Locus 2119

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,739,230 – 5,739,339
Length 109
Max. P 0.551308
window3443

overview

Window 3

Location 5,739,230 – 5,739,339
Length 109
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.02
Mean single sequence MFE -23.22
Consensus MFE -14.76
Energy contribution -15.68
Covariance contribution 0.92
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.551308
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5739230 109 - 22224390
AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCAAACUGUUAAUGAACUUGGCAG---AAA--UAUUGCAA--ACAGGUUUGUG--UGUGAUAAAUUAUCGCUUGC--GUUUCGCAAAUAUU
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>DroSec_CAF1 12249 109 - 1
AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCAAACUGUUAAUGAACUUGGCAG---AAA--UAUUGCAA--ACAGGUUUGUG--UAUGAUAAAUUAUCGCUUGC--GUUUCGCAAAUAUU
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>DroSim_CAF1 12817 109 - 1
AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCAAACUGUUAAUGAACUUGGCAG---AAA--UAUUGCAA--ACAGGUUUGUG--UAUGAUAAAUUAUCGCUUGC--GUUUUGCAAAUAUU
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>DroEre_CAF1 12510 107 - 1
AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCGAACUGUUAAUGAACUUGGCAG---AAA--UAUUGCAA--ACGGGUUUGU----GGGAUAAAUUACCGCUUGC--GUUGGGGAAAUGUU
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>DroYak_CAF1 13664 108 - 1
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>DroAna_CAF1 13564 110 - 1
AAGAUAAUAUUUAA----AAAAUUACAAUACUUUCUGUUAAUGAACUUGGCAUCAGAACCUUUUUGCAAAAACCGGUUAAGGCUAAUAAUAAAUUAUCAAUUAAGAGUUUGUCA------
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>consensus
AGUGAUUUAUUUUAGUUGCAAAUCUUAAUGCAAACUGUUAAUGAACUUGGCAG___AAA__UAUUGCAA__ACAGGUUUGUG__UAUGAUAAAUUAUCGCUUGC__GUUUGGCAAAUAUU
.((((((((((......((((((((...(((((.(((((((.....)))))))..........))))).....))))))))......))))))))))....................... (-14.76 = -15.68 +   0.92)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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