Locus 2135

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,798,880 – 5,799,000
Length 120
Max. P 0.912931
window3466

overview

Window 6

Location 5,798,880 – 5,799,000
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.83
Mean single sequence MFE -48.68
Consensus MFE -23.88
Energy contribution -23.88
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -2.20
Structure conservation index 0.49
SVM decision value 1.09
SVM RNA-class probability 0.912931
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5798880 120 + 22224390
GCCGGCGAUUCCGGCGGACCAUUGGUGUGCCAAAGUGAAUUGGCCGGCGUGGUUUCCUGGGGCAUUCAAUGUGCCCUGCCCAGAUUACCGGGUGUGUACACAGAGGUGUCCUACUACUAC
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>DroVir_CAF1 7527 120 + 1
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>DroGri_CAF1 7575 120 + 1
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>DroWil_CAF1 5233 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 4938 120 + 1
AACGGUGACUCCGGCGGACCCCUCGUCUGUCAAAGCCAACUGGCGGGCAUUGUCUCCUGGGGCAUUGGCUGUGCCCAGCCCAUGCUUCCAGGCGUUUACACCGAUGUCUCUUACUACUAC
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>DroAna_CAF1 5430 120 + 1
UCGGGAGACUCUGGAGGACCACUGGUUUGUCAAAGCAAACUGGCAGGAAUCGUCUCCUGGGGCAUCAACUGUGCUCUGCCCAAGCUGCCGGGUGUCUACACGGAGGUCUCGUACUACUAC
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>consensus
ACCGGCGACUCCGGCGGACCGCUCGUCUGCCAAAGCCAACUGGCAGGCAUUGUCUCCUGGGGCAUUGGCUGUGCUCUGCCCAAGCUACCAGGUGUUUACACCGAGGUCUCCUACUACUAC
...((.(((..((((((((.....)))))))........((((((((........))))((((((.....))))))...........))))...........)..))).))......... (-23.88 = -23.88 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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