))))..)..)))))..))..))))......... ( -35.20)
>DroSim_CAF1 6304 103 - 1
UU-GGUGGCAAGUUUGUGCUGCUCUUGCAACU----AGAUUGGGCAAAAAGGAGCUUUGUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUGUGCAAGCAGGCACCCAAAACUAUUCA
((-((..((..(((((..(.....((((((((----(.((((((((((.......)))))))))..).)))))))))....)..)))))..))..))))......... ( -32.80)
>DroEre_CAF1 3830 101 - 1
UU-GGUUGCAAGUUUGUGCUGUUUUUGCAACU----AGAGUGGGUG--AGGAAGCUUUAUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUGUGCAAACUGGAAACCAAAACUGUUCA
((-((((...((((((..(...((((((((((----(.(((.((((--(((...)))))))...))).)))))))))))..)..))))))...))))))......... ( -37.10)
>DroYak_CAF1 9642 107 - 1
UUCGGUUGCAAGUUUGUGCUGUUUUUGCAACUACAUAGAUUGGGCAA-AAGGAGCUUUGCUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUCUGCAAACUGGCACCCAAAACAGUUCA
...((.(((.(((((((.....(((((((((((((....((((((((-(......)))))))))..)))))))))))))....))))))).))).))........... ( -39.70)
>consensus
UU_GGUUGCAAGUUUGUGCUGCUUUUGCAACU____AGAUUGGGCAAAAAGGAGCUUUGUUUAAAUUGUGGUUGCAAAAUUGUGCAAGCUGGCACCCAAAACUAUUCA
...((.(((.(((((((((...((((((((((....((.(((((((((.......))))))))).))..))))))))))..))))))))).))).))........... (-25.06 = -27.06 +   2.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	6,165,470 – 6,165,590
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.11
Mean single sequence MFE	-33.68
Consensus MFE	-23.04
Energy contribution	-25.12
Covariance contribution	2.08
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.44
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.541729
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6165470 120 - 22224390
CCCAGCAAUAUACAAUAGUUGCAAAAGUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCAGCCAAGAAGUGAGUUUUGCAAUAUACAUAGUUGCAACUUGCGGGACAGUUUGUGCAGCUUGGGCCACAGU
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>DroSec_CAF1 4087 115 - 1
CCCAGCAAUA-----UAGUUUCAAAAGUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCUGCCAAAAAGUGAGUUUUGCAAUAUACAUAGUUGCAACUUGCGGAACAGUUUGUGCAGCUUGGGCCACAGU
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>DroSim_CAF1 6407 115 - 1
CCCAGCAAUA-----UAGUUGCAAAAGUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCUGCCAAAAAAAGAGUUUUGCAAUAUACAUAGUUGCAACUUGCGGAACAGUUUGUGCAGCUUGGGCCACAGU
(((.(((((.-----..)))))..(((((..((((((((.........((((........((((..((((((.......)))))))))))))).))))))))..)).))))))....... ( -31.90)
>DroEre_CAF1 3931 115 - 1
CCCAGCAAUA-----UAGUUGCAAAACUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCUGCCCAAAAGUGAGUUUUGCUAUAUACAUAGUUGCAACUUGUGGGACAGUUUGUGCAGCUCGGCCCACAGU
.((.(((((.-----..)))))....(((..((((((((............((((.((((..((...(((((....))))).)).)))).))))))))))))..)))...))........ ( -33.70)
>DroYak_CAF1 9749 115 - 1
CCAAGCAAUA-----UAGUUGCAAAACUGUGAAAACUGUAAUUUUAAGCUGCCCAAAAGUGAGUUUUGCAAUACACAUAGUUGCAACUUGUGGGACAGUUUGUUCAGCACGGCCCACAGU
....(((((.-----..)))))...((((((....((((.....(((((((((((.((((......((((((.......)))))))))).)))).)))))))......))))..)))))) ( -33.00)
>consensus
CCCAGCAAUA_____UAGUUGCAAAAGUGUGCAAACUGUCAUUUUAAGCUGCCAAAAAGUGAGUUUUGCAAUAUACAUAGUUGCAACUUGCGGGACAGUUUGUGCAGCUUGGGCCACAGU
....(((((........)))))............(((((...((((((((((((((..(..(((..((((((.......)))))))))..).......)))).))))))))))..))))) (-23.04 = -25.12 +   2.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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