Locus 2101

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,710,415 – 5,710,527
Length 112
Max. P 0.990320
window3419

overview

Window 9

Location 5,710,415 – 5,710,527
Length 112
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.74
Mean single sequence MFE -38.22
Consensus MFE -24.10
Energy contribution -26.74
Covariance contribution 2.64
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -3.56
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 2.21
SVM RNA-class probability 0.990320
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5710415 112 - 22224390
GUGCAUGUGUGGAAGUUCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGGCGCUAUGAGGCAUUUGCAC--------AAUGCCAU
(.(((((((..((.((.((((((((((..(((((........(((((((......))))))).....((......)))))))..)))))))))))).))..)))--------.))))).. ( -42.70)
>DroSec_CAF1 38267 112 - 1
CUGCAUGUGUGUGAGUUCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGGCGCUAUGAGGCAUCUGCAC--------AAUGUCAU
..((((.(((((..(((((((((((((..(((((........(((((((......))))))).....((......)))))))..))))))))))).))..))))--------)))))... ( -39.10)
>DroSim_CAF1 35798 112 - 1
CUGCAUGUGUGUGAGUUCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACAGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGGCGCUAUGAGGCAUCUGCAC--------AAUGUCAU
..((((.(((((..(((((((((((((..(((((........(((((((......))))))).....((......)))))))..))))))))))).))..))))--------)))))... ( -38.90)
>DroEre_CAF1 29286 110 - 1
--GCAUGUGUGUGAGUGCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGCCGCCAUGAGGCAUCUGCAC--------AAUGUCAU
--((((.(((((..((((((((((((....(((((.......(((((((......))))))).....((......))...))))))))))))).))))..))))--------)))))... ( -41.10)
>DroAna_CAF1 25496 100 - 1
-------------GGUGCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUUAGGGAUAAGCAUUCACC-------GAGCCAUCUGUACGUCGUGUCACUGGCAU
-------------.((((..(((((...(((.((((......(((((((......))))))).(((((....)))))..)))))-------)))))))..))))((((......)))).. ( -29.30)
>consensus
_UGCAUGUGUGUGAGUUCUUAUGGCGUUUUGUGUGACAUUUAUUGUCAUUUAACUGUGACAAAGUUAGCGGAUAAGCAUACACGGCGCUAUGAGGCAUCUGCAC________AAUGUCAU
......(((((.((..((((((((((((.((((((.(.....(((((((......))))))).(((....)))..))))))).))))))))))))..)))))))................ (-24.10 = -26.74 +   2.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:26:18 2006